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The overlooked diversity of the marine microbiome - Exploring the prokaryotic microbiome within eukaryotic microorganisms

被忽视的海洋微生物组多样性 - 探索真核微生物中的原核微生物组

基本信息

批准号：
20H03305
负责人：
中山卓郎
金额：
$ 11.32万
依托单位：
University of Tsukuba
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20H03305/
关键词：
微生物多様性共生原生生物メタバーコーディングゲノム解析

项目摘要

本年度では主に、真核生物に共生する原核生物のゲノム解析および環境DNAのメタバーコーディング解析を進めた。下記にそれぞれの実績を示す。[真核生物に共生する原核生物のゲノム解析] 前年度までに、静岡県下田沖において原核生物を共生させる真核微生物を採集し、Ornithocercus属渦鞭毛藻3種、Histioneis属渦鞭毛藻2種、Citharistes属渦鞭毛藻1種の共生シアノバクテリアについてゲノム増幅およびIlluminaシーケンサーによるショートリード配列の取得を行っていた。本年度では、より品質の高いゲノム情報を再構築するためOxford Nanopore社シーケンサーによるロングリード配列の取得を行った。上記の渦鞭毛藻のうちOrnithocercus属渦鞭毛藻1種を除く5種の渦鞭毛藻に見られる、計8種類の共生シアノバクテリアのロングリード配列取得に成功し、それぞれ高品質なシアノバクテリアドラフトゲノムが得られた。特にCitharistes属渦鞭毛藻共生シアノバクテリアについては環状のゲノムが再構築されたことから完全なゲノム情報が得られたと考えられる。今後得られたゲノムについては構造アノテーションおよびタンパク質の機能アノテーションを行い、比較ゲノム解析を進める予定である。[メタバーコーディング解析] 前年度までに、静岡県下田近海の各地点で得られた海水サンプル10Lを0.45μm, 5 μm, 20μm,の網目のナイロンメッシュフィルターで濾過し、濾過後のフィルターからそれぞれDNA抽出を行っていた。本年度はこれらの抽出DNAを用いて、シアノバクテリアの16SrDNA特異的なPCRプライマーによる配列増幅およびPacBioシーケンサーによる配列決定を行った。その結果3区画の環境DNAから合計約40,000の16SrDNA部分配列（1kbp）を取得した。

This year's では主に, eukaryotes symbiosis する prokaryotes のゲノムanalytics およびenvironmental DNA のメタバーコーディングanalytics を advance めた. The following is written down below. [Analysis of symbiosis of eukaryotes and symbiosis of prokaryotes] The collection of prokaryotes and symbiotic eukaryotic microorganisms in the previous year, Shimota Oki in Shizuoka Prefecture, 3 species of Ornithocercus, 2 species of Histioneis, vortex dinoflagellates, Citharistes 1 species of vortex dinoflagellatesおよびIllumina シーケンサーによるショートリード配arrayのGetを行っていた. This year's high-quality high-quality information has been rebuilt Oxford Nanopore company's シーケンサーによるロングリード arrangement and acquisition line. The above mentioned Ornithocercus genus Ornithocercus has 1 species of vortex dinoflagellates, except for 5 species of vortex dinoflagellates, and a total of 8 species of symbiosis. The シアノバクテリアのロングリード arrangement was successfulし、それHigh quality なシアノバクテリアドラフトゲノムが得られた. Citharistes genus vortex dinoflagellates symbiosis シアノバクテリアについては ringのゲノムがされたことからComplete なゲノムInformationが got られたと卡えられる. From now on, we will get the quality of the られたゲノムについてはstructural structure.の Function アノテーションを行い、Comparative ゲノムanalytic を Advance める Predetermined である. [メタバーコーディング Analysis] Previous year's までに, Shizuoka Prefecture Shimoda Offshore's various locations were られたseawater サンプル10Lを0.45μm, 5 μm, 20μm, the mesh is filtered After filtration, the DNA was extracted from the filtered DNA. This year, we extracted DNA from はこれらの and used いて, シアノバクテリアの16SrDNA-specific NAPC Rプライマーによるalignment increaseおよびPacBioシーケンサーによるalignment decisionを行った. As a result, a total of approximately 40,000 16SrDNA partial arrays (1kbp) of environmental DNA were obtained in 3 areas.