Type III restriction endonuclease EclP15I: Protein engineering to optimize its use in transcriptome analysis ("SuperSAGE")

III 型限制性内切酶 EclP15I：通过蛋白质工程优化其在转录组分析中的应用（“SuperSAGE”）

• 批准号: 5421792
• 负责人: Professor Dr. Detlev H. Krüger
• 金额: --
• 依托单位: Institut für Virologie (CCM)
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research Grants
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2003-12-31 至 2006-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/5421792?language=en
• 关键词: Type; III; restriction; endonuclease; EclP15I

Restriktionsendonukleasen sind Enzyme, die DNA-Moleküle spezifisch zu spalten vermögen. EcoP15I ist eine TypIII-Restriktionsendonuklease, die für den endonukleolytischen Angriff auf die DNA das Vorhandensein von zwei unmethylierten Kopien der nicht-palindromischen Erkennungssequenz 5-CAGCAG voraussetzt, die im DNA-Molekül invers zueinander orientiert sein müssen. Aus den vorausgegangenen Untersuchungen haben wir ein Modell zur molekularen DNA-Enzym-Wechselwirkung entwickelt. Zwei weitere Besonderheiten des Enzyms - das Vorhandensein repetitiver Triplets in der Erkennungssequenz und der vom DNA-Erkennungsort entfernt gelegene Schnittort im DNA-Molekül - haben zu Ansätzen für molekulardiagnotische Nutzungen geführt: Der Detektion und Quantifizierung von Trinukleotid-Repeats für die Diagnostik genetisch bedingter neurodegenerativer Erkrankungen sowie der Gewinnung neuartig langer "tag" Sequenzen für die Analyse des zellulären Transkriptoms ("SuperSAGE"). Im hier beantragten Vorhaben soll die Anwendbarkeit der EcoP15I-gestützten "SuperSAGE" für die Transkriptomanalyse in virusinfizierten Zellen prinzipiell gezeigt werden. Ein zweiter Komplex der Arbeiten fokussiert sich auf die Identifizierung funktioneller Domänen bzw. Aminosäuren in den EcoP15I-Untereinheiten, die für die DNA-Bindung, die Katalyse des DNA-Doppelstrangbruches sowie die Protein-Protein-Kontakte verantwortlich sind. Ziel dieser Struktur-Funtkions-Analyse des Proteins ist ihre Nutzung für ein Proteinengineering, das zu einem neuen EcoP15I-Derivat mit einem noch größeren Abstand zwischen Erkennungs- und Schnittort in der DNA und damit zur Generierung noch längerer "tags" für die Transkriptom-Analyse führen soll.

限制性内切酶是一种酶，DNA分子特异性地分解寄生虫。EcoP 15 I是一种III型限制性内切酶，用于对两种非回文5-CAGCAG序列的非甲基化DNA进行酶解，在DNA分子中反向定向。我们用一种分子DNA-酶-微生物选择性标记的方法来研究这些问题。Zwei weitere Besonderheiten des Enzyms - das Vorhandensin repeitiver Triplets in der Erkennungssequenz und der vom DNA-Erkennungsort entfernt gelegene Schnittort im DNA-Molekül - haben zu Ansätzen für molekulardiagnotische Nutzungen geführt：神经退行性疾病遗传学诊断中三核细胞重复序列的检测和定量研究（“SuperSAGE”）。我希望通过EcoP 15 I-Gestützten“SuperSAGE”来分析病毒感染的Zellen原则韦尔登。一个复杂的劳动力集中在识别功能领域。EcoP 15 I-结合蛋白中的氨基酸，对DNA结合、DNA双链断裂的分析，以及蛋白质-蛋白质-连接的研究都是可行的。Ziel dieser Struktur-Funtkions-Analyse des Proteins ist ihre Nutzung für ein Proteinengineering，das zu einem neuen EcoP15 I-Derivat mit einem noch größeren Abstand zwischen Erkennungs- und Schnittort in der DNA und damit zur Generierung noch längerer“tags”für die Transkriptom-Analyse führen soll.