课题基金 / 基金详情

ゲノムデータと種分化モデルの統合: 新種形成を促進する形質の特定へ

ゲノムデータと種分化モデルの統合: 新種形成を促進する形質の特定へ
整合基因组数据和物种形成模型:识别促进新物种形成的性状
批准号:
17J01380
负责人:
山口 諒
金额:
$2.83万
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份:
2017
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2017-04-26 至 2020-03-31

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项目成果

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[1] 種分化における生態要因の貢献度を定量化する理論研究適応度地形理論に基づいた確率シミュレーションを行い、環境変化速度が速い状況や、より長期間の適応プロセスを経た集団間において、交雑個体の適応度が低下しやすいことを明らかにした。加えて、環境適応の過程において、適応度を大きく上昇させるような効果の大きい変異が後々の不和合性に関与していることも判明した。また、戻し交雑個体の適応度の差を正規化することで、内因的な遺伝的不和合と生態的分化が相対的にどれだけ生殖隔離に貢献してきたかを定量する指標を定式化した。この指標は、生態的種分化の程度を定量化しようと試みた先行研究(Rundle & Whitlock 2001)よりも正確に傾向を捉えることができることも確認できた。本研究は現在論文を投稿中である。[2] 系統情報を考慮した種分化率・絶滅率の推定系統的な制約のもとでその形質が進化してきた事実に着目し、祖先復元によって配列の進化確率を計算することで、より効率的な候補遺伝子領域の探索手法開発を行っている。本年度は確率シミュレーションとショウジョウバエ野生種に関する配列・食性データを用いた具体的な解析を行った。食性の分化によってどれだけ種分化が誘導されているかをHawaiian Drosophilaおよび Scaptomyza属を例として解析した結果、適応形質以外にも地理的な影響で種分化が進んでいることが多いことが判明した。地理関係および移動分散による移住率を考慮した進化の順序を精査する必要があるため、先行研究のソフトウェア(BioGeoBEARS; Matzke 2013)を用いた祖先復元解析も並行して行い、本手法との比較を行っている。今後は既存のソフトウェアとの検出力・計算速度比較を含む詳細な解析を進めて結果をとりまとめ、論文原稿の執筆を行う。
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会议论文
種の境界と生物多様性の隠れたパターン
物种边界和生物多样性的隐藏模式
DOI: --
发表时间: 2019
期刊:
影响因子: --
作者: [Yamaguchi R, Otto SP., 山口諒]
通讯作者: 山口諒
Mathematical modeling of an evolutionary radiation and its patterns caused by non-adaptive processes.
进化辐射及其由非适应性过程引起的模式的数学模型。
DOI: --
发表时间: 2017
期刊:
影响因子: --
作者: [Yamaguchi R, Otto SP., 山口諒, R. Yamaguchi and S. P. Otto, 山口諒, R. Yamaguchi and S. P. Otto, Yamaguchi R and Otto S P, Yamaguchi R]
通讯作者: Yamaguchi R
DOI: 10.1016/j.jtbi.2020.110247
发表时间: 2020
期刊: ournal of Theoretical Biology
影响因子: --
作者: [Lee, J. H., Yamaguchi, R., Yokomizo, H., & Nakamaru, M]
通讯作者: M
Quantification of species boundary
物种边界的量化
DOI: 10.18960/seitai.69.3_145
发表时间: 2019
期刊: JAPANESE JOURNAL OF ECOLOGY
影响因子: --
作者: [山口諒, 松林圭]
通讯作者: 松林圭
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    生態学を鍵とする種分化サイクルと種多様性の統合理論
    • 批准号:
      24K02092
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
    • 资助金额:
      $11.81万
    • 财政年份:
      2024
    • 负责人:
      山口 諒
    • 依托单位:
    グリコペプチド感受性腸球菌菌血症に対するバンコマイシンのPK/PD解析
    • 批准号:
      24H02623
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Encouragement of Scientists
    • 资助金额:
      $0.3万
    • 财政年份:
      2024
    • 负责人:
      山口 諒
    • 依托单位:
    グリコペプチド感受性腸球菌菌血症に対するテイコプラニンのPK/PD解析
    • 批准号:
      23H05297
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Encouragement of Scientists
    • 资助金额:
      $0.29万
    • 财政年份:
      2023
    • 负责人:
      山口 諒
    • 依托单位:
    生殖隔離における種間非対称性の進化生態学的起源
    • 批准号:
      21K15160
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
    • 资助金额:
      $3.0万
    • 财政年份:
      2021
    • 负责人:
      山口 諒
    • 依托单位:
    海外基金