ゲノムデータと種分化モデルの統合：　新種形成を促進する形質の特定へ

整合基因组数据和物种形成模型：识别促进新物种形成的性状

• 批准号: 17J01380
• 负责人: 山口 諒
• 金额: $ 2.83万
• 依托单位: Tokyo Metropolitan University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2017
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2017-04-26 至 2020-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17J01380/
• 关键词: 種分化; 数理モデル; 絶滅; 系統間比較

[1] 種分化における生態要因の貢献度を定量化する理論研究適応度地形理論に基づいた確率シミュレーションを行い、環境変化速度が速い状況や、より長期間の適応プロセスを経た集団間において、交雑個体の適応度が低下しやすいことを明らかにした。加えて、環境適応の過程において、適応度を大きく上昇させるような効果の大きい変異が後々の不和合性に関与していることも判明した。また、戻し交雑個体の適応度の差を正規化することで、内因的な遺伝的不和合と生態的分化が相対的にどれだけ生殖隔離に貢献してきたかを定量する指標を定式化した。この指標は、生態的種分化の程度を定量化しようと試みた先行研究(Rundle & Whitlock 2001)よりも正確に傾向を捉えることができることも確認できた。本研究は現在論文を投稿中である。[2] 系統情報を考慮した種分化率・絶滅率の推定系統的な制約のもとでその形質が進化してきた事実に着目し、祖先復元によって配列の進化確率を計算することで、より効率的な候補遺伝子領域の探索手法開発を行っている。本年度は確率シミュレーションとショウジョウバエ野生種に関する配列・食性データを用いた具体的な解析を行った。食性の分化によってどれだけ種分化が誘導されているかをHawaiian Drosophilaおよび Scaptomyza属を例として解析した結果、適応形質以外にも地理的な影響で種分化が進んでいることが多いことが判明した。地理関係および移動分散による移住率を考慮した進化の順序を精査する必要があるため、先行研究のソフトウェア(BioGeoBEARS; Matzke 2013)を用いた祖先復元解析も並行して行い、本手法との比較を行っている。今後は既存のソフトウェアとの検出力・計算速度比較を含む詳細な解析を進めて結果をとりまとめ、論文原稿の執筆を行う。

[1] due to the degree of commitment, the degree of commitment, the quantitative theory of theory, the basic theory of terrain theory, the accuracy rate, the speed of environmental change, the speed of environmental change, long-term climate change, environmental pollution, environmental protection, environmental protection, environmental pollution, environmental pollution, environmental change, environmental change, environmental pollution, environmental change, environmental pollution, environmental pollution Increase the temperature, the environment, the process, the environment, the environment and the environment. The differences in the degree of disease and sex between individuals are standardized, and the differences in ecological differentiation due to internal causes are similar to those in reproductive quarantine. the quantitative measurement refers to the standard specification. This indicates that the degree of differentiation of the ecology is quantified. The first step of the study (Rundle & Whitlock 2001) is to make sure that it is correct to make sure that you do not know what to do. In this study, I am now in the contribution of the article. [2] the system is concerned with the feasibility of determining the differentiation rate of the system, the system. This year, we will make sure that the specific analytical lines are used in the wild, food habits, food habits and food habits. Food differentiation, food differentiation A study on the occupancy rate of Geographic data transfer and dispersion in Geographic Information system: in this paper, we first study the method of BioGeoBEARS; Matzke 2013, which is based on the method of ancestral meta-analysis. this method is better than that of this method. In the future, the calculation speed of the existing system is higher than that of the existing system, and the results show that the original text is in good condition.

项目成果

種の境界と生物多様性の隠れたパターン

物种边界和生物多样性的隐藏模式

• 发表时间: 2019
• 作者: Yamaguchi R;Otto SP.;山口諒
• 通讯作者: 山口諒

Mathematical modeling of an evolutionary radiation and its patterns caused by non-adaptive processes.

进化辐射及其由非适应性过程引起的模式的数学模型。

• 发表时间: 2017
• 作者: Yamaguchi R;Otto SP.;山口諒;R. Yamaguchi and S. P. Otto;山口諒;R. Yamaguchi and S. P. Otto;Yamaguchi R and Otto S P;Yamaguchi R
• 通讯作者: Yamaguchi R

Preservation of the value of rice paddy fields: investigating how to prevent farmers from abandoning the fields by means of evolutionary game theory

稻田价值保全：用进化博弈论探讨如何防止农民放弃稻田

• DOI: 10.1016/j.jtbi.2020.110247
• 发表时间: 2020
• 期刊: ournal of Theoretical Biology
• 作者: Lee;J. H.;Yamaguchi;R.;Yokomizo;H.;& Nakamaru;M
• 通讯作者: M

Quantification of species boundary

物种边界的量化

• DOI: 10.18960/seitai.69.3_145
• 发表时间: 2019
• 期刊: JAPANESE JOURNAL OF ECOLOGY
• 作者: 山口諒;松林圭
• 通讯作者: 松林圭

US Forest Service(米国)

美国林务局（美国）