新規根管細菌検査法についての基礎的研究

新型根管细菌检测方法的基础研究

• 批准号: 16K11573
• 负责人: 山根 一芳
• 金额: $ 3万
• 依托单位: Osaka Dental University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2016
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2016-04-01 至 2018-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-16K11573/
• 关键词: バイオフィルム; 難治性根尖性歯周炎; 細菌検査; 病原性; 遺伝子発現; 口腔細菌

今年度は、初年度にPacific Biosciences社のPacBio RS II systemを用いたシーケンシングによって配列を決定したコンティグを詳細にインフォマティクス解析した。根尖性歯周炎の悪化による閉鎖性骨膜下膿瘍から分離同定した、アクチノマイセス・オリスのバイオフィルム形成株からは約3.1Mbの長さのコンティグを275.6xのカバレッジで得ることができた。コンティグから遺伝子のコーディング領域を予測して、推定遺伝子の機能を相同解析により機能予測したところ、バイオフィルムの構成成分である菌体外多糖合成に関わると考えられる遺伝子の存在が予測できた。これらの結果については第12回日本ゲノム微生物学会年会で報告した。同様に閉鎖性骨膜下膿瘍から分離同定した、ストレプトコッカス・コンステラタスのバイオフィルム形成株のゲノムについては、コンティグの末端の配列からプライマーをデザインし、ギャップクローズを試みた。その結果、いくつかのコンティグを連結することができた。しかし、PCRによる増幅がうまくいかない場所が複数あり、繰り返し配列を多く含む領域であることが予測され、他の方法による解析の必要性が示唆された。根管細菌の検出方法確立のため、ガラスキャピラリーで作製した感染根管モデルでロシア・ミューシラジノーサを培養したのち、手用ファイルで菌体を採取した。採取した菌体を用いて、初年度に明らかにしたバイオフィルム形成関連遺伝子をリアルタイムPCR法で検出することを試みた。その結果、いくつかの遺伝子で検出可能であることが分かった。今後、プライマーの設計を工夫することで、感染根管からバイオフィルム形成細菌を検出可能であることが示唆された。

Our は ", at the beginning of year に Pacific Biosciences club の PacBio RS system II を with い た シ ー ケ ン シ ン グ に よ っ て match column を decided し た コ ン テ ィ グ を detailed に イ ン フ ォ マ テ ィ ク ス parsing し た. Root sex 歯 periarthritis の 悪 change に よ る closed subperiosteal abscess か ら separation with fixed し た, ア ク チ ノ マ イ セ ス · オ リ ス の バ イ オ フ ィ ル ム forming strain か ら は long about 3.1 Mb の さ の コ ン テ ィ グ を 275.6 x の カ バ レ ッ ジ で have る こ と が で き た. コ ン テ ィ グ か ら posthumous son 伝 の コ ー デ ィ ン を グ field to measure し て function of presumption, but son 伝 の を same parsing に よ り function to measure し た と こ ろ, バ イ オ フ ィ ル ム の composition で あ る fungus polysaccharide synthesis in vitro に masato わ る と exam え ら れ る heritage 伝 son の exist が be で き た. Youdaoplaceholder5 れら れら れら results に れら て て て report at the 12th Annual meeting of the ゲノム microbiology Society of Japan で た た. With others in に closed subperiosteal abscess か ら separation with fixed し た, ス ト レ プ ト コ ッ カ ス · コ ン ス テ ラ タ ス の バ イ オ フ ィ ル ム forming strain の ゲ ノ ム に つ い て は, コ ン テ ィ グ の end の match column か ら プ ラ イ マ ー を デ ザ イ ン し, ギ ャ ッ プ ク ロ ー ズ を try み た. Youdaoplaceholder0 そ results, そ く く ティグを ティグを <s:1> コ ティグを ティグを link する とがで とがで た た た た た た た. し か し, PCR に よ る rights of が う ま く い か な い places が plural あ り, Qiao り return し match column を く more contain む field で あ る こ と が be さ れ, he の way に よ る parsing の necessity が in stopping さ れ た. Root canal bacteria の 検 out the method to establish の た め, ガ ラ ス キ ャ ピ ラ リ ー で cropping し た infected root canal モ デ ル で ロ シ ア · ミ ュ ー シ ラ ジ ノ ー サ を cultivate し た の ち, hand フ ァ イ ル を で bacteria take し た. Take し を た bacteria with い て, annual に early Ming ら か に し た バ イ オ フ ィ ル ム form masato even heritage 伝 son を リ ア ル タ イ ム PCR method で 検 out す る こ と を try み た. The そ そ result and the 伝 く く で検 伝 remnant で検 give possible である で検 とが とが とが った った. Design in the future, プ ラ イ マ ー の を time す る こ と で, infected root canal か ら バ イ オ フ ィ ル ム form bacteria を 検 makes possible で あ る こ と が in stopping さ れ た.

项目成果

Comparison of gene expression profiles between static and shake culture in <i>Rothia </i><i>mucilaginosa </i>

<i>Rothia </i><i>mucilaginosa </i>静态培养与振荡培养的基因表达谱比较

• DOI: 10.18905/shikaigaku.79.2_53
• 发表时间: 2016
• 期刊: Shikaigaku
• 作者: 古森 賢;山根一芳;王 宝禮
• 通讯作者: 王 宝禮

Gene expression of biofilm-forming Rothia mucilaginosa isolated from apical periodontitis.

从根尖周炎分离的生物膜形成 Rothia mucilaginosa 的基因表达。

• 发表时间: 2017
• 作者: Yamane K;Kai P Leung;Yamanaka T
• 通讯作者: Yamanaka T

口腔でショ糖非依存性にバイオフィルムを形成するActinomyces orisのゲノム解析.

对口腔放线菌进行基因组分析，该放线菌在口腔中形成不依赖蔗糖的生物膜。

• 发表时间: 2018
• 作者: 山根一芳;南部隆之;真下千穂;円山由郷;山中武志
• 通讯作者: 山中武志