Structural and functional analysis of small non-coding RNAs using computational simulations

使用计算模拟对小非编码 RNA 进行结构和功能分析

• 批准号: 22700317
• 负责人: YAMASAKI Satoshi
• 金额: $ 1.08万
• 依托单位: National Institute of Advanced Industrial Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2011
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22700317/
• 关键词: バイオインフォマティクス; 生体機能利用; 核酸; 立体構造予測; 分子シミュレーション; 生体生命情報学

Recent studies have revealed that some small RNA molecules play important roles such as repression of gene translation in many kinds of living cells. To clarify the mechanism of these small functional RNAs, the tertiary structures of those RNAs are required. In this study we developed a new method of tertiary structure prediction of RNA based on the fragment assembly method. We achieved fast and high-precision prediction by improving fragment libraries and potential energy functions.

近年来的研究表明，一些小RNA分子在许多活细胞中起着重要的作用，如抑制基因的翻译。为了阐明这些小分子功能RNA的作用机制，需要这些RNA的三级结构。在本研究中，我们发展了一种新的基于片段组装法的RNA三级结构预测方法。通过改进片段库和势能函数，实现了快速、高精度的预测。

项目成果

二次構造予測結果に基づくRNA三次構造予測システムの開発

基于二级结构预测结果的RNA三级结构预测系统的开发

• 发表时间: 2011
• 作者: S.Yamasaki;S.Nakamura;K.Fukui;山崎智;山崎智;山崎智;山崎智;山崎智;山崎智;山崎智;山崎智;山崎智
• 通讯作者: 山崎智

Prospects for tertiary structure prediction of RNA basea on secondary structure information

基于二级结构信息的RNA三级结构预测的展望

• DOI: 10.1021/ci2003413
• 发表时间: 2012
• 期刊: J.Chem.Inf.Model.
• 作者: S.Yamasaki;S.Nakamura;K.Fukui
• 通讯作者: K.Fukui

Tertiary structure prediction of rna short stem-loops using fragment assembly method

利用片段组装法预测RNA短茎环的三级结构

• 发表时间: 2012
• 作者: S.Yamasaki;S.Nakamura;K.Fukui;山崎智;山崎智
• 通讯作者: 山崎智

二次構造情報とフラグメント構造群に基づくRNA三次構造予測

基于二级结构信息和片段结构群的RNA三级结构预测

• 发表时间: 2011
• 作者: S.Yamasaki;S.Nakamura;K.Fukui;山崎智;山崎智;山崎智;山崎智;山崎智
• 通讯作者: 山崎智

RNA三次構造予測の現状と展望

RNA三级结构预测的现状与展望

• 发表时间: 2011
• 作者: S.Yamasaki;S.Nakamura;K.Fukui;山崎智;山崎智;山崎智;山崎智;山崎智;山崎智;山崎智
• 通讯作者: 山崎智