三重鎖形成を基盤とした革新的ゲノムDNA分析技術の開発

开发基于三链体形成的创新基因组 DNA 分析技术

• 批准号: 11J03703
• 负责人: 伊藤 浩介
• 金额: $ 0.83万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-11J03703/
• 关键词: 人工核酸; オリゴヌクレオチド; DNA分析; BNA; 三重鎖核酸; ホスホロアミダート; ホスホロチオアート

平成24年度は、P-S結合を有するオリゴヌクレオチドの三重鎖形成時の切断反応性に関する評価を行うとともに、二重鎖DNAのホモプリン中にシトシンが含まれる配列を認識する(C認識プローブ)に関して評価を行った。新規5'-thio型人工核酸を導入したP-S結合を有するオリゴヌクレオチドが銀イオンやヨウ素などのソフトなルイス酸の存在下、P-S結合の位置で特異的に切断可能であることがわかった。尚、このオリゴヌクレオチドは一本鎖状態と三重鎖形成時でほぼ同等の反応性を示すことがわかった。P-S結合の隣接残基に金属イオンを配位可能な置換基を導入するなどにより、三重鎖と一本鎖状態の構造の違いを反応性の違いに反映できるかについて興味が持たれる。他方、SNPの検出を可能とする新規C認識プローブについては昨年度の成果を受けて、P-N結合を有するプローブに蛍光標識を施し、SNP認識能を評価した。その結果、プリン鎖中にシトシンを二つ含んでいても三重鎖形成を介してプローブの切断反応が進行しSNPを高い選択性で認識可能であることが明らかとなった。蛍光を利用することが可能な本プローブを利用することで高感度なSNP分析法として応用可能であると考えられる。また、三重鎖形成に伴うP-N結合の切断促進メカニズムを明らかとする目的で速度論的な解析を行ったところ、三重鎖を形成したときには一本鎖状態と比較して活性化エンタルピーを半減することにより、反応が促進されていることがわかった。

Heisei 24 year, P-S combined を有するオリゴヌクレオチドのTriple lock formation time の cut off reactive 応关 する 価を行 うとともに、Double lock DNAのホモプリン中にシトシンが有まれる配arrayをknowledgeする(Cknowledgeプローブ)に关して Comment価を行った. New regulation of 5'-thio type artificial nucleic acid introduction and P-S binding In the presence of natural acid, it is possible to cut the P-S binding site specifically and efficiently. Shang, このオリゴヌクレオチドは一本 lock state and when the triple lock is formed, でほぼequivalent のreflective nature をshow すことがわかった. P-S binding adjacent residues and metal イオンを coordination possible な substituent を introduction するなどにより, triple The structure of the lock and the lock state are reflected in the structure of the lock and the reactive nature of the lock. Other parties, SNP's new regulations are possible and the results of last year's results are acceptedけて, P-N combination has a するプローブに蛍LED light mark を Shiし, SNP recognition can を価した.そのRESULT, プリン中にシトシンを二つ有んでいてもTriple lock formation を中してプローブの Cut off the reaction and carry out し SNP を High い selection 択 で recognition possible で あ る こ と が 明 ら か と な っ た. The use of the high-sensitivity SNP analysis method and the use of the high-sensitivity SNP analysis method is possible.また、Triple lock formation and P-N bonding cleavage promotion メカニズムを明らかとするPurpose and analysis of speed theory を行ったところ、Triple lock をThe lock state is formed and the lock state is compared and activated and activated. Half-reduced することにより, anti-reverse promotion されていることがわかった.

项目成果

Cleavage of Oligonucleotides Containing a P3'→N5' Phosphoramidate Linkage Triggered by Duplex Formation

双链体形成触发含有 P3→N5 氨基磷酸酯键的寡核苷酸的裂解

• 发表时间: 2011
• 作者: Kosuke. R. Ito;Tetsuya Kodama;Futaba Makimura;Noritsugu Hosoki;Tomohisa Osaki;Ayako Orita;Takeshi Imanishi;Satoshi Obika
• 通讯作者: Satoshi Obika

SNP detection based on self-cleavage of oligonucleotides triggered by triplex formation

基于三链体形成引发的寡核苷酸自切割的 SNP 检测

• 发表时间: 2011
• 作者: Kosuke Ramon Ito;Tetsuya Kodama;Masaharu Tomizu;Yoshinori Negoro;Ayako Orita;Takeshi Imanishi;Satoshi Obika
• 通讯作者: Satoshi Obika