深海模倣系構築による高圧下の蛋白質構造の実測法の開発
深海模倣系構築による高圧下の蛋白質構造の実測法の開発
批准号:
21K18602
负责人:
杉山 正明
金额:
$4.16万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
财政年份:
2021
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2021-07-09 至 2024-03-31
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英文摘要
深海由来のアルファグルコシダーゼ (GSJ)の高圧下における小角散乱測定の実現に向けた大量培養及びサンプル調製条件の最適化を行なった。培養条件及び精製条件の最適化により、凝集物及び分解物の寄与が10%以下の極めて高純度のGSJ溶液を得るプロトコルを確立した。更に、高純度のGSJ溶液に対して大気圧下のX線小角散乱測定を行い、得られたX線小角散乱プロファイルを再現するために全原子分子動力学計算も並列して行った。特に、全原子分子動力学計算のtrajectoryから得られるアンサンブル平均散乱プロファイルとX線小角散乱測定から得られた散乱プロファイルがどの程度再現出来るかを検証した。その結果、GSJの平均的なサイズに対応する回転二乗半径は、概ね全原子分子動力学計算から得られたアンサンブル平均散乱プロファイルにより再現した。しかしながら、40Aの空間スケールに対応する構造を十分には再現できなかった。更に、この高純度のGSJ溶液に対し深海環境下での挙動を模倣するために茨城県東海村の研究用原子炉JRR-3に設置されている中性子小角散乱装置SANS-Uを用いて高圧下でのGSJの構造変化を調べた。大気圧下においてはX線小角散乱測定から観測された回転二乗半径とほぼ一致したが、100MPaの圧力印加環境下では回転二乗半径が大気圧下と比較して倍程度もの増大が観測された。即ち、高圧環境下においてはGSJの圧力誘起による変性が実験的に観測されたことを示す。この圧力誘起による回転二乗半径の起源を、全原子分子動力学計算により解明を試みた。
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会议论文
X線小角散乱と全原子分子動力学シミュレーションによるα-glucosidaseの溶液構造研究
利用小角X射线散射和全原子分子动力学模拟研究α-葡萄糖苷酶的溶液结构
DOI:
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发表时间:
2023
期刊:
影响因子:
--
作者:
[會澤直樹, 清水将裕, 横田幸紀, 守島健, 柚木康弘, 奥田綾, 佐藤信浩, 井上倫太郎, 大田ゆかり, 裏出令子, 杉山正明]
通讯作者:
杉山正明
細胞再現系での蛋白質の構造・ダイナミクスの解明
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批准号:18H03681
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
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资助金额:$29.45万
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财政年份:2018
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负责人:杉山 正明
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依托单位:
イラン・イスラーム文献が描くモンゴル時代の世界像の研究
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批准号:11164239
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$6.98万
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财政年份:2001
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负责人:杉山 正明
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依托单位:
中性子小角散乱法による多糖類電解質高分子のゾル-ゲル転移の観測
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批准号:08740346
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.58万
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财政年份:1996
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负责人:杉山 正明
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依托单位:
フビライ政権の構造
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批准号:56710124
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.58万
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财政年份:1981
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负责人:杉山 正明
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依托单位:
海外基金