Development of a tracking method for minor group in microbial community and its industrial application

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マイナーな微生物を追跡するためのPopulation-Normalization by RNA Subtraction法(PNS法)を開発した。この方法では、試料から抽出した全16S rRNAから逆転写PCRによって得られるcDNAをリガンドとして固相に固定し、試料中のメジャーな16S rRNAを除去する。メジャーな16S rRNAほどリガンド濃度が高く、除去率が高くなり、16S rRNAのポピュレーョンは均一化され、Temperature Gradient Gel Electrophoresis により16S r DNAを指標とした菌叢解析が可能となる。そこで、16S rRNAの可変領域のうち、最も短いV1またはV5領域を増幅し、そのアンチセンス鎖を磁気ビーズに固定し、PCRに用いた共通配列部分を相補鎖でマスクすることによってアフィニティ担体を調製し、これを用いてメジャーな菌群のRNAを除去し、構成比の平滑化が出来た。応用例としてセルロース分解に焦点を当て、その共生微生物を単離し、またその役割を明らかにし、工業利用として発展させた。また、Annamox菌による嫌気性脱窒反応の共生系の解析をした。