ゲノムワイド関連解析を用いたイヌの気質・行動関連遺伝子の探索
使用全基因组关联分析搜索与狗的气质和行为相关的基因
基本信息
- 批准号:11J05679
- 负责人:
- 金额:$ 1.02万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for JSPS Fellows
- 财政年份:2011
- 资助国家:日本
- 起止时间:2011 至 2013
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
気質・行動と関連の深い形質の個体差に影響を及ぼしている遺伝子を同定するために、欧州5力国において昨年度収集した健康なイヌ11犬種541頭の診察時のストレス状態、心拍数、心電図や血液・尿中の各種パラメーターについて、ゲノム全体をカバーした約17万個のSNPを用いてゲノムワイド関連解析(GWAS)を行った。全SNPデータから個体間の遺伝的な距離を求め二次元プロットとして図示したところ、サンプリングされた国によらずおおむね犬種毎にグループ化された。しかしながら、同一国からサンプリングされた同じ犬種であっても、複数のサブグループに分類されてしまう犬種も存在した。これらのサブグループの存在は解析結果に偽陽性を生み出してしまう可能性が高いため、GWAS解析では、犬種のみならず同一犬種内に存在するサブグループについても考慮する必要性が明らかとなった。そのため、今回のGWAS解析では、1)全SNPデータを解析に含め補正するGenome-wide Efficient Mixed Model法、2)各犬種・サブグループ内で各個体の表現型値を入れ替えたデータをもとに経験的確率を求めるpermutation法、3)各犬種・サブグループについて解析しP値を統計的に統合する手法を検討した。どの手法からもほぼ同様の結果が得られたが、最も安定した結果が得られた3番目の解析手法を用いることとした。その結果、肝酵素である血清ALT値の個体差には染色体13番領域が関与し、犬種によってはALT値の個体差の約50%がこの領域によって説明可能であった。また、体高の個体差については、染色体3番領域が関連していた。この領域については、イヌのみならずヒトの身長の個人差や、ウマ・ウシなどの体高や肉量の個体差との関連が報告されており、哺乳類共通のメカニズムが存在していることが示唆された。
In Europe, 5 countries collected 541 healthy dogs from 11 dog species last year, and conducted correlation analysis (GWAS) of 541 healthy dogs at the time of diagnosis. All SNP are linked to each other by the distance between individuals. In the same country, the same species exists. The existence of false positives in the analysis results is highly probable, and the necessity of GWAS analysis to consider the existence of false positives in the same dog species is clear. 1) Genome-wide Efficient Mixed Model for SNP analysis, 2) Permutation method for determining the phenotypes of individuals within each dog breed, 3) Statistical integration method for determining the phenotypes of individuals within each dog breed. The results of the analysis of the three methods are as follows: The results showed that the individual difference of serum ALT value was related to chromosome 13, and the individual difference of ALT value was about 50% in dog species. The three regions of chromosome are related to each other. The relationship between individual differences in body length, body height and body mass in the field of mammals is reported.
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
行動遺伝学入門:動物とヒトの"こころ"の科学11章家畜動物の行動遺伝学
行为遗传学导论:动物和人类“心灵”的科学第11章家畜的行为遗传学
- DOI:
- 发表时间:2011
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:桃沢幸秀;武内ゆかり
- 通讯作者:武内ゆかり
多犬種を用いた血中成分・尿中成分・心血管パラメーターのゲノムワイド関連解析
使用多个犬种对血液成分、尿液成分和心血管参数进行全基因组关联分析
- DOI:
- 发表时间:2012
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:桃沢幸秀;Anne-Christine Merveille;Geraldine Battaille;Kathleen McEntee;Merete Fredholm;Hannes Lohi;Katja Hoglund;Jens Haggstrom;Vassiliki Gouni;Laurent Tiret;Anne-Sophie Lequarre;Michel Georges
- 通讯作者:Michel Georges
European collaboration of dog genome research: LUPA project
欧洲狗基因组研究合作:LUPA 项目
- DOI:10.5924/abgri.40.37
- 发表时间:2012
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Shuko Takeda;et al.;武田朱公;Shuko Takeda;Shuko Takeda;武田朱公;武田朱公;武田朱公;武田朱公;武田朱公;武田朱公;武田朱公;桃沢幸秀
- 通讯作者:桃沢幸秀
家庭動物の遺伝性疾患解析の現状-ヨーロッパでの取組を例に
家畜遗传疾病分析的现状——欧洲的努力实例
- DOI:
- 发表时间:2013
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Shuko Takeda;et al.;武田朱公;Shuko Takeda;Shuko Takeda;武田朱公;武田朱公;武田朱公;武田朱公;武田朱公;武田朱公;武田朱公;桃沢幸秀;桃沢幸秀
- 通讯作者:桃沢幸秀
健康なイヌの臨床的パラメーター68項目についての多犬種ゲノムワイド関連解析
健康犬 68 项临床参数的多品种全基因组关联分析
- DOI:
- 发表时间:2012
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:桃沢幸秀;Anne-Christine Merveille;Geraldine Battaille;Kathleen McEntee;Merete Fredholm;Hannes Lohi;Katja Hoglund;Jens Haggstrom;Vassiliki Gouni;Laurent Tiret;Anne-Sophie Lequarre;Michel Georges
- 通讯作者:Michel Georges
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- 发表时间:
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- 发表时间:
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鎌谷 洋一郎
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- DOI:
- 发表时间:
2022 - 期刊:
- 影响因子:0
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