A proteomic analysis of sample embedded in paraffin from patients with interstitial lung diseases

对间质性肺病患者石蜡包埋样本进行蛋白质组学分析

• 批准号: 21591005
• 负责人: HAYASHI Shinichi
• 金额: $ 2.91万
• 依托单位: Nihon University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 2011
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21591005/
• 关键词: 肺線維症; プロテオミクス; レーザーマイクロダイセクション; マイクロダイセクション

本研究では、びまん性肺疾患の病変組織をレーザーマイクロダイセクション(LMD)で切り出した後、プロテオミクス解析とTissue microarray(TMA)による解析を行い、病変部位の蛋白質発現の網羅的解析と、そのデータをもとにした、びまん性肺疾患病変部位の蛋白質の相互作用ネットワークを明らかにすることを目的としている。平成22年度までに、パラフィン包埋組織切片だけからトリプシン処理後にLC-MSで行った検討では、ケラチンとアルブミンしか同定することが出来なかった。本来であれば定量性のある検討を行う予定であったが、まず定性的に蛋白質が検出できるように、複数の切片からの検体をまとめて処理をする、また凍結切片からの検体も検討する。ケラチンの混入を防ぐ環境を作る。などの検討を行ってきたが、満足なデータは得られていないのが現状である。LMDで得られた検体は、通常mRNAを抽出してRT-PCRなどの非常に感度の高い方法で検索されることが多いが、今回の研究では、研究担当者のプロテオミクス研究の経験を生かして、微量のサンプルでも網羅的解析ができるのではないかと挑戦したが、技術的に困難な点が多かった。肺癌などの組織のLMDからプロテオミクス解析を行った報告は幾つかあるため、本研究も充分実施可能かと考えられたが、その違いは不明である。蛋白質発現を網羅的にネットワーク解析する観点は、びまん性肺疾患の病態を明らかにする手法として有用であると考えられるので、LMDなどによる組織選択性に拘らずに、まずは組織ホモジネートの解析などを先行すべきであった。

This study examines the pathogenesis of chronic pulmonary disease.ション(LMD)で Cutり出した后、プロテオミクスANALYSISとTissue microarray (TMA) analysis and analysis, analysis and analysis of protein expression in diseased parts, and analysisとにした、びまん性pulmonary disease disease part of the protein interaction ネットワクを明らかにすることをpurpose としている. LC- MS で行った検では、ケラチンとアルブミンしか同定することが出なかった. Originally it was a quantitative product that was made of protein and it was a qualitative product.うに、plural slicesからの検体をまとめてprocessingをする、またfrozen slicesからの検体も検questionする. The ケラチンの mixes into the をproof environment and works.などの検を行ってきたが、満足なデータは得られていないのがcurrent situation である. LMD is a very high-sensitivity method for extracting mRNA, and RT-PCR is a very sensitive method. The one who studied the のプロテオミクス research の経験を生かして and the trace のサンプルでも snare Analyze the technical difficulties and solve the technical problems. Lung Cancer Analysis and Analysis of Lung Cancer Organs and LMDs It is possible that this research will not be fully carried out, and it is not clear whether it is possible or not. Protein disease appears in the net, and the analysis and analysis points, the morbidity and morbidity of sexual lung disease, and the techniques and techniques are useful and useful.えられるので、LMDなどによるorganization selection択性に揂らずに、まずはorganizing ホモジネートのanalyzing などをfirst すべきであった.