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軟体サンゴウミキノコ属の系統解析と生理活性物質の多様性

软体珊瑚蘑菇系统发育分析及生理活性物质多样性

基本信息

批准号：
12J03933
负责人：
荒武里衣
金额：
$ 1.15万
依托单位：
University of the Ryukyus
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2012
资助国家：
日本
起止时间：
2012 至 2013
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究は、ウミキノコ属の種と含有生理活性物質の関連性を明らかにすることで、ウミキノコ属が持つ生理活性物質の周りの生物とウミキノコ自身に与える影響を明確にし、ウミキノコ属の分類・生態・環境適応を検証することを目的とした。以下、実験状況・結果をここに報告する。1、昨年度の研究結果をもとに、より詳細なウミキノコ属の形態比較を行った。ソフトコーラルの分類形質として古くから用いられている骨片を、ウミキノコの傘表面・傘内部・茎表面・茎内部の4つの部位で形態を確認した。さらに現在古典的な形態分類も進めており、これらの結果を昨年の結果と併せて投稿準備中である。2、新たな環境・地域サンプルの獲得のため、パラオにて新たにウミキノコの採集を行った。全72個体採集し、生理活性物質タイプ・mshlマーカーによる分子系統解析を行った。3、ウミキノコ属の網羅的トランスクリプトームを行った。得られたデータの各コンティグをアノテーション後、傘と茎の部位にて発現比較解析を行った。TrinityのRSEMで各サンプルの発現状況を確認した後、edgeRを用いて正規化したデータをチェックした。さらにHeatmap、MAplot、Volcane plotを作成した。解析結果から、FDR<0.001であるコンティグは126あった。その中で発現が[傘に優位な差がある]と示されたコンティグは114。発現が[茎に優位な差がある]とされたコンティグは12であった。各コンティグのアノテーション結果を確認したところ、predicted proteinと示されたものが多かった。現在この解析結果も投稿準備中である。

This study aims to clarify the relationship between species and physiologically active substances contained in species and to clarify the relationship between species and physiologically active substances contained in organisms and their own effects on species classification, ecology and environmental fitness. The following actual status and results are reported here. 1. The results of last year's study were compared with those of previous years. The shape of the umbrella surface, the umbrella interior, the stem surface, and the stem interior is confirmed. The classical classification is now in progress, and the results are in preparation. 2. New environment, new area, new acquisition, new acquisition All 72 individuals were collected and analyzed for physiologically active substances. 3, The results show that there is no obvious difference between the two groups. After Trinity's RSEM has confirmed the status of each server, edgeR is used to normalize it. Heatmap, MAplot, Volcane plot are completed today. Analysis results, FDR<0.001 The best part of the story is that it's 114. The best part is that you can find the best place to stay. The results of each test were confirmed by the number of predicted proteins. Now the analysis results are ready for submission.