Computation of the free-energy landscape of a protein involving α and β secondary-structure elements
Computation of the free-energy landscape of a protein involving α and β secondary-structure elements
涉及 α 和 β 二级结构元素的蛋白质自由能景观的计算
批准号：
19570156
负责人：
HIGO Junichi
金额：
$3.08万
依托单位：
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2007
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2007 至 2008
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英文摘要
α/βの両方の二次構造を含む50残基のタンパク質Pina WW domain の自由エネルギー地形を求めるために、水をあらわに取り込んだ全原子タンパク質モデルでマルチカノニカル分子動力学計算を行った。天然構造から変性構造までを含む多様な立体構造集団を得て、自由エネルギー地形を求めた。シミュレーションは安価な小規模クラスターマシンを使用した。また、多数本のマルチカノニカルランを統合し、構造探索の効率を高める手法を開発した
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DOI：
10.1016/j.cplett.2009.03.077
发表时间：
2009-05-12
期刊：
CHEMICAL PHYSICS LETTERS
影响因子：
2.8
作者：
[Higo, Junichi, Kamiya, Narutoshi, Nakamura, Haruki]
通讯作者：
Nakamura, Haruki
蛋白質の水和とフォールディング
蛋白质水合和折叠
蛋白质水合和折叠
DOI：
--
发表时间：
2008
期刊：
影响因子：
--
作者：
[小内輝明, 平井光博, 田村恵美, 平井光博, 肥後順一]
通讯作者：
肥後順一
DOI：
10.1016/j.cplett.2008.02.109
发表时间：
2008-04
期刊：
Chemical Physics Letters
影响因子：
2.8
作者：
[Ryosuke Yagisawa;N. Kamiya;Jinzen Ikebe;K. Umezawa;J. Higo]
通讯作者：
Ryosuke Yagisawa;N. Kamiya;Jinzen Ikebe;K. Umezawa;J. Higo
A process of protein-ligand approach mediated by solvent-dipole field
溶剂偶极场介导的蛋白质-配体接近过程
溶剂偶极场介导的蛋白质-配体接近过程
DOI：
--
发表时间：
2007
期刊：
影响因子：
--
作者：
[N. Takano, N. Hamasaki, H. Miyagawa, A.Yamagishi, J. Higo]
通讯作者：
J. Higo
Conformational sampling of a 40-residue protein consisting of alpha and beta secondary-structure elements in explicit solvent
在显式溶剂中对由 α 和 β 二级结构元素组成的 40 个残基蛋白质进行构象采样
在显式溶剂中对由 α 和 β 二级结构元素组成的 40 个残基蛋白质进行构象采样
DOI：
--
发表时间：
2007
期刊：
影响因子：
--
作者：
[J. Higo, J. Ikebe, N. Kamiya, H. Nakamura,H. Shindo]
通讯作者：
H. Nakamura,H. Shindo
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