生命システムの統合的理解のための生物情報ネットワークの構造および動的挙動解析

生物信息网络的结构和动态行为分析,以综合理解生命系统

基本信息

  • 批准号:
    05F05284
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 0.9万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
  • 财政年份:
    2005
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2005 至 2007
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

平成18年度は主に以下の3種類の研究を行った。(1)平成17年度の本研究において、外部刺激に顕著に反応する遺伝子や部分ネットワークを遺伝子発現データから同定する手法を開発した。平成18年度は、腫瘍の進行段階を刺激に対応させ、開発した手法をマウスの遺伝子発現データに適用することにより、腫瘍の段階と発現データの分布を関連づけた。その結果として、正常細胞とアデノーマ細胞の違いの方が、アデノーマ細胞と癌細胞の違いより大きいという結果を得た。(2)これまでの既存研究および我々の研究により、遺伝子発現量の分布がべき乗則にほぼ従うことが示されてきた。さらに、そのべき乗則を再現する数理モデルも提案されてきた。本研究では、それらの数理モデルを更に発展させ、細胞内部および細胞外部から受けるノイズの影響を分離し、かつ、mRNAの分解の影響を取り入れた数理モデルをStratonovich型確率微分方程式に基づいて開発した。その結果として、べき指数とmRNAの分解速度とを定量的に関連づけることができた。(3)多くの生物における代謝ネットワークは、次数分布がべき乗則に従い、かつ、モジュール構造を持つと報告されている。しかしながら、代謝ネットワークの構造は生物種ごとに異なっている。そこで、生育環境と代謝ネットワークの関係を調べるために、細菌および古細菌のネットワーク構造と生育温度との関連性を調べた。その結果、高い温度で生育する生物の代謝ネットワークは、ランダムグラフに近い均一性の高い構造をしているが、生育温度が低くなるにつれて、均一性が低くなり、モジュール性の高い構造を持つようになることがわかった。
In the 18th year of Pingcheng, the following three categories of research projects have been conducted. The main results are as follows: (1) in Pingcheng, in the course of this study, external stimuli were used in this study, and some of them were affected by external stimuli. In the year of Pingcheng, in the year 18, we conducted a short period of stimulation, and opened a series of training methods to show that the distribution of health data was different in the whole year. The results showed that the results showed that the normal cell cycle, the normal cell cycle, the normal (2) the existing research and measurement of the distribution of the existing research shows that the distribution is different. Again, we will see that there is a problem in mathematics, science and technology. In this study, the mathematical and physical aspects of the development, the intracellular and extracellular components of the cell are affected by the separation, separation, and mRNA decomposition of the mathematical and physical data. The differential equation of the determination rate is based on the basic theory. The results show that the index, mRNA, decomposition rate, and quantification rate of decomposition are quantifiable. (3) the distribution of the number of times, the number of times. In other words, the production of biological species will be carried out on behalf of others. The child-bearing environment, the birth temperature, the temperature of birth, the birth temperature, the temperature of birth, the temperature of birth, the birth temperature, the temperature of birth, the birth temperature, the temperature of birth, and the temperature of birth. The results showed that the biological generation of high temperature, low temperature, high temperature, high temperature, low temperature, high temperature, low temperature, high temperature, high temperature, low temperature, high temperature, high temperature, low temperature, high temperature, high temperature, low temperature,

项目成果

期刊论文数量(6)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
ON THE RELATION BETWEEN FLUCTUATION AND SCALING-LAW IN GENE EXPRESSION TIME SERIES FROM YEAST TO HUMAN
  • DOI:
    10.1142/s0217984905009249
  • 发表时间:
    2005-10
  • 期刊:
  • 影响因子:
    1.9
  • 作者:
    J. Nacher;T. Ochiai;T. Akutsu
  • 通讯作者:
    J. Nacher;T. Ochiai;T. Akutsu
Protein domain networks : scale-free mixing of positive and negative exponents
蛋白质域网络:正负指数的无标度混合
  • DOI:
  • 发表时间:
    2006
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Nacher;J.C.;Hayashida;M.;Akutsu;T.
  • 通讯作者:
    T.
Sensitivity of the power-law exponent in gene expression distribution to mRNA decay rate
  • DOI:
    10.1016/j.physleta.2006.07.076
  • 发表时间:
    2006-12-18
  • 期刊:
  • 影响因子:
    2.6
  • 作者:
    Nacher, J. C.;Akutsu, T.
  • 通讯作者:
    Akutsu, T.
Identification of metabolic units induced by environmental signals
环境信号诱导的代谢单位的识别
  • DOI:
  • 发表时间:
    2006
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Nacher;J.C.;Schwartz;J.M.;Kanehisa;M.;Akutsu;T.
  • 通讯作者:
    T.
The role of log-normal dynamics in the evolution of biochemical pathways
对数正态动力学在生化途径进化中的作用
  • DOI:
  • 发表时间:
    2006
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    J.C.Nacher;T.Ochiai;T.Yamada;M.Kanehisa;T.Akutsu
  • 通讯作者:
    T.Akutsu
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阿久津 達也其他文献

