Pan-cancer module and network analysis for identifying dominating subnetworks across hu man cancers

用于识别人类癌症的主要子网络的泛癌模块和网络分析

• 批准号: 17F17353
• 负责人: 阿久津 達也
• 金额: $ 0.9万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2017
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2017-11-10 至 2020-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17F17353/
• 关键词: 汎がんモジュール; タンパク質相互作用ネットワーク; 遺伝子発現量; 遺伝子変異; 遺伝子進化; 深層学習; ブーリアンネットワーク

本研究のもとで以前より研究を行ってきた深層学習を用いた遺伝子発現データ、遺伝子変異データ、遺伝子進化データの統合解析による腫瘍のサブタイプ分類法について研究を進め、研究を完成させた。なお具体的には、前年度までに開発したPPIESスコアを用いて重要な遺伝子を選択して遺伝子発現データと遺伝子変異を統合するFESという手法と、多次元尺度構成法を用いて遺伝子発現データ、遺伝子変異データ、遺伝子進化データを統合するIMSの2種類を完成させ、既存手法と比較して、FES,IMSともに有用性があることを示した。そして以前に国際会議論文として発表した結果をより充実させJournal版を出版した。一方、ブーリアンネットワークという離散数理モデルを用いて複数のネットワークにおける定常状態を解析するという問題について新たに取り組んだ。具体的には、ランダムにネットワークを生成した場合の共通に含まれる定常状態の個数の理論解析を行うとともに、その定常状態を検出する手法を開発した。さらに、その手法をを腫瘍細胞のネットワークモデルに適用し、有用性を評価した。

This study is based on deep learning, genetic diversity, genetic evolution, and integrated analysis of genetic diversity. The specific development of PPIES in the previous year, the selection of important genes, the development of genetic diversity, the integration of genetic diversity, FES, IMS, and the application of multi-dimensional meta-structure methods, the completion of two types of IMS, the comparison of existing techniques, FES,IMS, and the usefulness of IMS. The results of previous international conference papers were published in the Journal. A solution to a problem in which a discrete mathematical model is used to analyze a steady state of a complex problem. A theoretical analysis of the number of steady states in the case of common occurrence is presented. The application and usefulness of this technique in the development of tumor cells were evaluated.

项目成果

Deep Learning with Evolutionary and Genomic Profiles for Identifying Cancer Subtypes

• DOI: 10.1109/bibe.2018.00035
• 发表时间: 2018-10
• 期刊: 2018 IEEE 18th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE)
• 作者: Chun-Yu Lin;Peiying Ruan;Ruiming Li;Jinn-Moon Yang;S. See;T. Akutsu

HDAC1 and HDAC2 Double Knockout Triggers Cell Apoptosis in Advanced Thyroid Cancer

• DOI: 10.3390/ijms20020454
• 发表时间: 2019-01-02
• 期刊: INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES
• 影响因子: 5.6
• 作者: Lin, Ching-Ling;Tsai, Ming-Lin;Lee, Chia-Hwa
• 通讯作者: Lee, Chia-Hwa

Identification of the PCa28 Gene Signature as a Predictor in Prostate Cancer

• DOI: 10.1109/bibe.2018.00037
• 发表时间: 2018-10
• 期刊: 2018 IEEE 18th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE)
• 作者: Jung-Yu Lee;Si-Yu Lin;Yi-Hsuan Chuang;Sing-Han Huang;Yu-Yao Tseng;Chun-Yu Lin;Hung-Jung Wang;Jinn-Moon Yang

National Chiao Tung University/Taipei Medical University/Cathay General Hospital(その他の国・地域・台湾)

国立交通大学/台北医学大学/国泰医院（其他国家/地区/台湾）

Pan-cancer module network analysis for identifying dominating networks across human cancers

泛癌症模块网络分析，用于识别人类癌症的主导网络

• 发表时间: 2018
• 作者: Lin;C. Y.;Yang;J. M.;and Akutsu;T.
• 通讯作者: T.