Small non-coding RNAs with regulatory functions in alpha-Proteobacteria: Transcriptome-based analysis of regulatory RNAs in Bradyrhizobium japonicum

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Während die Funktionen der rRNA, tRNA und mRNA in der Proteinbiosynthese seit langem bekannt sind, ist die Bedeutung der kleinen nicht-kodierenden RNAs (ncRNAs) bei der Regulation vieler Prozesse in der Zelle erst in den letzten Jahren deutlich geworden. Trotzdem ist über ncRNAs in anderen Bakterien als E. coli fast nichts bekannt. Da nur ncRNAs aus nah verwandten Bakterien eine Sequenzähnlichkeit zeigen, ist es sehr schwierig, die ncRNA-Gene in entschlüsselten bakteriellen Genomen vorherzusagen. Im Rahmen dieses Projektes werden ncRNAs aus den a-Proteobakterien R. palustris, A. tumefaciens, B. japonicum und S. meliloti untersucht. Bei unterschiedlichen Bedingungen exprimierte ncRNAs werden zusammen mit dem hochkonservierten RNA-Bindeprotein Hfq isoliert. Ihre Identifizierung wird durch cDNA-Klonierung, Sequenzanalyse und Expressionsuntersuchung erfolgen. Vergleich der ncRNAs aus den vier Arten wird Aufschluss über relativ konservierte ncRNAs mit regulatorischen Schlüsselfunktionen sowie über Symbiose- oder Pathogenese- relevante ncRNAs geben. Die physiologische Rolle einiger ncRNAs wird näher untersucht. Zusätzlich werden Protein-Interaktionspartner von Hfq analysiert, die für seine Funktion als globaler Regulator von Bedeutung sein können. Im Rahmen des Projektes werden zum ersten Mal ncRNAs aus a-Proteobakterien, zu denen viele landwirtschaftlich bedeutende und pathogene Arten, sowie wichtige Modellorganismen der Grundlageforschung gehören, systematisch untersucht. Die Ergebnisse des Projektes werden auch zum Verständnis der Rolle von Hfq beitragen.