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The maximum entropy method for accurate charge-density studies, and its application to proteins and other molecules of biological interest

The maximum entropy method for accurate charge-density studies, and its application to proteins and other molecules of biological interest
用于精确电荷密度研究的最大熵方法及其在蛋白质和其他具有生物意义的分子中的应用
批准号:
5449399
负责人:
Professor Dr. Sander van Smaalen
金额:
$0.0万
依托单位国家:
德国
项目类别:
Priority Programmes
财政年份:
2005
资助国家:
德国
项目状态:
已结题
起止时间:
2004-12-31 至 2014-12-31

项目摘要

项目成果

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中文摘要
翻译
最大熵法(MEM)是一种用于蛋白质和生物化学中感兴趣的分子的遗传电子学数据估计的多变量方法(MP Verfeinerungen),韦尔登。在对MP方法的研究中,我们发现MEM不存在一个参数化的问题,因此我们对MP模型的参数进行了不合理的估计。MEM在基本方向上对电子学进行了评估,并且最好采用MP方法,电子学在灵活性上也可以用于蛋白质的选择。Die MEM-Dichten können jedoch Artefakte aufweisen,die spezifisch für dieseMethod sind,and größeres Rauschen als die MP-Dichten zeigen.在这个项目中,在MEM的一个引用文件韦尔登中,基于MP参数,将选择用于肽的数据库MP参数,然后韦尔登。在MEM解决方案中,将韦尔登引入,从而解决MEM中的问题。韦尔登蛋白质分析的方法学研究。在MEM中对“抗冻”蛋白质RD 1进行高通量的数据分析,发现其与蛋白质的化学结合与其特性有关,因此可以对“抗冻”机制进行研究。
英文摘要
Die Maximum Entropie Methode (MEM) soll als Alternative zu Multipol-Verfeinerungen(MP Verfeinerungen) von Röntgenbeugungsdaten zur Bestimmung von genauenElektronendichten von Proteinen und anderen Molekülen von biologischem Interesseentwickelt werden. Im Unterschied zur MP Methode leidet die MEM nicht unter abhängigenParametern, ein Problem, welches die unabhängige Bestimmung der Parameter des MPModells für große Moleküle verhindert. Die MEM bestimmt die Elektronendichte in derElementarzelle direkt, und ist demzufolge besser als die MP Methode dazu geeignet, dieElektronendichte sowohl in den flexiblen als auch den geordneten Teilen der Proteine zubeschreiben. Die MEM-Dichten können jedoch Artefakte aufweisen, die spezifisch für dieseMethode sind, und größeres Rauschen als die MP-Dichten zeigen. In diesem Projekt soll eineReferenzdichte (prior) in der MEM eingeführt werden, die auf den MP Parametern basiert,welche der Datenbank übertragbarer MP-Parameter für Peptide entnommen werden wird.Erweiterungen zur MEM sollen entwickelt werden, die zu rauschärmeren Dichtekarten führenund so die Probleme mit dem Rauschen in MEM-Dichten beheben sollen. MethodischeEntwicklungen sollen anhand von Anwendungen am Protein Crambin analysiert werden.Anwendung der MEM auf hochauflösende Beugungsdaten des 'Antifreeze'-Proteins RD1 wirddie chemische Bindung zwischen diesem Protein und Eis charakterisieren und wird so zueinem verbesserten Verständnis des 'Antrifreeze'-Mechanismus beitragen.
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会议论文
Towards understanding high-Z' organic molecular crystals through the superspace method.
  • 批准号:
    389490692
  • 项目类别:
    Research Grants
  • 资助金额:
    $0.0万
  • 财政年份:
    2017
  • 负责人:
    Professor Dr. Sander van Smaalen
  • 依托单位:
Magnetocrystalline and structural phase transitions of compounds MOCl (M = Ti, V, Cr, Fe) in dependence on pressure and temperature.
  • 批准号:
    386411512
  • 项目类别:
    Research Grants
  • 资助金额:
    $0.0万
  • 财政年份:
    2017
  • 负责人:
    Professor Dr. Sander van Smaalen
  • 依托单位:
Structural basis for understanding phase transitions in 3-dimensional charge-density-wave compounds
  • 批准号:
    265092781
  • 项目类别:
    Research Grants
  • 资助金额:
    $0.0万
  • 财政年份:
    2014
  • 负责人:
    Professor Dr. Sander van Smaalen
  • 依托单位:
Experimental characterization of the chemical bonds in boron allotropes and boron-rich compounds
  • 批准号:
    244734497
  • 项目类别:
    Research Grants
  • 资助金额:
    $0.0万
  • 财政年份:
    2013
  • 负责人:
    Professor Dr. Sander van Smaalen
  • 依托单位:
国内基金
海外基金
可靠性理论
  • 批准号:
    11422109
  • 项目类别:
    优秀青年科学基金项目
  • 资助金额:
    100万元
  • 批准年份:
    2014
  • 负责人:
    赵鹏
  • 依托单位:
微分动力系统的测度和熵
  • 批准号:
    11101447
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
  • 资助金额:
    22.0万元
  • 批准年份:
    2011
  • 负责人:
    孙鹏
  • 依托单位:
混沌动力系统中的广义熵和维数
  • 批准号:
    10571086
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    23.0万元
  • 批准年份:
    2005
  • 负责人:
    陈二才
  • 依托单位: