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Constructing morphological template models of Arabidopsis thaliana for computational mutant screening

构建拟南芥形态学模板模型用于计算突变体筛选

基本信息

批准号：
18700296
负责人：
KAMINUMA Eli
金额：
$ 2.51万
依托单位：
The Institute of Physical and Chemical Research
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2006
资助国家：
日本
起止时间：
2006 至 2008
项目状态：
已结题

项目摘要

モデル植物であるシロイヌナズナを3次元形状計測し、コンピュータ上で3次元形状モデルを再構築し、形状モデルベースで表現型の解析や変異体スクリーニングを行う手法の確立を目的としている。マイクロX線CTを用いて野生型Columbia系統やトライコーム変異体系統の個体形状3次元モデル化を行い、定量表現型解析の研究発表や論文投稿を行った。更に、シロイヌナズナの野生型3次元標準形状モデルを作成する第一歩として、まず2次元画像ベースで植物の葉と根の標準形状モデル化を行った。具体的には、植物の葉と根の形状をモデル化するための、ランドマークと呼ばれる標識点をベースとした標準形状テンプレートモデルを定義した。この形状テンプレートモデルを使って、変異体の空間的な遺伝子発現値を、画像解析技術を使って定量抽出する応用研究を行った。2次元画像ベースでルシフェラーゼ発光量から遺伝子発現値を計測する装置を使って、2次元時系列画像情報を収集した。また2次元画像ベースから3次元標準モデルに発現値を疑似カラーマッピングする方法を提案した。位置情報として、葉や根の2次元標準形状モデルを提案した。具体的にはphoton countingカメラシステムを使い、理研PSCで開発されたシロイヌナズナのLuciferase Tagging Lines を用いて2次元発光発現の時系列画像データを収集し、形状モデルをあてはめて構成点から発現値を定量化した。解析の結果、主根と側根との空間的な発現伝播方法が異なる事を示した。また、本葉と子葉とで生体バイオリズムの周期が異なる系統を発見し、バイオリズムが組織特異的であるという従来知見と一致することを示した。これら解析結果を、平成20年9月の植物学会のシンポジウムにて発表した。

The three-dimensional shape, the third-dimensional shape, the third-dimensional shape, the third For example, the wild type Columbia system, the wild type Columbia system, the three-dimensional body shape, the fixed scale analysis, the research table, the contribution table, the research table, the research table, the paper, the paper, the table, the table. The wild-type 3-dimensional standard shape is made into the first-dimensional portrait, the second-dimensional portrait, the plant, the root, the standard shape, the standard shape and the standard shape. The specific shape of the plant, plant, root, root and root shape. The shape of the machine is used to determine the accuracy of the equipment, the space of the body, and the technology of portrait analysis, which enables the quantitative extraction of the equipment and the application of research. The 2-dimensional portrait system is used to measure the amount of light, the device is used to display the image, and the 2-dimensional series of portraits are available. The second-dimensional portrait, the third-dimensional standard, the second-dimensional portrait, the third-dimensional standard, the second-dimensional portrait, the second-dimensional portrait, the third-dimensional standard, the third-dimensional standard, the second-dimensional portrait, the third-dimensional standard, the third-dimensional standard, the second-dimensional portrait, the third-dimensional standard, the third-dimensional standard, the proposed method. Location information, location, location, location and location. The specific photon counting system makes it possible for the PSC to use two-dimensional light to display the series of portraits, the shape of the image, the point of the image, and the quantification of the image. Analyze the results and show the broadcast method of the root system in the space of the root server. In this paper, we need to know the information of the whole system and the organization of the special organization. The results of the analysis of the results and the table of the Botanical Society of Pingcheng in September 20.