病原体が持つ抗原変異多コピー遺伝子ファミリーのメタゲノム解析

病原体抗原变异多拷贝基因家族的宏基因组分析

• 批准号: 10F00786
• 负责人: 五斗 進
• 金额: $ 1.41万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-10F00786/
• 关键词: 抗原変異; 多コピー遺伝子ファミリー; 配列解析; データベース; マラリア原虫; メタゲノム; 病原微生物

本研究の目的は、病原微生物が抗原変異性を獲得してきたメカニズムを遺伝子配列の計算機解析によって解明することである。抗原変異は多くの病原微生物がホストの免疫系を逃れるために獲得してきた仕組みであり、ある種の病原微生物に対するワクチン開発が困難な理由の一つとなっている。そこで本研究では抗原変異に関わる遺伝子ファミリーを収集し、その配列を比較することにより抗原性獲得、特に配列多様性の獲得メカニズムについて明らかにする。このような解析は個々の遺伝子ファミリーではこれまでも進められてきたが、複数の遺伝子ファミリー、複数の生物種で解析するためのリソースはなかった。そのため、本研究ではデータベースをはじめとする計算機リソースを開発し、世界中の研究者がワクチン開発などに応用できるような解析環境も整備する。平成24年度は、ブロード研究所がシーケンシングしたデータのうち、抗原変異遺伝子群の一つであるrif遺伝子ファミリーのデータを公開前に解析する許可を得たので、解析を開始することができた。まず、得られたデータから抗原変異部位を抽出する方法を開発した。抗原変異部位は、定義からも分かるように多くの変異が入った部位であるため、よく保存された配列領域を使って抽出する従来手法はそのまま適用できない。そこで、今回は、ゲノム領域の中からよく保存された領域を除外する方法を取った。この方法が適用出来るかどうかを判定するために、リファレンスとして公開されているマラリア原虫ゲノムをランダムに抽出したデータを用いてテスト行ったところ良好な結果を得たので、今後引き続きrif遺伝子の抽出を進める予定である。平成24年度は、抗原変異遺伝子のデータベースvarDBの改良も平成23年度に引続き行った。

The purpose of this study was to obtain the antigens of pathogenic microorganisms in order to analyze the clinical data of pathogenic microorganisms. The immune system of the immune system escaped from the immune system through multiple antigen tests. The pathogenic microorganisms were detected by the immune system, and the pathogenic microorganisms by the immune system. In this study, antigens, antigenicity, antigenicity and multiplicity were detected in this study. This is the first time for the analysis of two sub-systems. This is not true. This is true. This is not true. This is true. This is not true. This is true. In this study, the computer and the researchers in the world have started to analyze the environment by means of environmental analysis. In the 24th year of Pingcheng, the Institute of Research and Development of the Institute of Medical Sciences and the Institute of Medical Sciences in Pingcheng have made it possible to analyze the results of the analysis before the opening of the public, and the subgroups of antigens and antigens in the first half of the year may be available to the public. The method of extraction of antigens from the antigenic sites can be used to open the test. The antigen is divided into several parts, the antigens are defined, the antigens are separated, the antigens are defined, the antigens are separated, the antigens are defined, the antigens are separated, the antigens are defined, the antigens are separated, the antigens are defined, the antigens are separated, the antigens are defined, the antigens are separated, the antigens are defined, the antigens are separated, the antigens are defined, the antigens are separated, the antigens are defined, the antigens are separated, the antigens are defined, the antigens are divided, the antigens are saved, and the fields are allocated so that the antigens are drawn out to manipulate them. This time, this time, in the field of information, except for the method of saving the domain. The method was used to determine whether or not the parasite parasite was extracted. The method was used to determine whether or not the protozoa were extracted. The method was used to determine the accuracy of the method. The method was used to determine the accuracy of the method. The method was used to determine the accuracy of the extraction of protozoa. The method was used to determine the accuracy of the extraction of protozoa. The results showed that the results of good results were good, and then the extraction of rif spools was determined. Pingcheng 24, antigen, varDB, improvement, Pingcheng 23, lead the line.