Theoretical soft X-ray spectroscopy calculations for biomolecules

生物分子软 X 射线光谱理论计算

• 批准号: 23540476
• 负责人: TAKAHASHI Osamu
• 金额: $ 3.24万
• 依托单位: Hiroshima University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2013
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23540476/
• 关键词: 放射線、X線、粒子線; 生体分子; 内殻励起; 化学物理

In this study, soft X-ray spectroscopy calculations are applied to biomolecular systems. Two computational methods are constructed; one is X-ray natural circular dichroism (XNCD) which is one of specific for biomolecules, the other is double core hole (DCH) spectroscopy which is specially forcus in the use of X-ray free electron laser. For XNCD, a new code has been developed and is applied to several amino acid using cluster models. Our calculations for alanine are consistent with the experiments. For DCH state calculations, we performed calculations for nucleobases, and our calculations can be induced information reflected with chemical environment of molecules.

在这项研究中，软X射线能谱计算应用于生物分子系统。建立了两种计算方法：一种是生物分子特有的X射线自然圆二色谱(XNCD)方法，另一种是X射线自由电子激光特有的双核孔谱(DCH)方法。对于XNCD，已经开发了一个新的代码，并使用簇模型对几种氨基酸进行了应用。我们对丙氨酸的计算与实验是一致的。对于DCH态的计算，我们对碱基进行了计算，我们的计算可以是反映分子化学环境的诱导信息。

项目成果

分子の二重内殻正孔状態の理論的研究

分子双核空穴态的理论研究

• 发表时间: 2012
• 作者: 高橋修;上田潔
• 通讯作者: 上田潔

軟X線分光法に対する理論計算手法の開発

软X射线光谱理论计算方法的发展

• 发表时间: 2012
• 作者: 國武尚登;木元麻衣;高橋修;山崎勝義
• 通讯作者: 山崎勝義

アンモニアの光刺激脱離反応に関する理論的研究

氨光解吸反应的理论研究

• 发表时间: 2012
• 作者: 谷哲龍;高橋修;山崎勝義
• 通讯作者: 山崎勝義

Important role of the CH/pi hydrogen bond in the enhancement of CD amplitude of 1,3-diene steroids

CH/pi氢键在增强1,3-二烯类固醇CD振幅中的重要作用

• DOI: 10.1039/c2nj40955k
• 发表时间: 2013
• 期刊: New J. Chem.
• 作者: Osamu Takahashi;Yuji Kohno;Kazuyoshi Ueda;and Motohiro Nishio
• 通讯作者: and Motohiro Nishio

Molecular Double Core Hole Electron Spectroscopy of Nucleobases

核碱基分子双核孔电子能谱

• DOI: 10.1021/jp205923m
• 发表时间: 2011
• 期刊: J. Phys. Chem
• 作者: O. Takahashi;M. Tashiro;M. Ehara;K. Yamasaki;K. Ueda
• 通讯作者: K. Ueda