Extraction of frequent branching patterns in a forest of phylogenetic trees of protein families

蛋白质家族系统发育树森林中频繁分支模式的提取

• 批准号: 21710206
• 负责人: ITOH Masumi
• 金额: $ 1.25万
• 依托单位: Hokkaido University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 2010
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21710206/
• 关键词: 系統樹; マイニング; タンパク質ファミリー; 進化; バイオインフォマティクス; タンパクファミリー

We developed a novel method to extract frequent branching patterns from phylogenetic trees of multiple protein families by using algorithms for tree structure mining. We applied the method for large-scale data of eukaryote protein families. Consequently, frequently observed branching patterns were identical or very similar to patterns that represent species phylogenetic relationships. Additionally, we developed tree structure alignment algorithms for phylogenetic trees for analyses of obtained frequent branching patterns. This method can be applied for functional annotation. Then, we tested and confirmed its efficiency with computational experiments.

我们开发了一种新的方法来提取频繁的分支模式，从多个蛋白质家族的系统发育树使用算法的树结构挖掘。我们将该方法应用于真核生物蛋白质家族的大规模数据。因此，经常观察到的分支模式是相同的或非常相似的模式，代表物种的系统发育关系。此外，我们开发了树结构比对算法的系统发育树分析获得的频繁分支模式。该方法可应用于功能标注。然后，我们测试和验证其效率与计算实验。

项目成果

木構造アライメントを用いた大規模機能アノテーション法の開発

使用树结构对齐开发大规模功能注释方法

• 发表时间: 2010
• 作者: 伊藤真純;小柳香奈子;渡邉日出海
• 通讯作者: 渡邉日出海

An Automatic Method for Large-scale Functional Annotations Based on a Tree Alignment Algorithm

一种基于树对齐算法的大规模功能注释自动方法

• 发表时间: 2010
• 作者: Masumi Itoh;Kanako O.Koyanagi;Hiroki Arimura;Hidemi Watanabe.
• 通讯作者: Hidemi Watanabe.

系統樹集合からの頻出分岐ハターンの抽出と解析

从系统发育树集中提取和分析频繁分支模式

• 发表时间: 2009
• 作者: 伊藤真純;渡邉日出海
• 通讯作者: 渡邉日出海

Development of a large scale functional annotation method by tree alignment algorithms

通过树对齐算法开发大规模功能注释方法

• 发表时间: 2010
• 作者: Shiina T;Hosomichi K;Inoko H;Kulski JK.;伊藤真純
• 通讯作者: 伊藤真純

Extraction of Frequent Branching Patterns in a Forest of Phylogenetic Trees

系统发育树森林中频繁分支模式的提取

• 发表时间: 2009
• 作者: Kawai;Mikihiko;伊藤真純
• 通讯作者: 伊藤真純