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Asymptotic Analysis of DNA Computation using Information Theoretic Method

Asymptotic Analysis of DNA Computation using Information Theoretic Method
信息论方法DNA计算的渐近分析
批准号：
19560374
负责人：
KAMABE Hiroshi
金额：
$1.25万
依托单位：
Gifu University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2007
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2007 至 2008
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19560374/
关键词：
DNA 計算情報理論通信路容量母関数DNA計算漸近解析漸近的性質制約符号容量記号力学系解析的組み合わせ論

项目摘要

项目成果

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DNA 系列は4記号の系列と考えることができるが, 工学的な処理の容易さや構造の安定性などを考慮すると, いくつかの制約を満たしているDNA 系列だけが工学的に利用できると考えることができる.DNA 計算では計算の入力や途中の計算結果をDNA 系列の集合として保存するが, これらも前述の制約を満たしていることが要請される.したがってDNA 計算などで系列を利用するためには, そもそもそうした制約を満たす系列がどれくらい存在するのかを知る必要がある.これは情報理論における「入力制約を持つ通信路の容量」に対応する.しかしながら, DNA 系列が満たすべき制約はこれまで情報理論が対象としてきた制約のクラスには入らない.したがって, 本研究では計算機実験などの方法を試みたがうまくいかず, いろいろ調査した結果, この問題を解くためにうまく応用できる理論があることがわかった.その方法と計算機実験を組みわせることによって, 原理的には容量を計算できることがわかった.この方法を用いてより現実的な制約の容量を計算した.
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会议论文
RNA系列に関する制約の容量
RNA序列的约束能力
DOI： --
发表时间： 2007
期刊：
影响因子： --
作者： [森岡佑介, 宮北和之, 中野敬介, 仙石正和, 篠田庄司, 森岡佑介, Hiroshi Kamabe, Hiroshi Kamabe, 鎌部浩, H. Kamabe, H. Kamabe, 鎌部浩, 鎌部 浩]
通讯作者： 鎌部 浩
Combination of Context-Free Shifts and Shifts of Finite Type
上下文无关移位和有限类型移位的组合
DOI： --
发表时间： 2008
期刊： Proceedings of BIOCOMP'08 3(印刷中)
影响因子： --
作者： [森岡佑介, 宮北和之, 中野敬介, 仙石正和, 篠田庄司, 森岡佑介, Hiroshi Kamabe, Hiroshi Kamabe, 鎌部浩, H. Kamabe]
通讯作者： H. Kamabe
支脈自由文法に上る制約と有限タイプの制約の組み合わせの表現
自由分支语法和有限类型约束的约束组合的表示
DOI： --
发表时间： 2008
期刊： 電子情報通信学会研究会技術報告 IT 108(202)
影响因子： --
作者： [森岡佑介, 宮北和之, 中野敬介, 仙石正和, 篠田庄司, 森岡佑介, Hiroshi Kamabe, Hiroshi Kamabe, 鎌部浩]
通讯作者： 鎌部浩
Combination of Context Free Shifts and Shifts of Finite Tvpe(CDROM)
上下文无关移位和有限电视移位的组合(CDROM)
DOI： --
发表时间： 2008
期刊： The Proceedings of The 2008 International Conference on Bioinformatics and Computational Biology(CDROM)
影响因子： --
作者： [森岡佑介, 宮北和之, 中野敬介, 仙石正和, 篠田庄司, 森岡佑介, Hiroshi Kamabe, Hiroshi Kamabe]
通讯作者： Hiroshi Kamabe
共 7 条
    Theory of run-length constraint codes and combinatorial recording codes for novel high density recording
    • 批准号：
      19K11822
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    • 资助金额：
      $1.66万
    • 财政年份：
      2019
    • 负责人：
      KAMABE Hiroshi
    • 依托单位：
      Gifu University
    Calculation of Characteristics of Constraints for DNA Sequences and its Applications to Code Construction
    • 批准号：
      21560394
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    • 资助金额：
      $1.83万
    • 财政年份：
      2009
    • 负责人：
      KAMABE Hiroshi
    • 依托单位：
      Gifu University
    海外基金