Entwicklung eines Software-Systems zum multiplen Genomvergleich

多基因组比较软件系统的开发

• 批准号: 5400557
• 负责人: Professor Dr. Enno Ohlebusch
• 金额: --
• 依托单位: Institut für Theoretische Informatik (Theo)
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Priority Programmes
• 财政年份: 2003
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2002-12-31 至 2005-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/5400557?language=en
• 关键词: Entwicklung; eines; Software; Systems; zum

Die Kernmethode der vergleichenden Genomanalyse (comparative genomics) besteht aus dem Vergleich des Genoms eines Organismus mit dem eines oder mehrerer anderer Organismen (paarweiser bzw. multipler Vergleich). Durch Genomvergleiche versucht man u.a. herauszufinden, warum bestimmte Stämme eines Bakteriums resistent gegen Antibiotika oder pathogen sind, andere hingegen nicht. Diese Vergleiche werden erschwert durch die Größe der Datenmengen und die im Laufe der Evolution stattgefundenen Umstrukturierungen der Genome (genome rearrangements). Alle derzeit zur Verfügung stehenden Software-Werkzeuge zum Genomvergleich haben den Nachteil, dass sie auf den paarweisen Vergleich beschränkt sind und/oder nur einzelne Aufgaben unterstützen. Daher soll ein Software-System entwickelt werden, das mehrere eng verwandte Aufgaben eines multiplen Genomvergleichs effizient unterstützt. Als erstes sollen DNA bzw. Proteinsequenzen, die in allen Genomen konserviert wurden, schneller als bisher möglich identifiziert werden. Die gefundenen konservierten Regionen sollen dann die Grundlage zur Vorhersage von Genomumstrukturierungen, Genen und regulatorischen Elementen bilden. Dazu ist es notwendig, multiple Alignments dieser Regionen effizient berechnen zu können. Die u. U. sehr komplexe Ausgabe des Systems soll durch eine Visualisierungskomponente für den Anwender nutzbar gemacht werden.

比较基因组学的核心方法最适合于将一个生物体的基因组与另一个生物体的基因组进行比较。乘法器Vergleich）。D. Genomvergleiche versucht man u.a.因此，最好是选择耐抗生素或病原体的细菌，而不是选择其他细菌。这种韦尔登是通过对数据的收集和对基因组重排的研究而产生的。Alle derzeit zur Verfügung stehenden Software-Werkzeuge zum Genomvergleich haben den Nachteil，dass sie auf den paarweisen Vergleich beschränkt sind und/oder努尔einzelne Aufgaben unterstützen.因此，我们必须开发一个韦尔登，这样才能提高多种基因组的效率。所有这些都是DNA bzw。蛋白质测序，在艾伦基因组中进行，然后进行更精确的韦尔登。该基金会将为该地区提供服务，这取决于对基因组结构、基因和监管要素的基础研究。大足是一个独特的城市，多个地区的联盟都有可能成为城市的一部分。你死了联合sehr komplexe Ausgabe des Systems soll durch eine Visualisierungskomponente für den Anwender nutzbar gemacht韦尔登.