完全甘ガキ性決定遺伝子の同定と機能解析

甜牡蛎性别决定全基因的鉴定及功能分析

基本信息

批准号：
21K14848
负责人：
西山総一郎
金额：
$ 3万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究では、カキの最重要形質の一つである完全甘ガキ性の決定遺伝子座の解析と制御メカニズムの解明を目指した研究を実施している。これまでに、決定遺伝子の座乗領域はカキ属近縁種ゲノムベースで約900kbに絞り込まれている。しかしながら、栽培ガキの倍数性も一因となり、決定遺伝子とその制御メカニズムは同定できていない。2022年度は以下に示す3つの点について進展があった。1. 六倍体カキのゲノムをPacbio Hifiによりシーケンスした。ハプロタイプレベルのアセンブルを目指したが、6つのゲノムのうち5つしかアセンブルされなかった。しかし、甘渋性決定領域については、過去に作製した甘渋性連鎖マーカーをアセンブルされた配列に全て配置することができ、機能ハプロタイプを見分けることが可能となり、ゲノム上の構造変異が可視化された。2. 前年度に見出された変異型完全甘ガキアレルに遺伝的に近いと思われる顕性の非完全甘ガキアレルの配列を詳細に解析した。遺伝資源とF1集団10個体のゲノムシーケンスを組み合わせて解析し、候補遺伝子は7遺伝子、候補多型は80個に絞られた。これらに非同義置換は含まれなかったが、1つの候補遺伝子のイントロン部に多型が集中していた。これを有力な候補遺伝子とみなし、機能解析に着手した。3. 完全甘ガキ育種で見られる、完全甘ガキであるにも関わらず渋味を呈する個体 (渋残り) のサンプル・データ収集を進めた。これら個体の渋味は甘渋性決定領域とは独立した遺伝的制御を受けることが確認された。

这项研究正在进行研究，旨在分析确定完整的甜味小斗的源头，这是牡蛎最重要的特征之一，并阐明了调节机制。到目前为止，根据牡蛎亲戚的基因组，测定基因的基因座区域已被缩小到约900 kb。然而，培养酵母的倍数也是一个因素，尚未确定基因及其调节机制。在2022财年，在三个点中取得了进展，如下所示：1。使用PACBIO HIFI对六倍体牡蛎基因组进行了测序。我们的目的是在单倍型水平上组装，但是在六个基因组中只有五个。但是，关于甜蜜和涩味的确定区域，所有先前准备的甜和涩味连锁标记都可以放在组装序列中，从而可以区分功能单倍型，并且基因组中的结构突变被可视化。 2。我们已经详细分析了公开的，不完整的甜荞麦等位基因的顺序，这些荞麦等位基因被认为在遗传上接近上一年中完全甜的荞麦等位基因。将10个F1种群的遗传资源和基因组序列组合在一起，并将候选基因缩小到7个基因，候选多态性为80。尽管这些基因不包括非同义替代替代，但多态性浓缩在一个候选基因的内含子区域中。这被认为是有希望的候选基因，并进行了功能分析。 3。我们开始收集个体的样本数据（剩余的野蛮），这些数据是在完全甜的小子中发现的，尽管它们是完全甜的小健人，但我们还是表现出涩味的味道（海底）。已经证实，这些个体的极斗经历了遗传控制，而与甜蜜的涩味性区域无关。

项目成果

期刊论文数量（7）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

カキ甘渋性を制御する候補遺伝子の探索

寻找控制牡蛎甜度的候选基因

DOI：
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
0
作者：
藤原陽介;西山総一郎;尾上典之;松崎隆介;米森敬三;田尾龍太郎
通讯作者：
田尾龍太郎

DNA sequence diversity of the astringency-controlling locus in Diospyros kaki

柿子涩味控制位点 DNA 序列多样性

DOI：
10.17660/actahortic.2022.1338.13
发表时间：
2022
期刊：
Acta Hort.
影响因子：
0
作者：
Nishiyama;S.;A. Kuramoto;and R. Tao
通讯作者：
and R. Tao

Candidate gene analysis for the ASTRINGENCY locus controlling fruit astringency in Diospyros kaki based on mRNA- and small RNA-sequencing analyses

基于 mRNA 和小 RNA 测序分析的控制柿子果实涩味的 ASTRINGENCY 位点候选基因分析

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
Acta Horticulturae
影响因子：
0
作者：
Yosuke Fujiwara;Nishiyama Soichiro;Onoue Noriyuki;Matsuzaki Ryusuke;Yonemori Keizo;Tao Ryutaro
通讯作者：
Tao Ryutaro

タンニン細胞の発達と完全甘ガキの「渋残り」との関連性

单宁细胞发育与全甜牡蛎“涩味”的关系

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
Fujiwara;Y.;S. Nishiyama;N. Onoue;R. Matsuzaki;K. Yonemori;R. Tao;安田喜一・廣田真也・松永涼・金子博・戸村大河・富永晃好・八幡昌紀;山本涼平・尾形凡生・岩本將稔・米森敬三;佐藤真衣・安田喜一（CA）・森上千聖・金子　博・松山　知樹;藤原陽介・西山総一郎・尾上典之・米森敬三・田尾龍太郎
通讯作者：
藤原陽介・西山総一郎・尾上典之・米森敬三・田尾龍太郎

三次元電子顕微鏡法と機械学習によるカキタンニン細胞の微細構造イメージング

使用三维电子显微镜和机器学习对柿单宁细胞进行超微结构成像

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
Fujiwara;Y.;S. Nishiyama;N. Onoue;R. Matsuzaki;K. Yonemori;R. Tao;安田喜一・廣田真也・松永涼・金子博・戸村大河・富永晃好・八幡昌紀;山本涼平・尾形凡生・岩本將稔・米森敬三;佐藤真衣・安田喜一（CA）・森上千聖・金子　博・松山　知樹;藤原陽介・西山総一郎・尾上典之・米森敬三・田尾龍太郎;西山総一郎・田尾龍太郎・米森敬三
通讯作者：
西山総一郎・田尾龍太郎・米森敬三