Analysis of SNPs that induce structural change of RNA secondary structures

诱导RNA二级结构结构变化的SNP分析

基本信息

  • 批准号：
    22700305
  • 负责人：
    SATO Kengo
  • 金额：
    $ 1.75万
  • 依托单位：
    Keio University
  • 依托单位国家：
    日本
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
  • 财政年份：
    2010
  • 资助国家：
    日本
  • 起止时间：
    2010 至 2011
  • 项目状态：
    已结题

项目摘要

We developed an efficient algorithm for detecting structural changes of RNA secondary structures induced by SNPs on RNA sequences. Comprehensive analysis on the SNP database using our method revealed statistical significance of structural changes induced by synonymous SNPs on coding regions and SNPs on non-coding regions of mRNAs from clinically associated genes.
我们开发了一种有效的算法，用于检测由SNP在RNA序列上诱导的RNA二级结构的结构变化。使用我们的方法对SNP数据库的全面分析揭示了由临床相关基因的MRNA非编码区域上的代名词SNP引起的结构变化的统计学意义。

项目成果

期刊论文数量（0）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
機能性RNAのクラスタリング:大規模な配列から2次構造ファミリーを発見する
功能性RNA的聚类：从大序列中发现二级结构家族
  • DOI：
  • 发表时间：
    2011
  • 期刊：
  • 影响因子：
    0
  • 作者：
    Okubo;T.;小松誠和;篠田幸作;斎藤裕
  • 通讯作者：
    斎藤裕
RNA-seqによるメダカ機能性RNAのトランスクリプトーム解析
通过 RNA-seq 对青鳉功能性 RNA 进行转录组分析
  • DOI：
  • 发表时间：
    2011
  • 期刊：
  • 影响因子：
    0
  • 作者：
    廣瀬修一;花輪孟;松山泰男;野口保;Rui Yamaguchi;阿部雅哉
  • 通讯作者：
    阿部雅哉
BPLA kernels
BPLA 内核
  • DOI：
  • 发表时间：
  • 期刊：
  • 影响因子：
    0
  • 作者：
  • 通讯作者：
USING BINDING PROFILES TO PREDICT BINDING SITES OF TARGET RNAs
A non-parametric Bayesian approach for predicting RNA secondary structures
预测 RNA 二级结构的非参数贝叶斯方法
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