Tissue Specific Analysis of Human and Mouse using CAGE absolute gene expression profiles

使用 CAGE 绝对基因表达谱对人和小鼠进行组织特异性分析

• 批准号: 19710166
• 负责人: TAKENAKA Yoichi
• 金额: $ 1.64万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19710166/
• 关键词: CAGE; バイオインフォマティクス; 発現プロファイル; 組織特異性; 種間比較

Genes are known as the blueprints of proteins. They exist in all the cell of an individual. The amount of genes the cell used in is different among different tissues. This is the tissue-specificity in the view point of gene expression. The number of expressions or mRNAs can be measured by the CAGE technology. I studied the way how to compare the tissue-specificity among tissues and found information-content is a good measure.

基因被认为是蛋白质的蓝图。它们存在于个体的所有细胞中。在不同的组织中，细胞使用的基因数量是不同的。这是基因表达角度下的组织特异性。通过CAGE技术可以测量表达或mrna的数量。我研究了如何比较组织间的组织特异性，发现信息量是一个很好的衡量标准。

项目成果

A Combination methoed between Tanimoto coefficient and Proximity measureof Random Forest for Compound Activity Prediction

谷本系数与随机森林邻近度测度相结合的复合活动预测方法

• 发表时间: 2008
• 作者: Yoichi Takenaka;Hideo Matsuda;河村元
• 通讯作者: 河村元

A Distributed-Processing System for Accelerating Biological using Data-Staging

使用数据分级加速生物的分布式处理系统

• 发表时间: 2008
• 期刊: IPSJ Transactions on Bioinformatics 49(印刷中)
• 作者: T. Ohtsuki;H. Kikuchi;T. Sakai;and M. Ishibashi;村田健史;高村浩由;村田健史;村田健史;村田健史;佐野将之;Shin Mizukami;Shin Mizukami;Yoshiyuki Kido
• 通讯作者: Yoshiyuki Kido

Tissue specificity measured by differences in information content between target tissue and whole tissue

通过目标组织和整个组织之间的信息内容差异来衡量组织特异性

• 发表时间: 2008
• 作者: Yoichi Takenaka;Hideo Matsuda
• 通讯作者: Hideo Matsuda

Tanimoto係数の性質に基づく化合物の類似度検索の高速化手法

一种基于谷本系数性质的加速化合物相似度搜索的方法

• 发表时间: 2008
• 作者: Yoichi Takenaka;Hideo Matsuda;河村元;清水隆史
• 通讯作者: 清水隆史