Comprehensive and functional analysis of Medaka small RNAs using next generation sequencer

使用下一代测序仪对青鳉小 RNA 进行全面的功能分析

• 批准号: 21310125
• 负责人: ASAKAWA Shuichi
• 金额: $ 10.73万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 2011
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21310125/
• 关键词: 動物ゲノム; メダカ; トラフグ; 次世代シーケンサー; 小分子RNA; マイクロRNA; piRNA; トランスクリプトーム; miRNA; 遺伝子発現; 魚類; 発現フロフィール; 新規RNA

In this study, we analyzed the sequences of small RNAs(miRNA, piRNA, siRNA) extracted form tissues(Fast muscle, slow muscle, intestine, eye, brain, liver, ovary, testis, and embryos) of medaka(Oryzias latipes) and torafugu(Takifugu rubripes), and showed the expression profiles of the RNAs. In the tissues except for ovary and testis, the major species of expression were miRNAs, whereas in the ovary and testis, those were assumed to be piRNAs. There were found many unknown RNA species that were commonly expressed in medaka and torafugu

在本研究中，我们分析了从青竹(Oryzias Latipe)和罗非鱼(Takifugu Rubripe)组织(快肌、慢肌、肠、眼、脑、肝、卵巢、睾丸和胚胎)中提取的小RNA(miRNA、piRNA、siRNA)的序列，并展示了这些RNA的表达谱。在除卵巢和睾丸外的其他组织中，主要表达的是miRNAs，而在卵巢和睾丸中的表达被认为是piRNAs。发现了许多未知的rna物种，这些rna通常在青竹和龙舌兰中表达。

项目成果

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Comprehensive analysis of small RNA in Takifugu rubripes

红鳍东方鲀小RNA的综合分析

• 发表时间: 2011
• 作者: C. Wongwarangkana;M. Akiba;R. Terai;K. Negoro;K. E. Fujimori;S. Kinoshita;A. Shimizu;K. Sakai;S. K. Kojima;S. Mitsuyama;I. Kikuzato;M. Teruya;M. Nezuo;S. Yano;Y. Miwa;Y. Imada;Y. Sato;T. Masatoshi;J. Kudoh;T. Hirano N. Shimizu;S. Watab
• 通讯作者: S. Watab

Deep sequencing and profiling of micro RNAs in torafugu and medaka, The Japanese Society of Fisheries Science Spring meeting 2010

虎河豚和青鳉中微小 RNA 的深度测序和分析，日本水产科学会 2010 年春季会议

• 发表时间: 2010
• 作者: チャニンヤーウォンワランカナ・秋葉正毅;藤森一浩;木下滋晴;清水厚志・堺弘介・小島サビヌ和子・満山進;喜久里育也・佐藤友紀;照屋盛実;鼠尾まい子・矢野修一・三輪友希乃・今田有美・塚原正俊;工藤純;平野隆;清水信義;渡部終五・浅川修一
• 通讯作者: 渡部終五・浅川修一

次世代シーケンサーを用いたメダカ・トラフグ小分子RNAのシーケンシング

使用新一代测序仪对青鳉鱼和虎河豚小分子 RNA 进行测序

• 发表时间: 2010
• 作者: 姫野敦士;折田和泉;中村聡;今中忠行;福居俊昭;辻正二;青井真・功刀卓・鈴木亘・森川信之・藤原広行;浅川修一
• 通讯作者: 浅川修一

Comprehensive analysis of small RNA in Takifugu rubripes and Oryzias latipes

红鳍东方鲀和拉氏东方鲀小RNA的综合分析

• 发表时间: 2012
• 作者: C. Wongwarangkana;M. Akiba;R. Terai;K. Negoro;K. E. Fujimori;S. Kinoshita;A. Shimizu;K. Sakai;S. K. Kojima;S. Mitsuyama;I. Kikuzato;M. Teruya;M. Nezuo;S. Yano;Y. Miwa;Y. Imada;Y. Sato;T. Masatoshi;J. Kudoh;T. Hirano N. Shimizu;S. Watab
• 通讯作者: S. Watab