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Accuracy improvement of allele and gene expression analyses by next generation sequencer
下一代测序仪提高等位基因和基因表达分析的准确性
基本信息
- 批准号：22680023
- 负责人：
- 金额：$ 10.73万
- 依托单位：
- 依托单位国家：日本
- 项目类别：Grant-in-Aid for Young Scientists (A)
- 财政年份：2010
- 资助国家：日本
- 起止时间：2010 至 2012
- 项目状态：已结题
- 来源：
- 关键词：
项目摘要
I studied the method to determine the allele sequences of diploids from DNA fragments generated from next generation DNA sequencer and where the proposed algorithm used directed acyclic graph to express DNA subsequences. The study includes gene expression profile analyses such as a crosstalk model of cell differentiation, a stochastic method to reduce the time complexity of Bayes Network estimation, iterative genome mapping for accurate expression profile of each isoform and perfect hamming code.
我研究了从新一代DNA测序仪产生的DNA片段中确定二倍体等位基因序列的方法，以及所提出的算法使用有向无环图来表示DNA子序列。这项研究包括基因表达谱分析，如细胞分化的串扰模型，降低贝叶斯网络估计时间复杂度的随机方法，迭代基因组图谱以获得每种异构体的准确表达谱，以及完美的汉明编码。
项目成果
期刊论文数量（0）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
Estimation of Dynamic Gene Regulatory Networks for Cell Differentiation by Splitting Time Course Data
通过分割时间过程数据估计细胞分化的动态基因调控网络
- DOI：
- 发表时间：2012
- 期刊：
- 影响因子：0
- 作者：Bekki;Daisuke;Kenichi Asai;小林和弘;Tomoyoshi Nakayama
- 通讯作者：Tomoyoshi Nakayama
A method for risk predicition of a serious disease using rule-based analysis
使用基于规则的分析进行严重疾病风险预测的方法
- DOI：
- 发表时间：2011
- 期刊：
- 影响因子：0
- 作者：Masakazu Sugiyama;Shigeto Seno;Yoichi Takenaka;Hideo Matsuda
- 通讯作者：Hideo Matsuda
A bootstrapping method of S-system model for estimating timeline gene regulatory networks
用于估计时间线基因调控网络的S系统模型自举方法
- DOI：
- 发表时间：2010
- 期刊：
- 影响因子：0
- 作者：Tomoyoshi Nakayama;Shigeto Seno;Yoichi Takenaka;Hideo Matsuda
- 通讯作者：Hideo Matsuda
Revealing regulatory relationships of crosstalk with multiple time-series gene expression profiles
揭示串扰与多个时间序列基因表达谱的调控关系
- DOI：
- 发表时间：2010
- 期刊：
- 影响因子：0
- 作者：Kiyoshi Yoshizawa;Shigeto Seno;Yoichi Takenaka;Hideo Matsuda
- 通讯作者：Hideo Matsuda
Bayes-based inference of gene regulatory network for multiple time series gene expression profile, Joint Conference on Informatics is Biology
基于贝叶斯的多时间序列基因表达谱基因调控网络推断，信息学联席会议是生物学
- DOI：
- 发表时间：2012
- 期刊：
- 影响因子：0
- 作者：Yukito Watanabe;Shigeto Seno;Yoichi Takenaka;Hideo Matsuda
- 通讯作者：Hideo Matsuda
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