Understanding genetic diversity, population structure and natural distribution of a critically endangered salmonid species (Sakhalin taimen) using environmental DNA

利用环境 DNA 了解极度濒危鲑鱼物种（萨哈林哲罗鱼）的遗传多样性、种群结构和自然分布

• 批准号: 17F17391
• 负责人: 荒木 仁志
• 金额: $ 1.47万
• 依托单位: Hokkaido University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2017
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2017-11-10 至 2020-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17F17391/
• 关键词: 環境ＤＮＡ; RAD-seq

本研究は日本最大の淡水魚で絶滅危惧種であるイトウの生態に関する新たな知見を得るため、昨今進展目覚ましい環境ＤＮＡを用いた手法を核ＤＮＡの種内多型に応用する技術開発を目標としている。現在環境ＤＮＡ技術は主に細胞内小器官の一つであるミトコンドリアのＤＮＡを基に解析されているが、ミトコンドリアＤＮＡは一般に種内多型に乏しく、同一種内でおこる変異の多くを反映していない。そこで、環境水中の核ＤＮＡ情報をより高密度で集積することにより、「一すくいの水から希少種・野外集団の遺伝的多様性評価」へとつなげるのが本研究プロジェクトの狙いである。この技術開発が実現すれば、イトウに限らず希少種を捕獲したり傷つけたりすることなく彼らの遺伝的多様性を評価できるばかりか、過去のボトルネック、集団間の遺伝的交流といった歴史についても推定が可能となることが期待される。これにはRAD-seqと呼ばれる手法を用い、本解析に適したゲノムスケールでの核DNAマーカー探索を行う必要があるため、H29年度はこの解析を実施するためのサンプル収集と予備的な解析を実施した。共同研究者であるマシュー・キャンベル（JSPS外国人特別研究員）の着任がH29年10月末であったことから、昨年度は5カ月間という限られた期間ではあったが、研究協力者らの協力の下、約30個体のイトウ組織サンプルからのDNA抽出が実現し、これらのサンプルを基にRAD-seq法による核DNAマーカー開発の準備が整いつつある。

This study aims to develop new knowledge about the ecological relationship between Japan's largest freshwater fish and its endangered species, as well as new techniques for the development of intraspecific DNA polymorphism. Now environmental DNA technology is mainly used for analyzing DNA bases of small organs in cells. It is generally used for analyzing DNA bases of small organs in cells. It is also used for analyzing DNA bases of small organs in cells. Nuclear DNA information in environmental water is collected at high density, and the diversity of genetic diversity in wild populations is evaluated. The development of this technology has led to the discovery of a limited number of species, the acquisition of injuries, the evaluation of diversity in the past, the exchange of information between groups, and the estimation of possibilities. The RAD-seq method is used in this analysis, and the nuclear DNA exploration method is necessary in H29. Co-researcher (JSPS Special Fellow for Foreigners) was appointed at the end of October, 2029, and during the period from May to June, 2029. Under the cooperation of research collaborators, DNA extraction from about 30 individuals was carried out, and nuclear DNA was prepared by RAD-seq method.