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Reconstruction of phylogenetic and biogeographic scenarios of ranoid frogs based on SINE and other molecular markers

基于SINE和其他分子标记重建类青蛙的系统发育和生物地理场景

基本信息

批准号：
23770088
负责人：
KURABAYASHI Atsushi
金额：
$ 3.08万
依托单位：
Hiroshima University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2011
资助国家：
日本
起止时间：
2011 至 2013
项目状态：
已结题

项目摘要

Superfamily Ranoides is a large anuran taxon nested in suborder Neobatrachia. It has been considered that lineage splits and distribution expansions of many ranoid groups were occurred in association with the segmentation and collisions of the Gondowanan landmasses. In this taxon, many phylogenetic and biogeographic issues remain unresolved by common molecular phylogenetic analyses based on DNA and/or protein sequence data. To resolve these problems, I aimed to perform phylogenetic analyses based on SINE - a nuclear transposable elements.- information. Although any SINEs had not been found in neobatrachians, we discovered SINE2-1XT homologues from many frog genomes including neobatrachian species. Also the same SINE elements were found from the urodelan and caecilian genomes, indicating that this SINE element had originated in a common ancestor of all living amphibians. These results enable applications of SINE phylogeny in not only ranoids but also many amphibian taxa.

Ranoides 超科是一个大型无尾类分类群，嵌套在新蛙亚目中。人们认为许多类群的谱系分裂和分布扩张与冈都瓦南大陆的分割和碰撞有关。在这个分类群中，许多系统发育和生物地理学问题仍未通过基于 DNA 和/或蛋白质序列数据的常见分子系统发育分析得到解决。为了解决这些问题，我的目标是基于 SINE（核转座元件）信息进行系统发育分析。尽管在新蛙类中尚未发现任何 SINE，但我们从包括新蛙类在内的许多青蛙基因组中发现了 SINE2-1XT 同源物。在无尾藻和蚓螈基因组中也发现了相同的 SINE 元件，表明该 SINE 元件起源于所有现存两栖动物的共同祖先。这些结果使得 SINE 系统发育不仅可以应用于动物类群，还可以应用于许多两栖类群。

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

広島大学両生類研究施設HP

广岛大学两栖动物研究设施 HP

DOI：
发表时间：
期刊：
影响因子：
0
作者：
通讯作者：

オセアニアヒメアマガエル亜科はどこからきたのか? : 亜科所属不明属Gastrophrynoidesの系統的位置に基づく推定

大洋洲海龟亚科来自哪里？：基于胃海龟属的系统发育位置进行估计，该属的亚科未知

DOI：
发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
0
作者：
Atsushi Kurabayashi;Masafumi Matsui;Daicus M Belabut;Hoi-Sen Yong;Norhayati Ahmad;Ahmad Sudin;Mitsuru Kuramoto;Amir Hamidy;and Masayuki Sumida;坪田博美・井上侑哉・中原-坪田美保・島本俊樹・松田伊代・内田慎治・向井誠二;宮澤清太;日本進化学会;広瀬大・大園享司;西田伸;倉林敦・松井正文・Amir Hamidy・Daicus M.Belabat・倉本満・住田正幸
通讯作者：
倉林敦・松井正文・Amir Hamidy・Daicus M.Belabat・倉本満・住田正幸

両生類研究施設進化多様性・生命サイクル研究グループHP

两栖动物研究设施进化多样性/生命周期研究组 HP