遺伝性網膜疾患におけるエクソームシーケンスを用いた網羅的遺伝子解析法の確立

遗传性视网膜疾病外显子组测序综合基因分析方法的建立

• 批准号: 25462744
• 负责人: 赤堀 正和
• 金额: $ 3.24万
• 依托单位: 独立行政法人国立病院機構(東京医療センター臨床研究センター)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2013
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2013-04-01 至 2015-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-25462744/
• 关键词: エクソーム解析; 遺伝性疾患; 網膜

網膜の疾患は遺伝性の網膜疾患であることが多く、欧米では既知遺伝子変異の網羅的な解析により疾患の高い割合を占める遺伝子変異を報告している。しかしながら日本人は欧米人とは遺伝的背景が異なり、欧米での知見をそのまま用いることは出来ず、網羅的に候補原因遺伝子のエクソン配列を解析する必要がある。そこで本研究では、次世代シーケンサーを用いたエクソーム解析による膨大な変異情報の中から効率的に網膜疾患関連遺伝子の解析をおこなう「網膜疾患に特化したパイプライン」を構築することを目的としている。平成25年度の研究成果により、エクソーム解析による膨大な変異情報の中からdbSNPや1000 genomesプロジェクトなどによるSNPのアリル頻度情報や転写翻訳されるタンパクへの影響から疾患原因候補変異を絞込み、さらに遺伝性網膜疾患関連の単語をキーワードに用いてOMIMから抽出した網膜疾患の原因遺伝子に位置する変異情報のみを抽出し効率的に網膜疾患関連遺伝子の解析をおこなうパイプラインを構築できた。平成26年度はこの解析パイプラインを利用し遺伝性網膜疾患エクソーム解析をおこないサンガーシークエンス法やDNAアレイなどの方法では原因を特定することが困難であった原因変異を数多く同定することが出来た。また、既知の原因遺伝子に疾患責任変異が特定されなかった遺伝性網膜疾患家系については、今後さらに疾患情報や家系内検体を収集し全エクソン解析を進めることにより新規原因遺伝子の同定が期待される。これらの本研究成果が本邦においても近い将来試みられることが予想される遺伝子治療の基礎となると考えられる。

Retinal disease is a genetic disease. It is a genetic disease. The background of the Japanese and the Europeans is different, and the knowledge of the Europeans is necessary to analyze the candidate reasons for the selection. This study aims to analyze the relationship between retinal diseases and the development of retinal diseases in the next generation. Research Results of Heisei 2015: Analysis of SNP 1000 genomes, analysis of SNP loss frequency, analysis of SNP impact, candidate for disease cause, analysis of SNP variation The OMIM is used to extract information about the cause of retinal disease, the location of different information, and the analysis of retinal disease-related genes. In 2006, we analyzed the causes of retinal diseases, and found that the causes of retinal diseases were different. For example, if the cause of the disease is known, the responsibility for the disease will vary from specific to specific, and if the disease information will be collected in the family, the analysis of the disease will be carried out in the future. The results of this study are based on the results of future trials.

项目成果

Iwata Lab. PUBLICATION

岩田研究所

Whole exome analysis identifies frequent CNGA1 mutations in Japanese population with autosomal recessive retinitis pigmentosa.

• DOI: 10.1371/journal.pone.0108721
• 发表时间: 2014
• 期刊: PloS one
• 影响因子: 3.7
• 作者: Katagiri S;Akahori M;Sergeev Y;Yoshitake K;Ikeo K;Furuno M;Hayashi T;Kondo M;Ueno S;Tsunoda K;Shinoda K;Kuniyoshi K;Tsurusaki Y;Matsumoto N;Tsuneoka H;Iwata T
• 通讯作者: Iwata T

網膜疾患におけるExome解析

视网膜疾病的外显子组分析

• 发表时间: 2013
• 作者: 赤堀正和;岩田岳
• 通讯作者: 岩田岳

RETINA Medicine

视网膜医学

• 发表时间: 2012
• 作者: 喜多美穂里;栗山晶治;日下俊次;木村英也;塚原康友;斎藤喜博;安原徹;池田恒彦;安田美穂
• 通讯作者: 安田美穂

Whole-exome sequencing identifies a novel ALMS1 mutation (p.Q2051X) in two Japanese brothers with Alström syndrome.

全外显子组测序在两名患有阿尔斯特罗姆综合征的日本兄弟中发现了一种新的 ALMS1 突变 (p.Q2051X)。

• 发表时间: 2014
• 期刊: Molecular Vision
• 影响因子: 2.2
• 作者: Katagiri S;Yoshitake K;Akahori M;Hayashi T;Furuno M;Nishino J;Ikeo K;Tsuneoka H;Iwata T.
• 通讯作者: Iwata T.