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ダニ媒介性感染症の疫学を目的としたMIG-seqによるマダニ類の集団遺伝学的解析

使用 MIG-seq 对蜱进行群体遗传分析，用于蜱传传染病的流行病学

基本信息

批准号：
19K23703
负责人：
尾針由真
金额：
$ 1.83万
依托单位：
Obihiro University of Agriculture and Veterinary Medicine
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
财政年份：
2019
资助国家：
日本
起止时间：
2019-08-30 至 2020-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19K23703/
关键词：
マダニ集団遺伝マダニ媒介性感染症集団遺伝学 MIG-seq

项目摘要

本研究は、農地環境と自然環境間のマダニ類およびその保有病原体の移出入を推定することを目的として、両環境間におけるマダニの集団遺伝学的構造および病原体朋友状況を明らかにすることを目的としている。集団遺伝学的解析を行なう上で次世代シーケンサーによるSNP検出を行なうこととしたが、マダニ類は体内に様々な共生細菌類を有しており、マダニ個体全体を用いてDNAを抽出すると、それらのDNAも同時に抽出してしまい、解析にバイアスが生じる懸念が有る。そこで本年度はまず、コンタミネーションを抑えたマダニ類DNA抽出法の確立を試みた。原虫病研究センターで継代維持されていたフタトゲチマダニを70%エタノールで固定し、8本の脚からフェノール/クロロホルム/イソアミルアルコールをもちいてDNAを抽出したが、DNA濃度が十分ではなかった。またフラグメント長の分布を確認したところ、DNAが短いフラグメントに断片化されており、DNAの質も十分ではないことがわかった。これは、マダニ個体を70%エタノールで固定する際に、エタノールが十分に浸透しておらず、細胞の自己融解が進んでしまった可能性が考えられる。今後、冷凍固定または生鮮個体を用いてDNA抽出を試みる予定である。また、マイクロサテライトDNA領域を用いた集団遺伝学的解析も可能にするために、近年データベースに登録されたニュージーランド産のフタトゲチマダニの全ゲノム解析データを用いて、マイクロサテライトDNA領域の探索も開始した。現在108,295領域を発見し、利用可能性を検証している。

In this study, the environmental environmental indicators in the agricultural environment do not keep pathogens moving in and out of the natural environment. In this study, in the agricultural environment and in the agricultural environment, pathogens in the natural environment do not retain pathogens. In this study, in the agricultural environment and in the agricultural environment, pathogens in the natural environment do not retain pathogens. On the basis of the analysis of the data of the next generation, the next generation, the SNP, the symbiotic bacteria in the body, the whole body, the whole body, This year, we need to make sure that the DNA extraction method has been established for the current year. In the study of protozoonosis, 70% of the parasitosis was fixed, 8 copies of the foot were fixed, the DNA was extracted, and the DNA was very low. Make sure that the data is long, that the DNA is short, that the fragments are fragmented, and that the DNA is very sensitive. For example, 70% of the time, 70% of the samples are fixed, the temperature is very high, and the cells are fully saturated with each other, and the cells are able to dissolve the cells themselves. From now on, the cold DNA will be used to extract the predetermined data. In recent years, there has been a significant increase in the number of applications in the field of DNA. In recent years, there has been a significant increase in the number of applications in the field of DNA. We are now in the 108295 field of communication, taking advantage of the possibility.