生体分子の構造と光応答の相関に対する非断熱遷移動力学法によるアプローチ
生体分子の構造と光応答の相関に対する非断熱遷移動力学法によるアプローチ
批准号:
24550021
负责人:
石田 俊正
金额:
$3.49万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份:
2012
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2012-04-01 至 2013-03-31
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英文摘要
生体分子では、小さな構造の違いが大きな刺激応答の違いになって現れてくることがある。たとえば、ロドプシンとイソロドプシンとでは、クロモファオであるレチナール分子が11-cisであるか9-cisであるかの違いがあるのみであるのに、光応答性が大きく異なる。本研究ではこのような構造の相違による光応答の違いをわれわれの開発してきた、電子状態間の遷移を正確に考慮できるab initio動力学法を用いて解明していくことを目的とする。すでに、光応答性の違いを反応シミュレーションで再現し、その違いがクロモファアの動力学の違いによることを明らかにしていたが、その違いが、異性化の際にねじれの起こる位置のまわりのタンパク質による立体障害の違いに基づくことを、詳細なシミュレーション結果の解析から明らかにした。また、静的な反応経路から予測される捩れ運動よりも、実際の運動のほうがおおきくなることがあきらかになった。さらに、WeissとWarshelが提案した、励起状態でcis型とtrans型の構造変化が何度も起こり、trans型へと構造変化するときに励起状態から基底状態へ遷移するとtrans型ができるとするモデルは正しくなく、遷移の際のcis型、trans型への分岐比が重要であることを本研究は示した。ほかに、インドリルマレイミド誘導体の光異性化のシミュレーションを行い、二価アニオンが発光に関わっていることを明らかにした。本研究は事情により、1年で終了することになったが、構造-光応答の一般的な描像の確立に向けての一歩を踏み出せたと考えている。
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A non-adiabatic QM/MM trajectory approach to photoisomerization of rhodopsin and isorhodopsin. The origin of faster and more efficient isomerization in rhodopsin
视紫红质和异视紫红质光异构化的非绝热 QM/MM 轨迹方法。
DOI:
--
发表时间:
2012
期刊:
影响因子:
--
作者:
[CHUNG, Wilfredo Credo; ISHIDA, Toshimasa; NANBU, Shinkoh; NAKAMURA, Hiroki]
通讯作者:
Hiroki
蛍光性分子の光化学動力学
荧光分子的光化学动力学
DOI:
--
发表时间:
2012
期刊:
影响因子:
--
作者:
[村上龍大, Kondorskiy Alexey, 石田俊正, 南部伸孝]
通讯作者:
南部伸孝
Semiclassical Simulations of Nonadiabatic Chemical Dynamics
非绝热化学动力学的半经典模拟
DOI:
--
发表时间:
2012
期刊:
影响因子:
--
作者:
[Tomohiko Okada, Junpei Oguchi, Kenichiro Yamamoto, Takashi Shiono, Masahiko Fujita, Taku Iiyama, S. Yamada and H. Sekino, Shinkoh NANBU]
通讯作者:
Shinkoh NANBU
DOI:
10.1021/jp212378u
发表时间:
2012-07-19
期刊:
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B
影响因子:
3.3
作者:
[Chung, Wilfredo Credo, Nanbu, Shinkoh, Ishida, Toshimasa]
通讯作者:
Ishida, Toshimasa
A model theoretical study on ligand exchange reactions of CooA
CooA配体交换反应的模型理论研究
DOI:
10.1039/c3cp43253j
发表时间:
2014
期刊:
Phys. Chem. Chem. Phys
影响因子:
--
作者:
[T. Ishida, S. Aono]
通讯作者:
S. Aono
共 19 条
ab initio法と融合したポテンシャル面自動生成に関する研究
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批准号:12042232
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
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资助金额:$1.09万
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财政年份:2000
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负责人:石田 俊正
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依托单位:
超励起状態からの自動イオン化の理論的研究
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批准号:09740424
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$1.34万
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财政年份:1997
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负责人:石田 俊正
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依托单位:
超励起状態の関与する化学反応の理論的研究
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批准号:07208212
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$0.51万
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财政年份:1995
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负责人:石田 俊正
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依托单位:
高励起・連続状態の関与する反応に関する理論的研究
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批准号:06219211
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$0.58万
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财政年份:1994
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负责人:石田 俊正
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依托单位:
高励起・連続状態の関与する反応に関する量子化学的ならびに動力学的研究
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批准号:05227211
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$1.02万
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财政年份:1993
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负责人:石田 俊正
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依托单位:
高励起・連続状態の関与する反応に関する量子化学的ならびに動力学的研究
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批准号:04243207
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$0.64万
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财政年份:1992
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负责人:石田 俊正
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依托单位:
海外基金