Quantum Mechanical Studies of Proton Affinity of Amino Acid Residues in Protein Environments

蛋白质环境中氨基酸残基质子亲和力的量子力学研究

基本信息

项目摘要

Protons play crucial roles in biomolecules. We studied the effects of nanoscale environment on proton affinity of amino acid residues using computer simulations based on quantum mechanics. The purpose of this study is to develop quantum mechanical analysis of structural information of proteins.In this study, we focused on the three environments:(1)the environment around isolated amino acid residues in solution, (2) the environment around amino acid residues working for proton pumping activity in cytochrome c oxidase, (3) the environment around amino acid residues working for amide-bond cleavage reaction in nylon-oligomer hydrolase. The present computer simulations based on quantum mechanics highlight the importance of physiological protein structures in terms of proton affinity.
质子在生物分子中起着至关重要的作用。基于量子力学的计算机模拟研究了纳米尺度环境对氨基酸残基质子亲和力的影响。本研究的目的是发展蛋白质结构信息的量子力学分析。在本研究中,我们重点研究了三种环境:(1)溶液中分离氨基酸残基周围环境,(2)细胞色素c氧化酶中质子泵活性氨基酸残基周围环境,(3)尼龙低聚物水解酶中酰胺键裂解反应氨基酸残基周围环境。目前基于量子力学的计算机模拟强调了质子亲和性方面生理蛋白质结构的重要性。

项目成果

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  • DOI:
    10.7567/jjap.52.06gd10
  • 发表时间:
    2013-06-01
  • 期刊:
  • 影响因子:
    1.5
  • 作者:
    Kamiya, Katsumasa;Okada, Susumu
  • 通讯作者:
    Okada, Susumu
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  • DOI:
  • 发表时间:
    2013
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Moon Young Yang;Katsumasa Kamiya;and Kenji Shiraishi
  • 通讯作者:
    and Kenji Shiraishi
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  • DOI:
    10.1149/05807.0181ecst
  • 发表时间:
    2013
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Katsumasa Kamiya;Moon Young Yang;Blanka Magyari-Kope;Masaaki Niwa;Yoshio Nishi;and Kenji Shiraishi
  • 通讯作者:
    and Kenji Shiraishi
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  • DOI:
    10.1063/1.4825071
  • 发表时间:
    2013-10-01
  • 期刊:
  • 影响因子:
    1.6
  • 作者:
    Yang, Moon Young;Kamiya, Katsumasa;Shiraishi, Kenji
  • 通讯作者:
    Shiraishi, Kenji
Ab initio Modeling of Resistive Random Access Memories
电阻式随机存取存储器从头开始建模
  • DOI:
  • 发表时间:
    2013
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    T. Akimoto;and T. Miyaguchi;S. Kobayashi;Katsumasa Kamiya
  • 通讯作者:
    Katsumasa Kamiya
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