未知翻訳後修飾にも対応する翻訳後修飾の一斉定量分析法の開発

开发一种同时定量分析翻译后修饰的方法，该方法也支持未知的翻译后修饰

• 批准号: 19657032
• 负责人: 足立 淳
• 金额: $ 2.24万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19657032/
• 关键词: 翻訳後修飾; 質量分析; プロテオーム

前年度までに構築した、細胞内・細胞外の環境変化に反応するタンパク質の修飾を質量分析計を用いて検出するシステムを用いて、今年度は(1)ペプチド配列同定・定量系のハイスループット化、(2)バイオインフォマティクスを用いた実験結果の解析を行った。具体的には蛋白質同定ソフトMascotと定量ソフトMascot Distillerを用いることにより、解析に要する時間を9割程度短縮した。さらに、検索時に、エラータラレント検索を用いることで、初期検索で同定されたタンパク質について、二次検索を行うことで、予想していなかった修飾も同定することが可能になり、実際にこれまで報告されていなかった鉄制御蛋白質IRP2のポリグルタミン修飾や糖鎖修飾を同定した。その際にSILAC標識細胞を用いて、13Cペプチドと12CペプチドのMS/MSを比較し、yイオンの帰属を確認することで、同定の精度を向上させた。また同時に1アミノ酸置換も多数同定された。1アミノ酸置換の多くはSNPによるものと考えられ、臨床サンプルを用いたプロテオーム解析に有用な検索方法であると思われる。次にバイオインフォマティクス解析については、パスウェイ解析、ジーンオントロジー解析、学習型蛋白質機能推定解析を用いて、相互作用する蛋白質、シグナル経路、細胞内部位、細胞内機能を推定するための情報処理基盤を整備し、実験結果を可視化したり、統計的に順位付けをすることで、結果の解釈を容易に行うことが可能となった。本研究で構築した手法では、一度に蛋白質の翻訳後修飾と1アミノ酸置換を同定、定量することができるため、今後、臨床サンプルを用いて、翻訳後修飾とSNPなど遺伝的要因との関連性を明らかにすることが期待される。

Before the annual ま で に build し た, cells, extracellular の environment - に anti 応 す る タ ン パ ク qualitative の modified を quality analysis meter を with い て 検 out す る シ ス テ ム を with い て, our は "(1) ペ プ チ ド match column, with fixed quantitative is の ハ イ ス ル ー プ ッ ト, (2) バ イ オ イ ン フ ォ マ テ ィ ク ス を with い た be 験 result analytical line を っ の た. Specific に は proteins might be ソ フ ト Mascot と quantitative ソ フ ト Mascot Distiller を with い る こ と に よ り, analytical に す る を 9 degree of cut shortening time し た. さ ら に, 検 に, エ ラ ー タ ラ レ ン ト 検 cable を with い る こ と で, initial 検 で with fixed さ れ た タ ン パ ク qualitative に つ い て, secondary 検 を line う こ と で, to want to し て い な か っ た modified も with fixed す る こ と が may に な り, be interstate に こ れ ま で report さ れ て い な か っ た iron objects suppression protein IRP2 の ポ リ グ ル タ ミ ン modification Youdaoplaceholder0 glycolock-modifying を is the same as a stationary た. そ の interstate に SILAC identify cells を using い て, 13 c ペ プ チ ド と 12 c ペ プ チ ド の MS/MS を し, y イ オ ン の 帰 genus を confirm す る こ と で, with fixed の precision を upward さ せ た. Youdaoplaceholder0 at the same time に1ア また ノ ノ acid displacement に majority congruent された. More than 1 ア ミ ノ acid replacement の く は SNP に よ る も の と exam え ら れ, clinical サ ン プ ル を with い た プ ロ テ オ ー ム parsing に useful な 検 rope method で あ る と think わ れ る. Time に バ イ オ イ ン フ ォ マ テ ィ ク ス parsing に つ い て は, パ ス ウ ェ イ parsing, ジ ー ン オ ン ト ロ ジ ー presumption, learning protein function parse を with い て, interaction す る protein, シ グ ナ ル 経 road, cells, cell function を presumption す る た め の intelligence 処 gearing up base plate を し, be を 験 results visualization し た り, statistics The に sequence is followed by けをする とが とで とで, and the result is を solution を is likely to に and う とが とが may となった. で this study constructs し た gimmick で は, once に protein modification after の turn 訳 と 1 ア ミ ノ acid replacement を with fixed, quantitative す る こ と が で き る た め, in the future, clinical サ ン プ ル を with い て, modification after turn 訳 と SNP な ど but 伝 by と の masato even sex を Ming ら か に す る こ と が expect さ れ る.

项目成果

Oxidative modificomics analysis of cysteine thiols

半胱氨酸硫醇的氧化修饰组学分析

• 发表时间: 2009
• 作者: Jun Adachi;Keishi Kihara;Tomonari Matsuda
• 通讯作者: Tomonari Matsuda

Unbiased quantification of oxidative modifications of cysteine thiols by double labeling approach using isotope amino acids and affinity Tags (DLIAA).

使用同位素氨基酸和亲和标签 (DLIAA) 通过双标记方法对半胱氨酸硫醇的氧化修饰进行无偏定量。

• 发表时间: 2008
• 作者: Jun Adachi;Keishi Kihara;Tomonari Matsuda
• 通讯作者: Tomonari Matsuda

The human urinary proteome contains more than 1500 proteins, including a large proportion of membrane

人类尿液蛋白质组含有1500多种蛋白质，其中很大一部分是膜蛋白

• 发表时间: 2007
• 作者: Jun Adachi;Keishi Kihara;Tomonari Matsuda;足立淳
• 通讯作者: 足立淳