マルチオミクス解析を基軸としたカブトエビの進化及び発生の分子基盤の解明

基于多组学分析阐明犀虾进化发育的分子基础

• 批准号: 11J04585
• 负责人: 池田 香織 (2012-2013)
• 金额: $ 1.22万
• 依托单位: Keio University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2013
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-11J04585/
• 关键词: Deep sequencing; microRNA; Development; Evolution; T. cancriformis; development; deep sequencing; Triops cancriformis; deep sequence; morphogenesis; Stage-specific expression

現在はヒトやショウジョウバエといったモデル生物を対象としたmiRNAの解析が主流であるが, miRNAの進化の全体像を理解するためには, 非モデル生物に着目したmiRNAの調査が求められている. そこで私は2億年間ほぼ形態がかわらず"生きた化石"として知られているヨーロッパカブトエビTriops cancriformisに着目した. カブトエビの初期幼生は短時間に劇的な形態変化を遂げる. このように進化生物学的, 発生生物学的に興味深い特徴を持つにも関わらず, 分子生物学的な解析はほぼなされていない. そこでカブトエビのmiRNA及びmiRNA制御因子を同定し, これらを用いてモデル生物との比較解析を行うことで, miRNAの進化において新たな視点を提示することを目標とした.平成24年度までにカブトエビの6つの発生ステージ毎(卵, 1-4令, 成体)に次世代シーケンス解析を行い, カブトエビの保存されたmiRNA及び新規miRNAを同定してきた. しかし, 発生ステージ間におけるmiRNAの変動を次世代シーケンス解析で得られたデータを用いて定量的に比較することが困難であった. そこで平成25年度は外来性RNA配列をコントロールとして発生ステージ毎の次世代シーケンス解析を再度行うことで, 定量的なmiRNAの発現パターンの比較が可能となった.また, これまでに次世代シーケンスによりカブトエビのゲノムDNA配列を得ていたが, 平成25年度には配列のアセンブルを行うことでゲノムのドラフト配列を取得することができた. ドラフト配列を決定することで, 信頼性のあるmiRNA前駆体及びmiRNA制御因子を推定することが可能となった.

Now, in order to improve the quality of life, we need to know that the main stream of miRNA is the analysis of mainstream data, and that of miRNA, the whole picture of understanding is different, and that of non-living things is different from that of miRNA. For more than two years, the state of the economy has been known for more than two years, and it has been known that the Triops cancriformis has focused on the target of the accident. In the early years of the early childhood, the short-term training of young children led to a decline in the shape of the disease. In the field of evolutionary biology, the taste of biobiology is very deep, and the analysis of molecular biology is very important. The miRNA and miRNA control factors are the same, and the miRNA is used to analyze the data. The miRNA is used to improve the performance of the system. In Pingcheng 24, the next generation (egg, 1-4 rem, adult) was born in the first half of the year. The next generation was analyzed, and the miRNA and the new miRNA were saved. In recent years, there has been a significant increase in the number of people living in the next generation of miRNA in the second generation of health care. The exotic RNA of Pingcheng in 25 years has been assigned to the next generation, and the quantitative analysis of the miRNA has shown that it is possible to do so again. For the next generation, the next generation has been assigned to DNA for the first time, and for the rest of the year 25, it has been completed. The allocation of information determines that the precursors of miRNA and miRNA control factors are presumed to be reliable.

项目成果

Stage-Specific Expression and Evolutionary Conservation of Triops cancriformis Small RNAs

Triops cancriformis 小 RNA 的阶段特异性表达和进化保守性

• 发表时间: 2011
• 作者: 落合真理;野見山桂;磯部友彦;山田 格;田島 木綿子;真柄真実;天野雅男;田辺信介;Kahori Takane
• 通讯作者: Kahori Takane

次世代シーケンサーを用いたヨーロッパカブトエビのmiRNAの同定と発生過程における発現解析

在发育过程中使用下一代测序和表达分析鉴定欧洲马蹄虾的 miRNA

• 发表时间: 2012
• 作者: Mari Ochiai;Kei Nomiyama;Tomohiko Isobe;Tadasu K. Yamada;Yuko Tajima;Manami Makara;Masao Amano and Shinsuke Tanabe.;池田香織
• 通讯作者: 池田香織

Comparative analysis of miRNA expression patterns in Triops cancriformis (tadpoleshrimp) and model species during the developmental stages

蝌蚪虾与模型物种发育阶段 miRNA 表达模式的比较分析

• 发表时间: 2012
• 作者: Mari Ochiai;Kei Nomiyama;Tomohiko Isobe;Tadasu K. Yamada;Yuko Tajima;Manami Makara;Masao Amano and Shinsuke Tanabe.;Kahori Takane
• 通讯作者: Kahori Takane

ヨーロッパカブトエビのステージ特異的に発現するmicroRNAの同定にむけて

鉴定欧洲马蹄虾中表达的阶段特异性 microRNA

• 发表时间: 2011
• 作者: 辻沢 雄将;野見山 桂;水川葉月;落合 真理;谷地森 秀二;葦田 恵美子;田辺 信介;高根香織
• 通讯作者: 高根香織

Vertebrate virus-encoded microRNAs and their sequence conservation.

• DOI: 10.7883/yoken.64.357
• 发表时间: 2011-09
• 期刊: Japanese journal of infectious diseases
• 影响因子: 2.2
• 作者: K. Takane;A. Kanai