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Analysis of SNPs that induce structural change of RNA secondary structures
诱导RNA二级结构结构变化的SNP分析
基本信息
- 批准号：22700305
- 负责人：
- 金额：$ 1.75万
- 依托单位：
- 依托单位国家：日本
- 项目类别：Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
- 财政年份：2010
- 资助国家：日本
- 起止时间：2010 至 2011
- 项目状态：已结题
- 来源：
- 关键词：
项目摘要
We developed an efficient algorithm for detecting structural changes of RNA secondary structures induced by SNPs on RNA sequences. Comprehensive analysis on the SNP database using our method revealed statistical significance of structural changes induced by synonymous SNPs on coding regions and SNPs on non-coding regions of mRNAs from clinically associated genes.
我们开发了一种有效的算法来检测 RNA 序列上的 SNP 诱导的 RNA 二级结构的结构变化。使用我们的方法对SNP数据库进行综合分析揭示了临床相关基因mRNA编码区同义SNP和非编码区SNP引起的结构变化的统计显着性。
项目成果
期刊论文数量（0）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
機能性RNAのクラスタリング:大規模な配列から2次構造ファミリーを発見する
功能性RNA的聚类：从大序列中发现二级结构家族
- DOI：
- 发表时间：2011
- 期刊：
- 影响因子：0
- 作者：Okubo;T.;小松誠和;篠田幸作;斎藤裕
- 通讯作者：斎藤裕
Fast and accurate clustering of noncoding RNAs using ensembles of sequence alignments and secondary structures.
- DOI：10.1186/1471-2105-12-s1-s48
- 发表时间：2011-02-15
- 期刊：
- 影响因子：3
- 作者：Saito Y;Sato K;Sakakibara Y
- 通讯作者：Sakakibara Y
RNA-seqによるメダカ機能性RNAのトランスクリプトーム解析
通过 RNA-seq 对青鳉功能性 RNA 进行转录组分析
- DOI：
- 发表时间：2011
- 期刊：
- 影响因子：0
- 作者：廣瀬修一;花輪孟;松山泰男;野口保;Rui Yamaguchi;阿部雅哉
- 通讯作者：阿部雅哉
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