Computational analysis of human proteins addressing the relationship between intrinsic disorder and alternative splicing

人类蛋白质的计算分析解决内在紊乱和选择性剪接之间的关系

• 批准号: 19310133
• 负责人: NISHIKAWA Ken
• 金额: $ 12.98万
• 依托单位: Maebashi Institute of Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19310133/
• 关键词: 情報解析; 天然変性タンパク質; スプライシング; 真核生物; ゲノム; 構造ドメイン; 不規則領域; 構造未知ドメイン; 細胞内局在; 天然タンパク質; 転写因子; 膜タンパク質

For all human proteins encoded on the genome, we have succeeded to classify protein molecules into structured or intrinsically disordered (ID) regions using the method we developed in this project. As a result, we revealed the total fractions of ordered/disordered regions of human proteins at a first time. Analyzing locations of alternative splicing (AS) data along the protein sequence, we have also revealed that AS events occur in proportion to the fraction of ID regions of proteins.

对于基因组上编码的所有人类蛋白质，我们已经成功地使用我们在该项目中开发的方法将蛋白质分子分类为结构化或内在无序（ID）区域。结果，我们首次揭示了人类蛋白质有序/无序区域的总分数。通过分析选择性剪接（AS）数据沿着蛋白质序列的位置，我们还发现AS事件的发生与蛋白质ID区域的分数成比例。

项目成果

Intrinsically disordered regions of human plasma membrane proteins preferentially occur in the cytoplasmic segment

• DOI: 10.1016/j.jmb.2007.02.033
• 发表时间: 2007-05-04
• 期刊: JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY
• 影响因子: 5.6
• 作者: Minezaki, Yoshiaki;Homma, Keiichi;Nishikawa, Ken
• 通讯作者: Nishikawa, Ken

ヒトタンパク質の構造ドメイン・天然変性領域への区分

将人类蛋白质分类为结构域和自然变性区域

• 发表时间: 2008
• 作者: 福地佐斗志;細田和男;西川 建
• 通讯作者: 西川 建

The GTOP database in 2009: updated content and novel features to expand and deepen insights into protein structures and functions

• DOI: 10.1093/nar/gkn855
• 发表时间: 2009-01-01
• 期刊: NUCLEIC ACIDS RESEARCH
• 影响因子: 14.9
• 作者: Fukuchi, Satoshi;Homma, Keiichi;Nishikawa, Ken
• 通讯作者: Nishikawa, Ken

ミトコンドリア蛋白質は天然変性領域をもつか?

线粒体蛋白是否有自然变性区域？

• 发表时间: 2009
• 作者: 細田和男;福地佐斗志;西川建
• 通讯作者: 西川建

天然変性タンパク質とは何か?

什么是天然变性蛋白质？

• 发表时间: 2009
• 期刊: 生物物理 Vol.49
• 作者: I. Fukuda;A. Ito;G. Hirai;S. Nishimura;H. Kawasaki;H. Saitoh;K. Kimura;M. Sodeoka;M. Yoshida;西川建
• 通讯作者: 西川建