遺伝子ネットワークの離散モデルとその制御
基因网络的离散模型及其控制
  • DOI:
  • 发表时间:
    2008
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Akutsu;T.;Hayashida;M.;Tamura;T.;T. Tamura and T. Akutsu;K. Tokita;Tatsuya Akutsu;五斗進;阿久津 達也
  • 通讯作者:
    阿久津 達也
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  • DOI:
  • 发表时间:
    2023
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
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  • 通讯作者:
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  • 发表时间:
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  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    阿久津 達也;ホセ・ナチェル;中尾有希,猪山昭徳,佐古田三郎,吉野公三
  • 通讯作者:
    中尾有希,猪山昭徳,佐古田三郎,吉野公三
A SW-based Framework for Disclosure of Organizational Knowledge to the Outside World
基于软件的向外界披露组织知识的框架
  • DOI:
  • 发表时间:
    2004
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    丸山 修;阿久津 達也;武内雅宇;HAYASHI Yusuke;TANAKA Youhei
  • 通讯作者:
    TANAKA Youhei
代謝ネットワークの頑健性解析と化学グラフの比較と列挙
代谢网络的稳健性分析及化学图的比较和枚举
  • DOI:
  • 发表时间:
    2014
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Tachibana;H.;黒田宙;阿久津 達也
  • 通讯作者:
    阿久津 達也

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  • 通讯作者:
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Cell-type Specific Control Methods Using Single Cell Gene Expression Data
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    23KF0243
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    2023
  • 资助金额:
    $ 0.9万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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离散原像问题的最新研究与进展
  • 批准号:
    22H00532
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 0.9万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
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  • 批准号:
    22K19830
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 0.9万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
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  • 批准号:
    17F17353
  • 财政年份:
    2017
  • 资助金额:
    $ 0.9万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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通过数据融合进行蛋白质裂解分析并发现与疾病的关系
  • 批准号:
    15F15788
  • 财政年份:
    2015
  • 资助金额:
    $ 0.9万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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  • 批准号:
    07F07083
  • 财政年份:
    2007
  • 资助金额:
    $ 0.9万
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    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
複雑生体構造のデータ圧縮を通じた発生原理の解明
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  • 批准号:
    19650053
  • 财政年份:
    2007
  • 资助金额:
    $ 0.9万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
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  • 批准号:
    10780171
  • 财政年份:
    1998
  • 资助金额:
    $ 0.9万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)

相似海外基金

システム生物学・人工知能で迫るがんの個別化治療戦略
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  • 批准号:
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システム生物学による免疫細胞を題材とした細胞増殖と細胞死の境界のダイナミクス解明
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    2016
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    $ 0.9万
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    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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  • 批准号:
    13F03212
  • 财政年份:
    2013
  • 资助金额:
    $ 0.9万
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    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
線虫の塩走性行動を制御する神経ネットワークのシステム生物学的解析
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  • 批准号:
    13J02941
  • 财政年份:
    2013
  • 资助金额:
    $ 0.9万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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  • 批准号:
    24241067
  • 财政年份:
    2012
  • 资助金额:
    $ 0.9万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
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    11J04556
  • 财政年份:
    2011
  • 资助金额:
    $ 0.9万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
エラーフリー PCR を目指した DNA ミスマッチ修復系のシステム生物学的解析
无错PCR DNA错配修复系统的系统生物学分析
  • 批准号:
    11J02064
  • 财政年份:
    2011
  • 资助金额:
    $ 0.9万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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知道了