In silico searching for biologically active peptides with a C-terminal amide based on h uman genome DNA structure

基于人类基因组 DNA 结构在计算机上寻找具有 C 末端酰胺的生物活性肽

• 批准号: 20590248
• 负责人: KIMURA Sadao
• 金额: $ 3.16万
• 依托单位: Chiba University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2010
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20590248/
• 关键词: 生理活性ペプチド; 生合成経路; オーファン受容体; G蛋白質共役型受容体; GPCR; in silico; G蛋白質共役受容体; ゲノム構造; バイオインフォーマティクス; G蛋白質共役受容; バイオインフオーマティクス

We have developed the computer program soft to predict the bioactive peptides based on the amino acid sequences of the precursor protein. The empirical biosynthetic rules of bioactive peptide from their precursor proteins were incorporated into the program, namely, precursor proteins contain a signal peptide and 50-300 amino acid residues, the lengths of the active peptides are 6-60 amino acid residues with 0～2 cystine (disulfide bond), and dibasic amino acid pairs at the cleavage sites. From the data bank of human genome structure (33,119 proteins), we predicted 352 candidates of bioactive peptides with a C-terminal amide. About 200 peptides of them were chemically synthesized and analyzed whether they are ligands to orphan G protein-coupled receptors or not.

我们开发了基于前体蛋白氨基酸序列预测生物活性肽的计算机程序软件。程序中融入了生物活性肽从其前体蛋白合成的经验规则，即前体蛋白含有一个信号肽和50-300个氨基酸残基，活性肽的长度为6-60个氨基酸残基，其中含有0~2个胱氨酸（二硫键），切割位点有二元氨基酸对。从人类基因组结构数据库（33，119个蛋白质）中，我们预测了352个具有C-末端酰胺的生物活性肽候选物。化学合成了其中约200个多肽，并分析了它们是否是孤儿G蛋白偶联受体的配体。

项目成果

モルモットβアドレナリン受容体の細胞内情報特性

豚鼠β-肾上腺素能受体细胞内信息特征

• 发表时间: 2010
• 作者: 柴田さゆり;田中芳夫;高橋裕美;木村定雄;粕谷善俊
• 通讯作者: 粕谷善俊

RGS2の選択的なAT1受容体シグナリング抑制効果-RGS2のN末端ドメインの役割-

RGS2 的选择性 AT1 受体信号传导抑制作用 - RGS2 N 末端结构域的作用 -

• 发表时间: 2010
• 作者: Gouraud S.S.;Waki H.;Bhuiyan M.E.R.;Takagishi M.;Kohsaka A.;Paton J.F.R.;Maeda M.;松崎直子・西山眞理子・諸井佳代子・木村定雄
• 通讯作者: 松崎直子・西山眞理子・諸井佳代子・木村定雄

実験的自己免疫性脳脊髄炎の病態進展におけるN型カルシウムチャネルの関与

N型钙通道参与实验性自身免疫性脑脊髓炎病理发展

• 发表时间: 2011
• 作者: 徳原直紀;並木香奈;上杉麻依;宮本千弘;大郷真;山内敏彦;黒光淳郎;木村定雄;宮本憲優;粕谷善俊
• 通讯作者: 粕谷善俊

モルモットβ_1アドレナリン受容体の細胞内情報特性

豚鼠β_1肾上腺素受体细胞内信息特征

• 发表时间: 2010
• 作者: 柴田さゆり;田中芳夫;高橋裕美;木村定雄;粕谷善俊
• 通讯作者: 粕谷善俊

N-type calcium channel in the pathogenesis of experimental autoimmune encephalomyelitis

N型钙通道在实验性自身免疫性脑脊髓炎发病机制中的作用

• DOI: 10.1074/jbc.m109.089805
• 发表时间: 2010
• 期刊: J. Biol. Chem
• 作者: Tokuhara N;Namiki K;Uesugi M;Miyamoto C;Ohgoh M;Ido K;Yoshinaga T;Yamauchi T;Kuromitsu J;Kimura S;Miyamoto N Kasuya Y
• 通讯作者: Miyamoto N Kasuya Y