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PROTEIN WORLD STUDIED BY PROTEIN DISTRIBUTION IN FAMILIES
通过家庭中的蛋白质分布来研究蛋白质世界
基本信息
- 批准号：20370058
- 负责人：
- 金额：$ 13.23万
- 依托单位：
- 依托单位国家：日本
- 项目类别：Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
- 财政年份：2008
- 资助国家：日本
- 起止时间：2008 至 2010
- 项目状态：已结题
- 来源：
- 关键词：
项目摘要
The validity of the concept of protein world was investigated by analyzing all amino acid sequences from the total genomes of many organisms, using a high performance membrane protein predictor. The analyses of the distribution of exons containing membrane spanning regions lead to the conclusion that the exon shuffling extensively occurred in eukaryotic genomes. The number distribution of transmembrane regions in membrane proteins was analyzed for real genomes and simulated genomes of prokaryotic genomes. The result indicated that the single exponential distribution is due to the equilibrium of the change in the transmembrane numbers. The results for both eukaryotes and prokaryotes suggested that the families of membrane proteins have already reached to the equilibrium of random processes in genomes.
蛋白质世界的概念的有效性进行了研究，通过分析所有的氨基酸序列，从许多生物体的总基因组，使用高性能的膜蛋白预测。通过对含有跨膜区的外显子分布的分析，得出了外显子改组广泛存在于真核生物基因组中的结论。针对原核基因组的真实的基因组和模拟基因组，分析了膜蛋白跨膜区的数量分布。结果表明，单指数分布是由于跨膜数变化的平衡。真核生物和原核生物的结果表明，膜蛋白家族已经达到基因组中随机过程的平衡。
项目成果
期刊论文数量（0）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
SOSUImpl : high performance prediction system for single-spanning membrane proteins
SOSUImpl：单跨膜蛋白的高性能预测系统
- DOI：
- 发表时间：2010
- 期刊：
- 影响因子：0.3
- 作者：T.Tsuji;F.Akazawa;R.Sawada;S.Mitaku
- 通讯作者：S.Mitaku
Effect of molecular assembly on photocycle of reconstituted bacteriorhodopsin : significant blue shift of the late M intermediate in the liquid crystalline phase
分子组装对重组细菌视紫红质光循环的影响：液晶相中晚期 M 中间体的显着蓝移
- DOI：
- 发表时间：2009
- 期刊：
- 影响因子：0
- 作者：M.Sonoyama;T.Kikukawa;Y.Yokoyama;M.Demura;N.Kamo;S.Mitaku
- 通讯作者：S.Mitaku
Physicoohemical properties of GPCR amino acid sequences for understanding GPCR-G-protein coupling
GPCR 氨基酸序列的物理化学特性有助于理解 GPCR-G 蛋白偶联
- DOI：
- 发表时间：2008
- 期刊：
- 影响因子：0
- 作者：G. D. Ghimire;H. Tanizawa;M. Sonoyama;S. Mitaku
- 通讯作者：S. Mitaku
Genome-wide analysis of the proteins with positive charge autocorrelation
具有正电荷自相关的蛋白质的全基因组分析
- DOI：
- 发表时间：2010
- 期刊：
- 影响因子：0
- 作者：R.Ke;S.Mitaku
- 通讯作者：S.Mitaku
Development of the prediction method of membrane protein topology
膜蛋白拓扑结构预测方法的发展
- DOI：
- 发表时间：2009
- 期刊：
- 影响因子：0
- 作者：T.Tsuji;S.Mitaku
- 通讯作者：S.Mitaku
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{{ truncateString('MITAKU Shigeki', 18)}}的其他基金
Prediction and Analysis for Structure and Function of Membrane Proteins
膜蛋白结构与功能的预测与分析
- 批准号：
12208005 - 财政年份：2000
- 资助金额：
$ 13.23万 - 项目类别：
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- 批准号：
23K08670 - 财政年份：2023
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- 资助金额：
$ 13.23万 - 项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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- 批准号：
22KJ1177 - 财政年份：2023
- 资助金额：
$ 13.23万 - 项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
Activation of silent gene clusters using microbial communication tools and elucidation of the mechanism
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22KJ1546 - 财政年份：2023
- 资助金额：
$ 13.23万 - 项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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使用短/长读长集成和完整的人类参考序列开发多组学数据分析方法
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- 资助金额：
$ 13.23万 - 项目类别：
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开发多倍体基因组的单倍型感知结构变异分析方法
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23K19338 - 财政年份：2023
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利用深度学习和开发统计预测结果评估方法加速个性化医疗
- 批准号：
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