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魚類ゲノムの低い連鎖不平衡を活用した有用遺伝子の同定

利用鱼类基因组中的低连锁不平衡鉴定有用基因

基本信息

批准号：
22658057
负责人：
菊池潔
金额：
$ 1.66万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
财政年份：
2010
资助国家：
日本
起止时间：
2010 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22658057/
关键词：
魚類連鎖不平衡性決定ゲノムトラフグ進化

项目摘要

近年、穀類を中心とした農業生物を対象とする遺伝学的研究の進展により、有用遺伝子座のみならず有用遺伝子の本体が次々と同定されているが、食用魚類において有用遺伝子本体が同定された例はない。本研究では、食用魚類で初となる有用遺伝子本体の遺伝学的な同定を試みた。解析対象としては、高級食用魚であるトラフグの付加価値を左右する精巣形成能を選んだ。トラフグは、XX-XY型の性決定様式を持ち、その性を決定する遺伝子は、課題代表者らが作製したフグゲノム地図(Fugu version5, http://www.fugu-sg.org/)による大規模連鎖マッピングにより、30-50kbのゲノム領域に存在することが示されていた。性決定遺伝子を同定するため、まず、本領域のリシーケンス解析により、多型サイトの網羅的な同定をおこなった。次に、本領域の連鎖不平衡状態を調べたところ、その度合いが著しく低いことが明らかとなった。これは、トラフグが比較的長期間にわたり大きな有効集団サイズを維持してきたことを示唆している。トラフグは乱獲によって個体数が減少していると考えられているが、その影響は連鎖不平衡状態には未だ反映されていないようであった。次に、連鎖不平衡マッピングをおこなったところ、性決定領域を一つの遺伝子にまで絞り込むことに成功した。この性決定遺伝子情報を基盤とすることにより、トラフグの性を迅速に判別する方法が開発可能となった。脊椎動物の性決定遺伝子は、これまでに、哺乳類のSRY、メダカのDMY、アフリカツメガエルのDM-Wしか同定されていない。本研究の成果は、新しい性決定遺伝子の存在を示しており、基礎科学的にも高い価値を持つと考えられる。

In recent years, the Cereals Center has made progress in the research of agricultural biology and phytozoology, and there have been useful phytozoas Use the original body of the remaining 伝子が时々と同定されているが, and the edible fish において is useful the original body of the remaining 伝子が同定された examples はない. This study is about the use of fish-eating methods and the use of the no-dosing method of the noumenon of the fish. Analysis of the image of the elephant, the high-grade edible fish, the high-grade edible fish, the high-grade edible fish, the high-grade edible fish, the high-grade edible fish, the high-grade edible fish, the fine fish, the left and right, the essence, the formation ability, the selection, and the selection. Fugu version 5, http://www.fugu-sg.org/)によるLarge-scale chain of マッピングにより, 30-50kb のゲノムfield にexisting することが Show されていた. Sex-determined legacy 伝子を同定するため, まず, のリシーケンスanalytic により in this field, and multi-type サイトのNET's な同定をおこなった. The linkage disequilibrium state in this field is the same as the linkage disequilibrium state of the field. The long-term effective collection of これは and トラフグが comparisons between にわたり大きなィサイズをmaintains してきたことをshows している.トラフグは randomly acquired によってThe number of individuals is reduced しているとtest えられているが, The impact of the linkage disequilibrium state is reflected in the linkage disequilibrium state. Second time, chain disequilibrium マッピングをおこなったところ, sexual determination field を一つの伝子にまでtwisted り込むことにsuccessful した.この性determination of the legacy of the child, information on the base, とすることにより, トラフグの性をquick identification of the する method, が开発possible and となった. The sex determination of vertebrates is 伝子は, これまでに, mammals are SRY, メダカのDMY, アフリカツメガエルのDM-Wしか同定されていない. The results of this research are new, new, and clear, and basic scientific research.