環境汚染物質に対する肺プロテオーム・メタボロームの応答に関するバイオインフォマティクス研究
肺蛋白质组和代谢组对环境污染物响应的生物信息学研究
基本信息
- 批准号:04F04770
- 负责人:
- 金额:$ 1.54万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for JSPS Fellows
- 财政年份:2004
- 资助国家:日本
- 起止时间:2004 至 2006
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
本研究の目的は、データベース開発・構築の技術を習得することと、それを利用して2つのクラスの大気汚染物質間のメカニズムの違いと相乗効果による毒性を明らかにすることである。特に、以前からの研究テーマであるオゾンと1-ニトロナフタレンのラットに対する影響解析によって得られたメタボロームとプロテオームのデータを関連付けるための統合データベースの開発を提案した。データベースの設計は完了し、MySQLを用いてLungToxデータベースとして実装した。このデータベースの重要な部分は、発現パターンの影響を受けた部分をKEGGパスウェイ中で表示するところである。もともとトランスクリプトームデータ用に設計されたKegArrayがこの目的に適当であることが判明したので、プロテオーム・メタボロームデータを扱えるように拡張することを提案した。現在、この提案に沿ってKegArrayの改良が進められているところである。さらに、本研究に関連する代謝系のデータをKEGGプロジェクトに提供し、KEGGパスウェイデータに統合された。ラットの気道におけるプロテオーム解析は、以前所属していた研究室との共同研究が進められており、実験が終了次第LungToxデータベースに統合し、インターネットで公開する。今年度は、2次元電気泳動(2DE)における実験後の定量解析時に生じる変動誤差に関する研究も行った。以前の研究室で開始した研究を完了して論文としてまとめたところiHUPOでの年次総会のキーノートスピーチに招待された。この後2つのレビュー論文としてまとめた。1つ目はこれまでの研究の拡張で、新しくリリースされたImageMaster 2D Platinumの評価を含めたものである。2つ目は現状の2DE解析における変動誤差の原因を議論した招待論文である。ここでは2DEが有力な定量プロテオミクス手法となる原動力となった可視化を含めたソフトウェアアルゴリズムの改良についてレビューした。具体的な内容以下の通り。(1)タンパク質の可視化と画像認識、(2)内部標準化手法、(3)バックグラウンド除去アルゴリズム、(4)分布の正規性、(5)2DE解析ソフトウェアパッケージを評価するための標準化されたテストの必要性。
は の purpose, this study デ ー タ ベ ー ス open 発, constructing を の technology acquisition す る こ と と, そ れ を using し て 2 つ の ク ラ ス の big 気 pollutants between の メ カ ニ ズ ム の violations い と phase 乗 unseen fruit に よ る toxicity を Ming ら か に す る こ と で あ る. に, before か ら の research テ ー マ で あ る オ ゾ ン と 1 - ニ ト ロ ナ フ タ レ ン の ラ ッ ト に す seaborne る influence analytic に よ っ て have ら れ た メ タ ボ ロ ー ム と プ ロ テ オ ー ム の デ ー タ を masato even pay け る た め の integration デ ー タ ベ ー ス の open 発 を proposal し た. デ ー タ ベ ー ス の design finished は し, MySQL を い て LungTox デ ー タ ベ ー ス と し て be loaded し た. こ の デ ー タ ベ ー ス な important part の は, 発 パ タ ー ン の を by け た part を KEGG パ ス ウ ェ イ in said で す る と こ ろ で あ る. も と も と ト ラ ン ス ク リ プ ト ー ム デ ー タ use に design さ れ た KegArray が こ の purpose に appropriate で あ る こ と が.at し た の で, プ ロ テ オ ー ム · メ タ ボ ロ ー ム デ ー タ を Cha え る よ う に company, zhang す る こ と を proposal し た. Now, the <s:1> <s:1> proposal に is improved along the ってKegArray <s:1> が into められて ると ると ろである ろである ろである ろである ろである. さ ら に, this study に masato even す る metabolism is の デ ー タ を KEGG プ ロ ジ ェ ク ト に し, KEGG パ ス ウ ェ イ デ ー タ に integration さ れ た. ラ ッ ト の 気 way に お け る プ ロ テ オ ー ム analytical は, belongs before し て い た laboratory と の が joint research into め ら れ て お り, be 験 が end time LungTox デ ー タ ベ ー ス に integration し, イ ン タ ー ネ ッ ト で す publicly る. This year, after the における experimental study of 2d electrical movement (2DE), the <s:1> quantitative analysis of に biological じる variation error に is related to する research った. Used to start し の laboratory で た study finished を し て paper と し て ま と め た と こ ろ iHUPO で の years time will 総 の キ ー ノ ー ト ス ピ ー チ に entertain さ れ た. The following 2 レビュ レビュ レビュ と paper と てまとめた てまとめた. 1 つ は こ れ ま で の の research company, zhang で, new し く リ リ ー ス さ れ た ImageMaster 2 d Platinum の review 価 を containing め た も の で あ る. 2 における current situation of 2DE Analysis における cause of change error <e:1> discussion た welcome papers である. こ こ で は 2 DE が な strong quantitative プ ロ テ オ ミ ク ス gimmick と な る impulsion と な っ た visualization を containing め た ソ フ ト ウ ェ ア ア ル ゴ リ ズ ム の improved に つ い て レ ビ ュ ー し た. The specific content of な is directly copied to な. (1) タ ン パ ク qualitative の visualization と portrait cognition, internal standardization technique (2), (3) バ ッ ク グ ラ ウ ン ド remove ア ル ゴ リ ズ ム, (4) distribution の normality, (5) 2 DE analytic ソ フ ト ウ ェ ア パ ッ ケ ー ジ を review 価 す る た め の standardized さ れ た テ ス ト の necessity.
