ゲノム情報と標本に基づく草原性絶滅危惧蝶類の保全遺伝学的研究
ゲノム情報と標本に基づく草原性絶滅危惧蝶類の保全遺伝学的研究
批准号:
15J00908
负责人:
中濱 直之
金额:
$1.22万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份:
2015
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2015-04-24 至 2017-03-31
中文摘要
本研究は、草原性絶滅危惧蝶類であるコヒョウモンモドキ(Melitaea ambigua)における長期的(過去1万年間)および短期的(過去数十年間)の個体群動態をゲノム情報及び標本DNAから復元し、さらに近年の個体群動態に与える環境要因の解明を目的としている。平成28年度は、昨年に収集した標本サンプルについてマイクロサテライトマーカーを用いた遺伝解析を引き続き実施し、日本国内のコヒョウモンモドキ12集団における1980年代以降の遺伝的多様性・構造の変遷を明らかにした。その結果、1980年代以降、多くの集団で遺伝的多様性が減少傾向にあった。さらに、各集団間の遺伝的分化についても明らかにした結果、1980年代では集団間の遺伝的分化が小さかった一方で、2010年代には集団間の遺伝的分化が増大したことがわかった。このように集団間で遺伝的分化が急速に増大した要因として、各集団間での移動個体の減少や、遺伝的多様性の減少に伴う浮動の影響が考えられた。さらに、近年の個体群動態に与える環境要因として、草原面積及び気温の変化に注目した。各集団の航空写真から1940年代、1970年代、2010年代の草原面積について、地理情報システムから算出した。さらに、草原面積が本種の遺伝的多様性に与える影響について、統計解析から明らかにした。その結果、サンプル採集時からおよそ40年前の草原面積の減少が本種の遺伝的多様性に有意な負の影響を与えていることが解明された。また、気温の変化の遺伝的多様性に対する影響は見られなかった。申請者の一連の研究から、過去1万年間の人為的攪乱の増大により伴う草原面積の増加により集団サイズを増加させたものの、過去数十年間の人間の生活様式の変化に伴う草原面積の減少により、コヒョウモンモドキは過去30年間で遺伝的多様性の急速な減少や遺伝的分化の増大を経験したと推察された。
英文摘要
本研究は、草原性絶滅危惧蝶類であるコヒョウモンモドキ(Melitaea ambigua)における長期的(過去1万年間)および短期的(過去数十年間)の個体群動態をゲノム情報及び標本DNAから復元し、さらに近年の個体群動態に与える環境要因の解明を目的としている。平成28年度は、昨年に収集した標本サンプルについてマイクロサテライトマーカーを用いた遺伝解析を引き続き実施し、日本国内のコヒョウモンモドキ12集団における1980年代以降の遺伝的多様性・構造の変遷を明らかにした。その結果、1980年代以降、多くの集団で遺伝的多様性が減少傾向にあった。さらに、各集団間の遺伝的分化についても明らかにした結果、1980年代では集団間の遺伝的分化が小さかった一方で、2010年代には集団間の遺伝的分化が増大したことがわかった。このように集団間で遺伝的分化が急速に増大した要因として、各集団間での移動個体の減少や、遺伝的多様性の減少に伴う浮動の影響が考えられた。さらに、近年の個体群動態に与える環境要因として、草原面積及び気温の変化に注目した。各集団の航空写真から1940年代、1970年代、2010年代の草原面積について、地理情報システムから算出した。さらに、草原面積が本種の遺伝的多様性に与える影響について、統計解析から明らかにした。その結果、サンプル採集時からおよそ40年前の草原面積の減少が本種の遺伝的多様性に有意な負の影響を与えていることが解明された。また、気温の変化の遺伝的多様性に対する影響は見られなかった。申請者の一連の研究から、過去1万年間の人為的攪乱の増大により伴う草原面積の増加により集団サイズを増加させたものの、過去数十年間の人間の生活様式の変化に伴う草原面積の減少により、コヒョウモンモドキは過去30年間で遺伝的多様性の急速な減少や遺伝的分化の増大を経験したと推察された。
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草原性絶滅危惧蝶類における近年の遺伝的多様性・構造の変遷-標本DNAの解析から明らかとなったこと-
濒临灭绝的草原蝴蝶遗传多样性和结构的最新变化-标本DNA分析揭示的内容-
DOI:
--
发表时间:
2017
期刊:
影响因子:
--
作者:
[中濵直之, 内田圭, 丑丸敦史, 井鷺裕司]
通讯作者:
井鷺裕司
博物館標本の種子は生きている!:発芽可能性と標本作製・管理方法の検討
博物馆标本种子还活着!
DOI:
--
发表时间:
2017
期刊:
遺伝
影响因子:
--
作者:
[Shiga T., S. Kato, M. Usuba, T. Yamanouchi, T. Kurazono, Y. Hirasaswa, and M. Yamazaki, 石丸恵利子, 岡田文男, 福士由紀, 志賀隆]
通讯作者:
志賀隆
Development of microsatellite markers for an endemic shrub, Leptopetalum grayi (Rubiaceae), on the Ogasawara Islands using Ion Torrent next-generation sequencing.
使用 Ion Torrent 新一代测序技术为小笠原群岛的特有灌木 Leptopetalum Grayi(茜草科)开发微卫星标记。
DOI:
10.1007/s12686-016-0635-7
发表时间:
2016
期刊:
Conservation Genetics Resources
影响因子:
1.1
作者:
[Tsuda Y, Nakahama N, Izuno A, Kyogoku D, Arima K, Kato H, Isagi Y]
通讯作者:
Isagi Y
DOI:
10.1080/00222933.2017.1293745
发表时间:
2017-03
期刊:
Journal of Natural History
影响因子:
0.8
作者:
[K. Suetsugu;N. Nakahama;Azusa Ito;Y. Isagi]
通讯作者:
K. Suetsugu;N. Nakahama;Azusa Ito;Y. Isagi
Availability of short microsatellite markers from butterfly museum and private specimens
蝴蝶博物馆和私人标本的短微卫星标记的可用性
DOI:
10.1111/ens.12215
发表时间:
2017
期刊:
Entomological Science
影响因子:
0.9
作者:
[Naoyuki Nakahama, Yuji Isagi]
通讯作者:
Yuji Isagi
共 12 条
ペットや園芸として人気の高い昆虫および植物における遺伝的撹乱の実態解明
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批准号:23K13969
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项目类别:Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
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资助金额:$2.91万
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财政年份:2023
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负责人:中濱 直之
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依托单位:
博物館標本の遺伝情報に基づいた絶滅危惧種の保全単位の設定
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批准号:19K15856
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项目类别:Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
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资助金额:$2.66万
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财政年份:2019
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负责人:中濱 直之
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依托单位:
草原性蝶類における遺伝的多様性の減少メカニズム:標本DNAを用いた複数種比較解析
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批准号:17J00965
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项目类别:Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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资助金额:$3.08万
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财政年份:2017
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负责人:中濱 直之
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依托单位: