Complex formation between RNA cleaving-enzyme and antisense and its application to regulation of long non-coding RNAs.

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2021年度までに、RNA/DNA２本鎖(RD) の中央部をクロスリンカー（aoNao）で結合して、鎖間がクロスリンクされた２本鎖(cross-linked duplex、以下 CLD)の安定性を評価したところ、CL構造があってもRNAが切断される可能性が高いことが明らかとなった。そこで、CL部位である脱塩基部位をシクロプロパン環（cP）に変えたCLD (cp-CL)を、１本鎖の両末端に接続したアンチセンスを合成した。アンチセンス活性を評価した結果、cp-CLを有するアンチセンスは高いアンチセンス活性を有し、96時間以上活性を維持することを確認した。また、2本鎖構造が細胞内でも安定に維持されるかどうかを評価するために、通常の2本鎖の向かい合った末端にDonorおよびAcceptorとなる蛍光分子を導入し、Fluorescence resonance energy transfer (FRET)観察による評価系を構築した。まずCLDと2本鎖で細胞外における安定性を比較した結果、2本鎖では温度を上げるとFRETによる蛍光が消失したが、CLDではFRETによる蛍光が高温でも維持され、CLDの安定性がこの方法で評価可能であることを確認した。続いて、1本鎖の5’末端にのみCLDを有するアンチセンスを合成して細胞内に導入したところ、FRETに伴う蛍光が細胞内でも観察された。これらのことから、CLDの構造安定性および細胞内動態を本技術により評価可能であることを確認した。