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カキ甘渋性決定遺伝子の同定とその機能解析

牡蛎甜味决定基因的鉴定及其功能分析

基本信息

批准号：
16J10408
负责人：
西山総一郎
金额：
$ 1.09万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2016
资助国家：
日本
起止时间：
2016-04-22 至 2018-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究の目的は、カキの完全甘ガキ(PCNA)性を支配する対立遺伝子(AST/ast)の同定およびその制御メカニズム解明である。H29年度は以下の研究を行った。1.甘渋性分離後代の果実トランスクリプトーム解析前年度に引き続いてトランスクリプトーム解析を行い、カキ果実のプロアントシアニジン蓄積と負の相関を有する遺伝子群を解析した。これらには防御関連遺伝子の蓄積に特徴がみられ、カキ果実におけるプロアントシアニジンの防御的役割が示唆された。2.AST遺伝子座におけるカキ／マメガキ比較ゲノム解析六倍体であるカキを用いた直接の遺伝解析は困難であることから、カキの二倍体近縁種であるマメガキを利用して参照情報の構築を試みた。前年度に作出したAST周辺領域のマメガキゲノム配列を用いてマーカーを作製し、マメガキ交雑集団 (N = 333) およびカキ甘渋性分離集団 (N = 296) を用いて、AST領域における比較ゲノム解析を行った。同領域にはカキとマメガキ間のゲノムシンテニーが認められ、ASTの座乗領域をマメガキゲノムの約915 kbに相当する領域に同定した。分離後代のRNA-Seqデータおよび、2品種、bulkした10後代の全ゲノムシーケンスデータを取得しAST候補の探索を行った。カキAST座とシンテニーのあるマメガキゲノム915 kbの領域に、トランスクリプトーム解析により示された制御因子の候補は検出されなかった。次にRNA-Seqと全ゲノムシーケンスデータを用いて遺伝子コード領域における候補多型を探索したが、マメガキゲノム915 kbの領域には有力な候補を検出することはこれまでできていない。今後ASTの同定に向けて、六倍体カキにおける配列構築を検討する必要があると考えられる。

In this study, the purpose of this study is to make a complete understanding of the problem (PCNA). The purpose of this study is to determine the purpose of this study. The purpose of this study is to determine the purpose of this study. The purpose of this study is to determine the nature of the disease (AST/ast). The following studies have been conducted in H29. 1. In the previous year, there was an analysis of the following generations of sexual separation. the previous year, there was an introduction to the analysis of the child group. Please tell me that the service cut of the defense system indicates that the defense system is not in service. In 2.AST constellation, you can compare the data of hexaploid cells and diploids by using the direct analysis of hexaploid cells and diploids. In the previous year, we made a list of AST domain data sets, and parsing lines. In the same field, the same area is the same as that in the field, which is equivalent to that in the field of 915 kb. The same is true in the field. Separated from the next generation of RNA-Seq products, 2 varieties, and bulk products of 10 generations, they won the AST waiting list for exploration. In the AST seat, there is a gap between the fields of 915 kb and the analysis of the control factor. In the second time, the RNA-Seq information system is used to detect multiple types of information in the field of exploration and exploration. In the field of 915 kb, there is a strong waiting list. In the future, AST has the same orientation, hexaploid and hexaploid, and it is necessary to do some research.

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

カキ甘渋性決定遺伝子座とシンテニィのあるマメガキゲノム領域の解析

牡蛎甜味决定基因位点及牡蛎基因组区域的同线性分析

DOI：
发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
0
作者：
Tomohisa Kawashima;Shin Mineshige;Ken Ohsuga;Takumi Ogawa;西山総一郎・尾上典之・河野淳・佐藤明彦・牛島幸一郎・山根久代・田尾龍太郎・米森敬三
通讯作者：
西山総一郎・尾上典之・河野淳・佐藤明彦・牛島幸一郎・山根久代・田尾龍太郎・米森敬三

カキ甘渋性に関するトランスクリプトーム解析

牡蛎甜度的转录组分析

DOI：
发表时间：
2016
期刊：
影响因子：
0
作者：
Nishiyama;S.;N. Onoue;A. Kono;A. Sato2;K. Yonemori and R. Tao;西山総一郎・尾上典之・河野　淳・佐藤明彦・米森敬三・田尾龍太郎
通讯作者：
西山総一郎・尾上典之・河野　淳・佐藤明彦・米森敬三・田尾龍太郎

Differential expression analysis of the genes conferring non-astringent trait at the two different loci in Japanese- and Chinese-type pollination constant non-astringent (PCNA) persimmon

日本型和中国型授粉恒定非涩性（PCNA）柿子两个不同位点非涩性基因的差异表达分析