CoCoNUT: Ein Software-System zum multiplen Genomvergleich

CoCoNUT：多基因组比较软件系统

• 批准号: 16627878
• 负责人: Professor Dr. Enno Ohlebusch
• 金额: --
• 依托单位: Institut für Theoretische Informatik (Theo)
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research Grants
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2004-12-31 至 2007-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/16627878?language=en
• 关键词: CoCoNUT; Ein; Software; System; zum

Die Kernmethode der vergleichenden Genomanalyse (comparative genomics) besteht aus dem Vergleich des Genoms eines Organismus mit dem eines oder mehrerer anderer Organismen (paarweiser bzw. multipler Vergleich). Durch Genomvergleiche versucht man u.a. herauszufinden, warum bestimmte Stämme eines Bakteriums resistent gegen Antibiotika oder pathogen sind, andere hingegen nicht. Diese Vergleiche werden durch die Größe der Datenmengen erheblich erschwert. Alle derzeit zur Verfügung stehenden Software-Werkzeuge zum Genomvergleich haben den Nachteil, dass sie auf den paarweisen Vergleich beschränkt sind und/oder nur einzelne Aufgaben unterstützen. Daher soll das Software-System CoCoNUT (Computational Comparative Genomics Utility Toolkit) entwickelt werden, das mehrere Aufgaben eines multiplen Genomvergleichs effizient unterstützt. Dazu werden DNA bzw. Aminosäuresequenzen, die im Laufe der Evolution in allen Genomen konserviert wurden, mit neu entwickelten Methoden effizient identifiziert. Die gefundenen konservierten Regionen sollen die Grundlage zur Vorhersage von Genomumstrukturierungen und Genen bilden. Die u. U. sehr komplexe Ausgabe des Systems soll durch eine Visualisierungskomponente für den Anwender nutzbar gemacht werden.

比较基因组学(比较基因组学)是一种比较基因组学(比较基因组学)，是一种比较基因组学。在病原菌Sind和Hingegen Net之间，白僵菌对抗菌素的抗性较强。世界上所有的人都是这样的人。Alle derzeit zur Verfügung Stehenden Software-Werkzeuge zum Genomvergleich haben den Nachteil，dass sie auf den paarweisen vergleich bechränkt sind/oder Nur einzelne Aufgaben unterstützen.Daher soll das Software-system Coconut(计算比较基因组学实用工具工具包)包含了一个重要的工具，即das mehrere aufgaben eines plexient Genomvergleichs Effizient unterstützt。Dazu是DNA BZW。amosäuresequenzen，die in Laufe der进化in Allen Genomen konserviert Wurden，MIT neu entwickelten Methoden Effient Ifiziert。他说：“这是一件非常重要的事情，因为这件事发生了。”这是一项非常重要的工作，因为这是一项非常重要的工作。