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生命システムの統合的理解のための生物情報ネットワークの構造および動的挙動解析

生物信息网络的结构和动态行为分析，以综合理解生命系统

基本信息

批准号：
05F05284
负责人：
阿久津達也
金额：
$ 0.9万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2005
资助国家：
日本
起止时间：
2005 至 2007
项目状态：
已结题

项目摘要

平成18年度は主に以下の3種類の研究を行った。(1)平成17年度の本研究において、外部刺激に顕著に反応する遺伝子や部分ネットワークを遺伝子発現データから同定する手法を開発した。平成18年度は、腫瘍の進行段階を刺激に対応させ、開発した手法をマウスの遺伝子発現データに適用することにより、腫瘍の段階と発現データの分布を関連づけた。その結果として、正常細胞とアデノーマ細胞の違いの方が、アデノーマ細胞と癌細胞の違いより大きいという結果を得た。(2)これまでの既存研究および我々の研究により、遺伝子発現量の分布がべき乗則にほぼ従うことが示されてきた。さらに、そのべき乗則を再現する数理モデルも提案されてきた。本研究では、それらの数理モデルを更に発展させ、細胞内部および細胞外部から受けるノイズの影響を分離し、かつ、mRNAの分解の影響を取り入れた数理モデルをStratonovich型確率微分方程式に基づいて開発した。その結果として、べき指数とmRNAの分解速度とを定量的に関連づけることができた。(3)多くの生物における代謝ネットワークは、次数分布がべき乗則に従い、かつ、モジュール構造を持つと報告されている。しかしながら、代謝ネットワークの構造は生物種ごとに異なっている。そこで、生育環境と代謝ネットワークの関係を調べるために、細菌および古細菌のネットワーク構造と生育温度との関連性を調べた。その結果、高い温度で生育する生物の代謝ネットワークは、ランダムグラフに近い均一性の高い構造をしているが、生育温度が低くなるにつれて、均一性が低くなり、モジュール性の高い構造を持つようになることがわかった。

In the 18th year of Pingcheng, the following three categories of research projects have been conducted. The main results are as follows: (1) in Pingcheng, in the course of this study, external stimuli were used in this study, and some of them were affected by external stimuli. In the year of Pingcheng, in the year 18, we conducted a short period of stimulation, and opened a series of training methods to show that the distribution of health data was different in the whole year. The results showed that the results showed that the normal cell cycle, the normal cell cycle, the normal (2) the existing research and measurement of the distribution of the existing research shows that the distribution is different. Again, we will see that there is a problem in mathematics, science and technology. In this study, the mathematical and physical aspects of the development, the intracellular and extracellular components of the cell are affected by the separation, separation, and mRNA decomposition of the mathematical and physical data. The differential equation of the determination rate is based on the basic theory. The results show that the index, mRNA, decomposition rate, and quantification rate of decomposition are quantifiable. (3) the distribution of the number of times, the number of times. In other words, the production of biological species will be carried out on behalf of others. The child-bearing environment, the birth temperature, the temperature of birth, the birth temperature, the temperature of birth, the temperature of birth, the birth temperature, the temperature of birth, the birth temperature, the temperature of birth, and the temperature of birth. The results showed that the biological generation of high temperature, low temperature, high temperature, high temperature, low temperature, high temperature, low temperature, high temperature, high temperature, low temperature, high temperature, high temperature, low temperature, high temperature, high temperature, low temperature,