プロテオミックス的手法を用いた薬剤作用解析システムの構築

利用蛋白质组学方法构建药物作用分析系统

• 批准号: 19658047
• 负责人: 室井 誠
• 金额: $ 2.24万
• 依托单位: The Institute of Physical and Chemical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19658047/
• 关键词: proteomic analysis; small molecule; target protein; 2D-DIGE; proteome analysis; target Protein; プロテオミクス; 阻害剤; 標的分子; プロテオーム解析; HeLa細胞; クラスター解析

昨年度に続き、薬剤標的を同定することを目的として、プロテオミックスを応用した薬剤解析システムの構築を行なった。本システムでは、二次元電気泳動を行なった全てのゲルで検出されるスポットを解析対象にするように解析系をデザインした。しかし、比較薬剤数を多くする為に解析するゲルの数が増えた場合に、現在の手法では、全てのスポットデータを欠損無く得ることが難しい為に、本方法では比較に用いることのできるスポットが減少することがわかった。そこで、約40枚のゲルを用いて再現性よく検出できた約300スポットを選出し、これらのスポットについてゲルのゆがみを補正する英国Nonlinear Dynamics社製Progenesis Same Spotsを用いることによって欠損値の無いデータを得ることした。これらのスポットを用いてクラスター解析を行なったところ、以前の方法に比べ比較できるスポットが少なくなることによるクラスタリングの精度の低下を抑制する良好な結果が得られた。これを基にデータベースシステムの変更を行った。本システムのデータベースとなる、既知化合物の解析を行ない、以前解析を行なったデータも再度スポットの定量を行ないデータベースに登録し、システム再構築した。解析のために選択したスポットのうち、いくつかの未同定のスポットの同定を行い解析時に利用できるようにシステムに登録した。クラスター解析を行ない、検討した阻害剤が作用によって分類できることを確認した。

Yesterday's annual に 続 き, 薬 tonic mark を be す る こ と を purpose と し て, プ ロ テ オ ミ ッ ク ス を 応 with し た 薬 tonic parsing シ ス テ ム の line build を な っ た. This シ ス テ ム で は, secondary yuan electric line 気 swimming を な っ た full て の ゲ ル で 検 out さ れ る ス ポ ッ ト を parsing like に seaborne す る よ う に parsing system を デ ザ イ ン し た. し か し, comparative 薬 tonic を much く す る for analytical す に る ゲ ル の number が raised え た に, now の technique で は, whole て の ス ポ ッ ト デ ー タ を owe loss no く る こ と が difficult し い に, this method で は compare に with い る こ と の で き る ス ポ ッ ト が reduce す る こ と が わ か っ た. そ こ で, about 40 の ゲ ル を with い て reproducibility よ く 検 out で き た about 300 ス ポ ッ ト を し, こ れ ら の ス ポ ッ ト に つ い て ゲ ル の ゆ が み を corrected す る British Nonlinear Dynamics system of social Progenesis Same Spotsを with を る とによって とによって とによって undervalue <s:1> no <s:1> デ タを タを る る と た た た た た る. こ れ ら の ス ポ ッ ト を with い て ク ラ ス タ ー parsing line を な っ た と こ ろ, comparison is の method に before べ で き る ス ポ ッ ト が less な く な る こ と に よ る ク ラ ス タ リ ン グ の precision low の を inhibit す る な good results ら が れ た. <s:1> れを is based on にデ にデ タベ タベ スシステム スシステム スシステム った to change を rows った. This シ ス テ ム の デ ー タ ベ ー ス と な る line, both known compounds の analytic を な い, before parsing を な っ た デ ー タ も again ス ポ ッ ト の quantitative を line な い デ ー タ ベ ー ス に login し, シ ス テ ム to construct し た. Parsing の た め に sentaku し た ス ポ ッ ト の う ち, い く つ か の failed with の ス ポ ッ ト の with fixed line を い parsing に using で き る よ う に シ ス テ ム に login し た. Line ク ラ ス タ ー parsing を な い, beg し 検 た resistance against tonic が role に よ っ て classification で き る こ と を confirm し た.

项目成果

GUT-70、並びに、誘導体 BNS-22 のプロテオミクスを用いた作用標的解析

利用蛋白质组学对 GUT-70 及其衍生物 BNS-22 进行靶标分析

• 发表时间: 2008
• 作者: 室井 誠;他
• 通讯作者: 他

The identification of an osteoclastogenesis inhibitor through the inhibition of glyoxalase I

• DOI: 10.1073/pnas.0712239105
• 发表时间: 2008-08-19
• 期刊: PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA
• 影响因子: 11.1
• 作者: Kawatani, Makoto;Okumura, Hideo;Osada, Hiroyuki
• 通讯作者: Osada, Hiroyuki

Polo-like kinase 1 phosphorylates and regulates Bcl-xL during pironetin-induced apoptosis.

Polo 样激酶 1 在 Pironetin 诱导的细胞凋亡过程中磷酸化并调节 Bcl-xL。

• 发表时间: 2009
• 期刊: Oncogene 28
• 作者: Simizu;S. (7名中2番目);Muroi;M. (7名中3番目);Osada;H. (7名中7番目)
• 通讯作者: H. (7名中7番目)

Requirement of the conserved, hydrophobic C-terminus region for the activation of heparanase.

• DOI: 10.1016/j.yexcr.2008.07.004
• 发表时间: 2008-09
• 期刊: Experimental cell research
• 影响因子: 3.7
• 作者: N. Lai;S. Simizu;Daiki Morisaki;M. Muroi;H. Osada

薬剤処理 HeLa 細胞のプロテオームプロファイリングシステムの拡張

扩展药物处理 HeLa 细胞的蛋白质组分析系统

• 发表时间: 2009
• 作者: 室井 誠;他
• 通讯作者: 他