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A bioinformatics strategy for revealing microbial community structures and metabolic pathways by reconstructing multiple genomes from metagenomic sequences.
通过从宏基因组序列重建多个基因组来揭示微生物群落结构和代谢途径的生物信息学策略。
基本信息
- 批准号：23710242
- 负责人：
- 金额：$ 2.83万
- 依托单位：
- 依托单位国家：日本
- 项目类别：Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
- 财政年份：2011
- 资助国家：日本
- 起止时间：2011 至 2013
- 项目状态：已结题
- 来源：
- 关键词：
项目摘要
Metagenomics studies of uncultivable microorganisms in clinical and environmental samples should allow extensive surveys of genes useful in medical and industrial applications. BLSOM is the most suitable for phylogenetic assignment of metagenomic sequences because fragmental sequences can be clustered according to phylotypes, solely depending on oligonucleotide composition.We constructed oligonucleotide-BLSOMs for all available sequences from species-known genomes, and by mapping metagenomic sequences on this large-scale BLSOMs, we could predict phylotypes of individual metagenomic sequences, revealing a microbial community structure of uncultured microorganisms including viruses. This software will be freely available at our website. We also developed another BLSOM strategy for clustering metagenomic sequences according to genome, and for function prediction of poorly-characterized protein genes obtained from metagenome analysis.
对临床和环境样品中不可养殖的微生物的宏基因组学研究应允许对有用的医学和工业应用有用的基因进行广泛的调查。 BLSOM is the most suitable for phylogenetic assignment of metagenomic sequences because fragmental sequences can be clustered according to phylotypes, solely depending on oligonucleotide composition.We constructed oligonucleotide-BLSOMs for all available sequences from species-known genomes, and by mapping metagenomic sequences on this large-scale BLSOMs, we could predict phylotypes of individual metagenomic序列，揭示了包括病毒在内的未培养微生物的微生物群落结构。该软件将在我们的网站上免费获得。我们还制定了另一种BLSOM策略，用于根据基因组聚类宏基因组序列，并为从元基因组分析获得的特征表征蛋白质基因差的功能预测。
项目成果
期刊论文数量（0）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
tRNADB-CE: tRNA gene database curated manually by experts.
- DOI：10.1093/nar/gkn692
- 发表时间：2009-01
- 期刊：
- 影响因子：14.9
- 作者：Abe T;Ikemura T;Ohara Y;Uehara H;Kinouchi M;Kanaya S;Yamada Y;Muto A;Inokuchi H
- 通讯作者：Inokuchi H
Metagenomic Analysis of 0.2-μm-Passable Microorganisms in Deep-Sea Hydrothermal Fluid
- DOI：10.1007/s10126-010-9351-6
- 发表时间：2011-10-01
- 期刊：
- 影响因子：3
- 作者：Nakai, Ryosuke;Abe, Takashi;Naganuma, Takeshi
- 通讯作者：Naganuma, Takeshi
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利用超高通量 DNA 测序和数据分析技术识别蜱传病原体的宏基因组方法
- DOI：
- 发表时间：2011
- 期刊：
- 影响因子：0
- 作者：Chihiro Sugimoto;Ryo Nakao;Toshimichi Ikemura;Frans Jongejan;and Takashi Abe
- 通讯作者：and Takashi Abe
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