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ゲノム情報を用いた生物種判別と集団遺伝解析に対する統計的手法の開発

利用基因组信息开发物种鉴定和群体遗传分析的统计方法

基本信息

批准号：
23570108
负责人：
徐泰健
金额：
$ 3.33万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2011
资助国家：
日本
起止时间：
2011 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23570108/
关键词：
分子進化集団遺伝分岐年代進化速度ベイズ推定刺胞動物

项目摘要

分子進化や集団遺伝の研究ではDNA塩基置換情報を用いた解析がよく行われる。タンパク質コード遺伝子の解析において、アミノ酸を変化させる非同義DNA置換とアミノ酸を変化させない同義DNA置換を適切に利用することにより、自然淘汰の検出や集団の履歴などの推定が可能となる。初年度の研究として、非同義置換・同義置換を利用した分子進化データ解析を行い、これらの統計的な有効性を検証した。48種の刺胞動物から得られた13種類のミトコンドリアタンパク質コード遺伝子を用いて系統関係を推定し、コドンモデルとDNA塩基置換モデルを適用して分岐年代と同義・非同義置換の進化速度を推定した。刺胞動物の祖先年代は、コドンモデルとDNA塩基置換モデルの適用で各々741(686,819)MYA、842(796,895)MYAと推定された(MYA : Million Years Ago;格好は95%ベイズ信用区間)。推定された系統樹の枝の長さが違うため、両モデルの推定結果はやや違うが、95%信用区間が重なることと先行研究で報告された違いを考慮すると比較的に合致する結果であるといえる。また、刺胞動物の中で相当な分子進化速度のバラツキがあることが分かった。従来はAnthozoaの分子進化速度がMedusozaより遅いと思われたが、Anthozoaの一部の種はMedusozaの一部の種より進化速度が速いことが明らかになった。これは、進化速度の定量化は精度よい統計的手法に基づくべきであることを示唆する結果である。系統関係推定において、RobustグループとComplexグループからなるScleractiniaグループの単系統が100%の事後確率で支持された。また、Anthozoaの単系統が否定され高い事後確率でMedusozoaグループとOctocoralliaグループの単系統が支持された。

The molecular evolution method is used to analyze the information of the DNA. In this paper, we analyze the data in this paper, and analyze the data in this paper. In this paper, we analyze the problem that the DNA is not the same as that of the same DNA, and that it is possible to use the method of natural elimination. At the beginning of the year, we studied the results of the study, the homology of non-synonyms, the use of molecular analysis, and the statistical analysis of sexual data. The 48-year-old cell-driven animals have obtained the presumption of the speed of evolution of the same kind of bifurcations in the same way as in the same period of time, in the same way as in the age of bifurcation, the speed of evolution is inferred by the use of the system, the DNA, and the bifurcation of the same age. The ancestral age of the animal and the DNA of the animal were used respectively in 741 (686819) MYA and 842 (796895) MYA (MYA: Million Years Ago;) for 95% of the credit zone. It is presumed that the results of the long-term and long-term health of the system, the results of the presumption, the weight of 95% of the credit zones, and the results of the comparison of the results of the study of the financial situation in the credit zone of 95% of the credit zones are not significant. The rate of molecular evolution is similar to that of stinging cells in animals. In recent years, the speed of molecular evolution of Anthozoa, the speed of molecular evolution, the speed The method of quantifying the speed of progress and the accuracy of the statistics is based on the accuracy of the results. The system system is presumed to be in error, and the Robust system is responsible for Complex failure. The Scleractinia failure rate is 100%. The Anthozoa system denies that the post-event confirmation rate is higher than that of the Medusozoa system. The Octocorallia system supports the system.