三重鎖形成を基盤とした革新的ゲノムDNA分析技術の開発

开发基于三链体形成的创新基因组 DNA 分析技术

• 批准号: 11J03703
• 负责人: 伊藤 浩介
• 金额: $ 0.83万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-11J03703/
• 关键词: 人工核酸; オリゴヌクレオチド; DNA分析; BNA; 三重鎖核酸; ホスホロアミダート; ホスホロチオアート

平成24年度は、P-S結合を有するオリゴヌクレオチドの三重鎖形成時の切断反応性に関する評価を行うとともに、二重鎖DNAのホモプリン中にシトシンが含まれる配列を認識する(C認識プローブ)に関して評価を行った。新規5'-thio型人工核酸を導入したP-S結合を有するオリゴヌクレオチドが銀イオンやヨウ素などのソフトなルイス酸の存在下、P-S結合の位置で特異的に切断可能であることがわかった。尚、このオリゴヌクレオチドは一本鎖状態と三重鎖形成時でほぼ同等の反応性を示すことがわかった。P-S結合の隣接残基に金属イオンを配位可能な置換基を導入するなどにより、三重鎖と一本鎖状態の構造の違いを反応性の違いに反映できるかについて興味が持たれる。他方、SNPの検出を可能とする新規C認識プローブについては昨年度の成果を受けて、P-N結合を有するプローブに蛍光標識を施し、SNP認識能を評価した。その結果、プリン鎖中にシトシンを二つ含んでいても三重鎖形成を介してプローブの切断反応が進行しSNPを高い選択性で認識可能であることが明らかとなった。蛍光を利用することが可能な本プローブを利用することで高感度なSNP分析法として応用可能であると考えられる。また、三重鎖形成に伴うP-N結合の切断促進メカニズムを明らかとする目的で速度論的な解析を行ったところ、三重鎖を形成したときには一本鎖状態と比較して活性化エンタルピーを半減することにより、反応が促進されていることがわかった。

In FY24, we will conduct an evaluation on the relationship between P-S binding and the cleavage reactivity when the triple lock of Ollie is formed, and we will conduct an evaluation on the understanding of the configuration contained in the triple lock DNA (C understanding platform). New regulation 5'-thio type artificial nucleic acid introduced into the P-S binding, there is a possibility that the P-S binding site can be specifically cut in the presence of silver and silver. When the triple lock is formed, the reverse property of the triple lock is displayed. P-S binding adjacent residues, metal atoms, coordination potential, substitution group introduction, triple lock, structure violation, inversion, reflection, interest retention, etc. Other aspects, SNP detection possibility, new regulation C recognition, new regulation C recognition As a result, the formation of triple locks in the middle of the lock is possible due to the high selectivity of SNP. The use of high sensitivity SNP analysis Triple-lock formation is accompanied by P-N binding and cut-off promotion. The purpose is to analyze the speed of triple-lock formation. The state of triple-lock formation is to compare the activation of triple-lock and cut-off promotion.

项目成果

Cleavage of Oligonucleotides Containing a P3'→N5' Phosphoramidate Linkage Triggered by Duplex Formation

双链体形成触发含有 P3→N5 氨基磷酸酯键的寡核苷酸的裂解

• 发表时间: 2011
• 作者: Kosuke. R. Ito;Tetsuya Kodama;Futaba Makimura;Noritsugu Hosoki;Tomohisa Osaki;Ayako Orita;Takeshi Imanishi;Satoshi Obika
• 通讯作者: Satoshi Obika

SNP detection based on self-cleavage of oligonucleotides triggered by triplex formation

基于三链体形成引发的寡核苷酸自切割的 SNP 检测

• 发表时间: 2011
• 作者: Kosuke Ramon Ito;Tetsuya Kodama;Masaharu Tomizu;Yoshinori Negoro;Ayako Orita;Takeshi Imanishi;Satoshi Obika
• 通讯作者: Satoshi Obika