リン酸化とユビキチン化のクロストークによる腎糸球体タンパク質分解の網羅的解析

磷酸化和泛素化串扰导致肾小球蛋白降解的综合分析

• 批准号: 14F04105
• 负责人: 山本 格
• 金额: $ 1.47万
• 依托单位: Niigata University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2014
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2014-04-25 至 2016-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-14F04105/
• 关键词: プロテオーム; 翻訳後修飾; リン酸化; ユビキチン化; 腎臓; 尿管; 糸球体; 濾過; プロテオミクス; 免疫沈降

網羅的タンパク質（プロテオーム）解析でタンパク質の翻訳後修飾、特にリン酸化修飾やユビキチン化修飾の関連を研究するプロジェクトを開始した。初めに、腎臓のタンパク質をモデルに、網羅性を高めるために、腎臓のタンパク質をOff-Gel 等電点電気泳動法で分画後、トリプシン処理し、そのペプチドを質量分析装置で解析し、全分画の情報を統合して腎臓プロテオームを解析した。一方、腎臓タンパク質全体を最初にトリプシン消化し、そのペプチドをOff-Gel 等電点電気泳動法で分画し、質量分析装置で解析し、全分画の情報を統合した腎臓プロテオームを取得し、前者と比較した。その結果、前者の解析法の方が、タンパク質の同定数が多い事が示されたが、ペプチドを、Off-Gel電気泳動法で分画する方法は、ITRAQ 法や TMT法などペプチドの定量法に有用な手法と考えられた。両分画法とも、リン酸化や酸化やユビキチン化などのタンパク質の翻訳後修飾の解析が可能で、その解析は両者を相補的に用いることで、より詳細なプロテオーム解析が得られた（Anal Chem　2015）。また、本研究で、世界で初めて尿管のプロテオームが解析され、そのタンパク質のリストが作成された（Journal of proteomics 2015とData in briefs 201６）。その情報は半定量的情報として emPAI 情報とともに、データベース化され、今後、尿管の疾患の研究に利用されると考えられた。

The snare タ ン パ ク mass (プ ロ テ オ ー ム) parsing で タ ン パ ク qualitative の turn 訳 after modification, に リ ン acidification modified や ユ ビ キ チ ン chemical modified の masato even を research す る プ ロ ジ ェ ク ト を start し た. Early め に is crucial, kidney の タ ン パ ク qualitative を モ デ ル に, snare を high め る た め に is crucial, kidney の タ ン パ ク qualitative を Off - Gel isoelectric point 気 swimming method で after painting, ト リ プ シ ン 処 し, そ の ペ プ チ ド を quality analysis device で analytical し, full integration points draw の intelligence を し て renal viscera プ ロ テ オ ー ム を parsing し た. One is crucial, kidney タ ン パ ク mass all を initially に ト リ プ シ ン digestion し, そ の ペ プ チ ド を Off - Gel isoelectric point 気 swimming method で painting し, quality analysis device で parsing し, full integration points draw の intelligence を し た renal viscera プ ロ テ オ ー ム を obtain し, former と is し た. そ の result analytical method, the former の の が, タ ン パ ク qualitative の い things more with destiny が が shown さ れ た が, ペ プ チ ド を, Off - Gel 気 swimming method で points draw す る methods は, ITRAQ や TMT method な ど ペ プ チ ド の quantitative method に な technique useful と exam え ら れ た. Struck points illustration と も, リ ン acidification acidification や や ユ ビ キ チ ン change な ど の タ ン パ ク qualitative の modification after turn 訳 の resolution が may で, そ の parsing は who struck を phase of に with い る こ と で, よ り detailed な プ ロ テ オ ー ム parsing が must ら れ た (Anal Chem2015). ま た, で this study, the early で め て ureter の プ ロ テ オ ー ム が parsing さ れ, そ の タ ン パ ク qualitative の リ ス ト が made さ れ た 2015 と (Journal of proteomics Data sometimes called tighty whities they in 2016). そ の intelligence は semi-quantitative intelligence と し て emPAI intelligence と と も に, デ ー タ ベ ー ス change さ れ, in the future, the urine tube の の disease research に using さ れ る と exam え ら れ た.

项目成果

Strategy of Discovery and Validation of Urine Biomarkers for Kidney Diseases

肾脏疾病尿液生物标志物的发现和验证策略

• 发表时间: 2014
• 作者: Tadashi Yamamoto;Bo Xu;Ying Zhang;Sameh Magdeldin;Masato Habuka;Hidehiko Fujinaka;Keiko Yamamoto;Yutaka Yoshida;Shin Goto;Ichiei Narita;Tadashi Yamamoto
• 通讯作者: Tadashi Yamamoto

A proteomic glimpse into human ureter proteome.

• DOI: 10.1002/pmic.201500214
• 发表时间: 2016-01
• 期刊: Proteomics
• 影响因子: 3.4
• 作者: Magdeldin S;Hirao Y;Elguoshy A;Xu B;Zhang Y;Fujinaka H;Yamamoto K;Yates JR 3rd;Yamamoto T
• 通讯作者: Yamamoto T

The State of the Human Proteome in 2013 as viewed through PeptideAtlas: Comparing the Kidney, Urine, and Plasma Proteomes for the Biology and Disease-driven Human Proteome Project.

通过 PeptideAtlas 查看 2013 年人类蛋白质组状况：比较生物学和疾病驱动的人类蛋白质组项目的肾脏、尿液和血浆蛋白质组。

• DOI: 10.4236/ojgas.2014.42011
• 发表时间: 2014
• 期刊: J Proteome Res.
• 作者: Farrah T;Deutsch EW;Omenn GS;Sun Z;Watts JD;Yamamoto T;Shteynberg D;Harris MM;Moritz RL.
• 通讯作者: Moritz RL.

Urinary Proteins Originating Uniquely from Each Nephron Segment

尿蛋白独特地源自每个肾单位片段

• 发表时间: 2015
• 作者: Farrah T;Deutsch EW;Omenn GS;Sun Z;Watts JD;Yamamoto T;Shteynberg D;Harris MM;Moritz RL.;Sameh Magdeldin;Sameh Magdeldin;Tadashi Yamamoto
• 通讯作者: Tadashi Yamamoto

Scripps Research Institute(米国)

斯克里普斯研究所（美国）