Epigenomic analysis of gastrointestinal cancer cells

胃肠道癌细胞的表观基因组分析

• 批准号: 21790675
• 负责人: SUZUKI Hiromu
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: Sapporo Medical University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 2010
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21790675/
• 关键词: 消化器癌; メチル化; エピゲノム; 癌幹細胞

In order to dissect the epigenome of gastrointestinal cancer, we analyzed the chromatin signatures and gene expression in colorectal cancer (CRC) cells. We carried out high-throughput ChIP-seq analysis and compared the data with gene expression and microRNA (miRNA) expression signatures. We also examined the DNA methylation and histone modifications in primary CRC tissues. Through these analyses, we identified a number of epigenetically silenced miRNA genes in CRCs. Our study provided a large set of epigenome data in CRC cells, suggesting that the data set are useful tools to identify cancer related genes or miRNAs.

为了剖析胃肠道癌的表观基因组，我们分析了大肠癌（CRC）细胞的染色质特征和基因表达。我们进行了高通量ChIP-seq分析，并将数据与基因表达和microRNA（miRNA）表达特征进行了比较。我们还检查了原发性CRC组织中的DNA甲基化和组蛋白修饰。通过这些分析，我们在CRC中鉴定了许多表观遗传学沉默的miRNA基因。我们的研究提供了CRC细胞中的大量表观基因组数据，表明该数据集是鉴定癌症相关基因或miRNA的有用工具。

项目成果

CIMP大腸癌の起源

CIMP结直肠癌的起源

• 发表时间: 2010
• 作者: 山本英一郎;鈴木拓;山野泰穂;神前正幸;甲斐正広;菅井有;時野隆至;今井浩三;篠村恭久;豊田実
• 通讯作者: 豊田実

Epigenetic inactivation of calcium-sensing receptor in colorectal carcinogenesis

• DOI: 10.1038/modpathol.2011.10
• 发表时间: 2011-06-01
• 期刊: MODERN PATHOLOGY
• 影响因子: 7.5
• 作者: Hizaki, Keiichi;Yamamoto, Hiroyuki;Shinomura, Yasuhisa
• 通讯作者: Shinomura, Yasuhisa

多発胃癌背景胃粘膜における異常メチル化

多发性胃癌背景 胃粘膜甲基化异常

• 发表时间: 2009
• 作者: 山本英一郎;豊田実;鈴木拓;山本博幸;山野泰穂;菅井有;今井浩三;篠村恭久
• 通讯作者: 篠村恭久

大腸癌におけるIGFBP7のメチル化とCIMPとの相関

结直肠癌中 IGFBP7 甲基化与 CIMP 的相关性

• 发表时间: 2009
• 作者: 鈴木拓;五十嵐伸一;高丸博之;新沼猛;山本英一郎;野島正寛;山本博幸;豊田実;今井浩三;篠村恭久
• 通讯作者: 篠村恭久

Array-based genomic resequencing of human leukemia

• DOI: 10.1038/onc.2010.117
• 发表时间: 2010-06-24
• 期刊: ONCOGENE
• 影响因子: 8
• 作者: Yamashita, Y.;Yuan, J.;Mano, H.
• 通讯作者: Mano, H.