遺伝子多様度解析を用いたアントクメ個体群消滅危険性の予測

利用遗传多样性分析预测 Antokume 种群灭绝的风险

• 批准号: 15J11734
• 负责人: 秋田 晋吾
• 金额: $ 1.6万
• 依托单位: Tokyo University of Marine Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2015
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2015-04-24 至 2018-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15J11734/
• 关键词: 磯焼け; 藻場; マイクロサテライト; 遺伝子多様度; アントクメ; nad3-16s; 生物系統地理; カジメ類の雑種

本課題では，遺伝子多様度の高い個体群が環境変異や物理的撹乱に強いことに着目し，海藻類の個体群である藻場における遺伝子多様度を解明することで，磯焼けの発生リスクが高い個体群を検出できるか調べた。平成29年度は，平成27年度に採集した個体と平成28年度に開発したマイクロサテライトマーカーを用いて，1）集団遺伝解析および2）遺伝子多様度解析を行った。1）集団遺伝解析平成28年度に実施した系統地理解析の結果を検証するために，11個のマイクロサテライトマーカーを用いて集団遺伝解析を行った。その結果，アントクメの遺伝集団は九州西岸と太平洋岸の2グループ，もしくは，伊豆大島，平沢，仁科，早田浦，土佐清水，串木野，長島，野母崎，新三重および原島と嫦娥崎の10グループに分かれると推定された。この結果は前年度に実施した系統地理解析を支持し，各地の個体群は遺伝的に大きく離れており，本種の分散能力は低いことが示唆された。2）遺伝子多様度解析各地の個体群において，検出されたアレルの数（Na: 最小の個体群に補正），ヘテロ接合度の観察値（Ho）と期待値（He），近交係数（Fis）およびアレル共有度（Psaxy）を求めた。これらの指数のうち近交係数（Fis）は，嫦娥崎，原島，新三重，野母崎，串木野，土佐清水および仁科で低く，長島，早田浦，伊豆大島および平沢で高いことが確認された。各地の生育状況から，アントクメの個体群は，拡大（嫦娥崎，原島），安定（長島，早田浦，伊豆大島および平沢）および縮小（新三重，野母崎）の3段階に分けられ，Fisと比較すると，大きな変動を示す個体群でFisが低く，Fisは個体群の現状を示す指標となり得ることが示された。

This paper aims to clarify the diversity of high density individuals in algae populations due to environmental and physical disturbances, and to identify and modulate the development of high density individuals in algae populations. In 2009, the number of individuals collected in 2009 and the number of individuals collected in 2009 were increased. 1) Group heritage analysis was carried out in 28 years, and the results of systematic geographic analysis were verified in 11 cases. As a result of this, the group of experts on the west coast of Kyushu and the Pacific coast is presumed to be the second group of experts on the west coast of Kyushu and the Pacific coast of Japan. The results support the systematic geographic analysis of the previous year, and the individual populations in various regions are separated from each other. The dispersion ability of this species is low. 2) Genetic diversity analysis of individual groups in each region, detection of the number of missing individuals (Na: minimum individual group correction), observation value (Ho), expectation value (He), inbreeding coefficient (Fis), and common degree (Pxy) Inbreeding coefficient (Fis), Changozaki, Harajima, Shinzo, Nomozaki, Koshigino, Tosa Shimizu The fertility status of each region is different, and the individual population is different. The individual population is different.

项目成果

アントクメの系統地理学的解析

安德库梅的系统发育地理学分析

• 发表时间: 2017
• 作者: N. Tanaka;Y. Shoji;T. Fukushima;秋田晋吾・小祝敬一郎・羽生田岳昭・近藤秀裕・廣野育生・藤田大介
• 通讯作者: 秋田晋吾・小祝敬一郎・羽生田岳昭・近藤秀裕・廣野育生・藤田大介

Development of 11 Ecklonia radicosa (Phaeophyceae, Laminariales) SSRs markers using next-generation sequencing and intra-genus amplification analysis

• DOI: 10.1007/s10811-018-1406-5
• 发表时间: 2018-06
• 期刊: Journal of Applied Phycology
• 影响因子: 3.3
• 作者: Shingo Akita;K. Koiwai;T. Hanyuda;Syou Kato;R. Nozaki;Tsubasa Uchino;T. Sakamoto;H. Kondo;I. Hirono;D. Fujita

Phylogeographical study revealed instability of annual kelp Ecklonia radicosa population

系统发育地理学研究揭示了一年生海带 Ecklonia radicosa 种群的不稳定性

• 发表时间: 2017
• 作者: Shingo Akita;Keiichiro Koiwai;Keigo Kobayashi;Hidehiro Kondo;Ikuo Hirono;Daisuke Fujita
• 通讯作者: Daisuke Fujita

Researchmap

研究地图

遺伝子多様度解析を用いたアントクメ個体群の消長予測

利用遗传多样性分析预测Antokume种群的衰退和衰退

• 发表时间: 2018
• 作者: Akita Shingo;Koiwai Keiichiro;Hanyuda Takeaki;Kato Syou;Nozaki Reiko;Uchino Tsubasa;Sakamoto Takashi;Kondo Hidehiro;Hirono Ikuo;Fujita Daisuke;田中直樹・庄子良晃・杉本学・福島孝典;秋田晋吾・小祝敬一郎・近藤秀裕・廣野育生・坂本崇・藤田大介
• 通讯作者: 秋田晋吾・小祝敬一郎・近藤秀裕・廣野育生・坂本崇・藤田大介