三重鎖形成を基盤とした革新的ゲノムDNA分析技術の開発

开发基于三链体形成的创新基因组 DNA 分析技术

• 批准号: 11J03703
• 负责人: 伊藤 浩介
• 金额: $ 0.83万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-11J03703/
• 关键词: 人工核酸; オリゴヌクレオチド; DNA分析; BNA; 三重鎖核酸; ホスホロアミダート; ホスホロチオアート

平成24年度は、P-S結合を有するオリゴヌクレオチドの三重鎖形成時の切断反応性に関する評価を行うとともに、二重鎖DNAのホモプリン中にシトシンが含まれる配列を認識する(C認識プローブ)に関して評価を行った。新規5'-thio型人工核酸を導入したP-S結合を有するオリゴヌクレオチドが銀イオンやヨウ素などのソフトなルイス酸の存在下、P-S結合の位置で特異的に切断可能であることがわかった。尚、このオリゴヌクレオチドは一本鎖状態と三重鎖形成時でほぼ同等の反応性を示すことがわかった。P-S結合の隣接残基に金属イオンを配位可能な置換基を導入するなどにより、三重鎖と一本鎖状態の構造の違いを反応性の違いに反映できるかについて興味が持たれる。他方、SNPの検出を可能とする新規C認識プローブについては昨年度の成果を受けて、P-N結合を有するプローブに蛍光標識を施し、SNP認識能を評価した。その結果、プリン鎖中にシトシンを二つ含んでいても三重鎖形成を介してプローブの切断反応が進行しSNPを高い選択性で認識可能であることが明らかとなった。蛍光を利用することが可能な本プローブを利用することで高感度なSNP分析法として応用可能であると考えられる。また、三重鎖形成に伴うP-N結合の切断促進メカニズムを明らかとする目的で速度論的な解析を行ったところ、三重鎖を形成したときには一本鎖状態と比較して活性化エンタルピーを半減することにより、反応が促進されていることがわかった。

In Pingcheng 24, the combination of PMI S and PMI S was used to cut off the repercussions when the triple reaction was formed. In the double DNA test, the information system contains information about how to train information (C knowledge). The new regulation 5-thio artificial nucleic acid has been introduced into Pmurs. The combination of artificial nucleic acid and thio-thio artificial nucleic acid has been proved to be effective in the presence of acid acid in the presence of artificial nucleic acid, which can be cut off. Please tell us that when a copy of the triple status book is formed, the same response will be displayed. The combination of Pmurs with metal residues may lead to the formation of metal complexes, which may be caused by the presence of metal residues, and the presence of metal residues may be affected by the presence of metal residues. The other party, the SNP announced that it is possible that the results of last year's results were successful, and that the combination of the two parties showed that there were significant differences in the application of optical markings and SNP knowledge. The result of the test, the information in the file contains the triple information, which is the result of the introduction. The information is cut off. The SNP is highly selective. It is possible to use the high sensitivity SNP analysis method to test the light. The speed analysis of the speed theory, the analysis of the speed theory.

项目成果

Cleavage of Oligonucleotides Containing a P3'→N5' Phosphoramidate Linkage Triggered by Duplex Formation

双链体形成触发含有 P3→N5 氨基磷酸酯键的寡核苷酸的裂解

• 发表时间: 2011
• 作者: Kosuke. R. Ito;Tetsuya Kodama;Futaba Makimura;Noritsugu Hosoki;Tomohisa Osaki;Ayako Orita;Takeshi Imanishi;Satoshi Obika
• 通讯作者: Satoshi Obika

SNP detection based on self-cleavage of oligonucleotides triggered by triplex formation

基于三链体形成引发的寡核苷酸自切割的 SNP 检测

• 发表时间: 2011
• 作者: Kosuke Ramon Ito;Tetsuya Kodama;Masaharu Tomizu;Yoshinori Negoro;Ayako Orita;Takeshi Imanishi;Satoshi Obika
• 通讯作者: Satoshi Obika