项目成果
期刊论文数量(4)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Classifying Microarray Data Using Pairwise Similarity between Gene Profiles
使用基因图谱之间的成对相似性对微阵列数据进行分类
- DOI:
- 发表时间:2005
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Wan;R
- 通讯作者:R
Software-induced variance in 2-dimensional gel electrophoresis image analysis
二维凝胶电泳图像分析中软件引起的方差
- DOI:
- 发表时间:2005
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Wheelock;ÅM
- 通讯作者:ÅM
Effects of post-electrophoretic analysis on variance in gel-based proteomics
电泳后分析对基于凝胶的蛋白质组学方差的影响
- DOI:
- 发表时间:2005
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Wheelock;ÅM
- 通讯作者:ÅM
In vivo effects of long term ozone exposure on protein aadduct formation by 1-nitronaphtalene in rat lung
长期臭氧暴露对大鼠肺中 1-硝基萘形成蛋白质加合物的体内影响
- DOI:
- 发表时间:2005
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Wheelock;ÅM
- 通讯作者:ÅM
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五斗 進其他文献
POST: プロテオーム解析ワークフローの標準化
POST:蛋白质组分析工作流程的标准化
- DOI:
- 发表时间:
2015 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
守屋 勇樹;河野 信;奥田 修二郎;山本 格;松本 雅記;小林 大樹;荒木 令江;吉沢 明康;五斗 進;田畑 剛;杉山 直幸;石濱 泰 - 通讯作者:
石濱 泰
A Study on Development of a Deductive Object-Oriented Database and Its Application to Genome Analysis
演绎面向对象数据库的开发及其在基因组分析中的应用研究
- DOI:
- 发表时间:
1994 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
五斗 進 - 通讯作者:
五斗 進
配列類似性に基づいたウイルスゲノム自動分類法
基于序列相似性的病毒基因组自动分类
- DOI:
- 发表时间:
2018 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
黒西 愛;Blanc-Mathieu;R.;遠藤 寿;五斗 進;緒方 博之 - 通讯作者:
緒方 博之
jPOST 同定結果のFDR改善を目指す再解析プロトコルの開発
开发再分析协议,旨在提高 jPOST 识别结果的 FDR
- DOI:
- 发表时间:
2017 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
吉沢 明康;田畑 剛;守屋 勇樹;河野 信;奥田 修二郎;渡辺 由;山本 格;松本 雅記;高見 知代;小林 大樹;荒木 令江;杉山 直幸;田中 聡;五斗 進;石濱 泰 - 通讯作者:
石濱 泰
Classical Mechanism is Optimal in Classical-Quantum Differentially Private Mechanisms
经典机制在经典量子差分隐私机制中是最优的
- DOI:
- 发表时间:
2020 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
黒西 愛;Blanc-Mathieu;R.;遠藤 寿;五斗 進;緒方 博之;Y. Yoshida and M. Hayashi - 通讯作者:
Y. Yoshida and M. Hayashi
五斗 進的其他文献
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{{ truncateString('五斗 進', 18)}}的其他基金
病原体が持つ抗原変異多コピー遺伝子ファミリーのメタゲノム解析
病原体抗原变异多拷贝基因家族的宏基因组分析
- 批准号:
10F00786 - 财政年份:2010
- 资助金额:
$ 1.54万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
臨床システム生物学を用いた循環器疾患の解析
利用临床系统生物学分析心血管疾病
- 批准号:
10F00801 - 财政年份:2010
- 资助金额:
$ 1.54万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
遺伝子発現情報を用いたマラリアの病原性に関する研究
利用基因表达信息研究疟疾发病机制
- 批准号:
07F07418 - 财政年份:2007
- 资助金额:
$ 1.54万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
マラリア原虫Plasmodium falciarumの疾病立過程に関する研究
疟原虫恶性疟原虫发病过程的研究
- 批准号:
06F06712 - 财政年份:2006
- 资助金额:
$ 1.54万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
アロステリックおよび転写調節による代謝ネットワークの制御に関する研究
通过变构和转录调节控制代谢网络的研究
- 批准号:
05F05439 - 财政年份:2005
- 资助金额:
$ 1.54万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
アラキドン酸・リノレン酸経路における炎症の化学伝達物質に関する代謝系データベースの開発
开发关于花生四烯酸-亚麻酸途径中炎症化学介质的代谢系统数据库
- 批准号:
04F04910 - 财政年份:2004
- 资助金额:
$ 1.54万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows