Development of a tracking method for minor group in microbial community and its industrial application

微生物群落少数类群追踪方法的建立及其工业应用

• 批准号: 19360374
• 负责人: SHIOYA Suteaki
• 金额: $ 11.9万
• 依托单位: Sojo University (2008)Osaka University (2007)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2008
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19360374/
• 关键词: 微生物; 共生; サブトラクション; 16SrRNA; TGGE; セルロース分解菌

マイナーな微生物を追跡するためのPopulation-Normalization by RNA Subtraction法(PNS法)を開発した。この方法では、試料から抽出した全16S rRNAから逆転写PCRによって得られるcDNAをリガンドとして固相に固定し、試料中のメジャーな16S rRNAを除去する。メジャーな16S rRNAほどリガンド濃度が高く、除去率が高くなり、16S rRNAのポピュレーョンは均一化され、Temperature Gradient Gel Electrophoresis により16S r DNAを指標とした菌叢解析が可能となる。そこで、16S rRNAの可変領域のうち、最も短いV1またはV5領域を増幅し、そのアンチセンス鎖を磁気ビーズに固定し、PCRに用いた共通配列部分を相補鎖でマスクすることによってアフィニティ担体を調製し、これを用いてメジャーな菌群のRNAを除去し、構成比の平滑化が出来た。応用例としてセルロース分解に焦点を当て、その共生微生物を単離し、またその役割を明らかにし、工業利用として発展させた。また、Annamox菌による嫌気性脱窒反応の共生系の解析をした。

The Population-Normalization by RNA Subtraction method (PNS method) was used for the detection of microorganisms. The method and material were used to extract the full 16s rRNA, reverse write PCR, get the cDNA, fix the solid phase, and remove the 16s rRNA from the material. The results show that the removal rate is high, the 16s rRNA is high, the removal rate is high, the removal rate is high, the 16s rRNA is high, the removal rate is high, the 16s rRNA is high, the removal rate is high, the removal rate The 16s rRNA can be used in the field, the shortest V1, the V5, the magnetic field, the fixed, the PCR, the common configuration, the carrier, the bacteria, the RNA, the ratio, the smoothing, the smoothing, the smoothing. The use case is sensitive to the focus of decomposition, the isolation of symbiotic microorganisms, the use of industrial equipment, and the development of industrial applications. The symbiotic system of E. coli and Annamox bacteria suspected of sexual detachment was analyzed.

项目成果

2種の菌によるコンポスト化反応再構築系の解析

两种细菌堆肥反应重建系统分析

• 发表时间: 2007
• 作者: 森岡こころ;辻林宏章;福井純一;仁宮一章;片倉啓雄;塩谷捨明
• 通讯作者: 塩谷捨明

2種の菌によるコンポスト化反応再構成系の解析

两种细菌堆肥反应重构系统分析

• 发表时间: 2007
• 作者: 森岡 こころ;辻林 宏章;福井 純一;仁宮 一章;片倉 啓雄;塩谷 捨明
• 通讯作者: 塩谷 捨明

Ureibacillus thermospheaericusを用いた木質系バイオマス分解酵素前処理プロセスの評価

热球脲杆菌木材生物质降解酶预处理工艺评价

• 发表时间: 2008
• 作者: 奥田直之;仁宮一章;片倉啓雄;塩谷捨明
• 通讯作者: 塩谷捨明

蛍光標識 cellulose binding domainを用いたリグノセルロース系バイオマス前処理プロセスの評価

使用荧光标记的纤维素结合域评估木质纤维素生物质预处理工艺

• 发表时间: 2008
• 作者: 辻林宏章;森岡こころ;福井純一;仁宮一章;片倉啓雄;塩谷捨明
• 通讯作者: 塩谷捨明

Ureibacillus thermosphaericusを用いた木質系バイオマス分解酵素前処理プロセスの評価

热球脲杆菌木材生物质降解酶预处理工艺评价

• 发表时间: 2008
• 作者: 辻林宏章;森岡こころ;福井純一;仁宮一章;片倉啓雄;塩谷捨明;奥田直之,埣浦真由美,仁宮一章,片倉啓雄,塩谷捨明
• 通讯作者: 奥田直之,埣浦真由美,仁宮一章,片倉啓雄,塩谷捨明